Map Locations of contig_1562960 (9503 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1562960

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_12289 1 627 bp MLOC_12289.1 Available Available None
MLOC_12290 1 355 bp AK370352 Available Available None





CDS Structure of MLOC_12289






CDS Structure of MLOC_12290






Contig Sequence (9503 bp)

>contig_1562960 9503 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTCCTTGCACCTCAAGTCATGTGTAATATATATATGCTCCTTGGACCTTCAATACAGATA
CGTTGCTTTCCTAACAGGGAAAATCTAAATTGATACAACATGAGTGCTTTTTAGTTATCT
CTTACAATGAGTATGATATGCCCTTGACCTAAGATTGTCACATGTATTTGCAACGTGTGG
TGACTTAGAGGTTACCATACACTAATTCGTAACCTAGTTATAGAGGTTGCTTTTCTTGTT
TGTCATATAACATGTTGTGGGGCATGGTCAGTAACCATGGAAATTTTCATTATCTATAAT
GAAAAAGAGAGAGAGGTATGGTCCCTCATCCGTTCGAAAATGCATGGGCATGCTATTTAC
GGTTAAAAGATAACCTAGTAAAGTATTTTGAGTCACGTGATCAAGAAAGAGCGATCGATC
CCAAGCTTGACCAATATCGTGAGGGAAAAGGAGTGTCAAGTATGTAACATTCTGAAAGTT
CGTCTCATATGTTCTTTATGTGCAGTTTTGGGAGTTGGCACATCCTACTAGGGGATGTTG
TTAGGGGTTGGAATGACCCAACTTGAGATAAAGAGGGAGTGCTTTCTAGTTATCTCTTAC
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TTACTTAGGGGTTACCAAACACTAAGACATAACTGAGTAGTTATAGAGGTTTGTTTTCTT
CTTTGTCAATAAAGATCAATATGTTTGGTCGGATCGGTATAAAGATTACCGATCAGACCG
TGTTCTAGATTTGTCACCAATGTATCATGATTGTGCGATTGGGTTCTACATTAACTCGGA
TGGGTCTTTGTCGGTTTTAAACACCATAGCCTATTGCATACAAAGATCAATTGATTGGTT
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GAAGGACCGGTGCCCCTCTGAACCCCTTATATCATAAGACATCCTAAGGAATTGTGGATT
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AGTATGGCCCATTATGCATCTGATACGTGTATGTAATTTTCCATGACCTGCGAGTCATGA
CGATTTGACCCATGTTGTGGAGCCAATGAGCTATCATTAATTGTATTAACGACCTACATG
TCGACTTGTGATGATTCCATAACTCTATGTAATTTATTACTAACTGTTAGGAGTAACAAC
TCATATTAGTACTTGGTGGCACATTGTACATGGACCATGGAGATGGAGGCCATATGGATA
ACAAAAACATGGCGATGGAGATCACCATAATAGGGTGCCATACCATATATCACAATCATG
TGTATGTGGTAGATTTTATTATTGTTATTTTACTCATATATGCATGTTATATGGTAGAAG
TAGAATAAACCCTCGGATAGTTTTTAAGTAAAAGTGATGCCCTCCCATTTATAAATTACA
TCGTCACTTCGCTTCTAAATTAATGGTTCGTTTACAAAAGTAGGGTGTCATAACTTCCCT
TGATTAGATTAGATGTGTTCGTGTAGAAAACGTACACACATAGAATTGAGTATCTTAATA
AGGTCATCATAATAGTTAATGACATTGGGACATTAAGGTTGGCCTTAAGGCATAGAGATG
TCATGTAGTAACCTGAGTCATGTAGGATATGATTAGCAAAGTGTCTCTTACCAGATTCAG
TCGTGTTCCAGTGGTGGCGCAAAAGGTCACTAGTAGACTAGTTAGTTATGGATATGTAGT
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TGTGATGAAGGTGGCACGGTGATTTTACCCGGGTTCAAGCCCTCGAATGGATAAAAGTCC
TAGATCCTGCCTACTAAGTTGTATTGATCAATGAGAGGATTGAAATGATGATCTAATTTA
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CTTGCCCCTTATATAAGTTGATGAGCGGTGATAATAGTTGCCTTTGGGTGATACAATACG
ACCACGTGATTTATTTGTTATGGGGAGTGTATATCTTGTAACTACGAAATATCTGGTATA
ATGCACACATCCTTATCTCATTAAAGTGTCAACTGGGGGACAATGGGGTTCAAAGCTTGA
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CTCAGTGGATGGGGCCTCAAAAGTATCTTCCACTCCCACTTCATGTGGCTTCTTCCCAGC
TAGCTCGGCGGAGTGGGAGCCTCAATCTTTGCAGACCCCTATGTCATGCATGGTTGAACA
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TCTATTCGACAACATGAATTTTTGGTAGTGGCATTGGTGTATTTTGATCTAAACTATCAC
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GGTTTCTCAACCTCCCTTTCTCACAGCCCTCTTCCAGAATGGTAATTGGCCCATGGACAA
TGTTGCCTCTAATCAAGGGGGAGTTACATCAGTTGGTGGACGGTCACCTCTTACTAGAGC
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AAGTGGTGGTATTTGAAAGCTTCCTCTGGCTGGGCATTTGATCCCGCCTTGTAACAAATC
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GAAGCTTGGCTTAAGGTAAGGCTATACCTCGGCAGGTGGCGGTACTTCTATCTCAAGAAA
GCTAAAAAAAACGTCGAGGATAGGGTGTCTTGCCGCATCATTCCGCAGCAACATAGAGAT
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GTTCTCCGATGAAGAAGTTATAAACGTTGTGATTGGTAAGGTTTCTCTAGCCTCAACGAA
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AGACATCGTGTTGGCCCGAGTTCAACTCACATACACACTTCTGATCTTTCAAATAAGGGT
GGATTTCCCTCCCCATTTTGCTCAATGGCCGGAACATATTGGGCGCACAACCGCCGCCAC
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GAAACCTTGACTCGCAAATGAGAAAGAGCAGAGGCGAGCCAGCCCTGACAAAACTCCCTC
AAAGTACCTTTGCGATGATAGCCAAGGGATAACCCAACTAACAGGGATCTCCCCCTTCTG
TTGGTTGATGCTCTTTTGTGGGTGGGCTTCAGGCTTTTTTTTCTTATGGGGCCCTAGTTC
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TCAGCTGGTCCGACTCGTATAGCTGGGAGGACCATCGAGGCGACATGAGAACGACCTATG
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GAGGACGACCTAAGGGGGTGTCAAACTTGAAGACCAAGTAACTTCTCCAGAGCAAGATAA
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AACTGAGTGGATGTCGTGTGTTGCGTTAGCCAAGGAGGCACATTAGCCAAGGAAAAACAT
TAGTATGATGGAGACTATCTTTTCCCATGAGAGGTCCTTGGTGGCGACACACATGTCACT
ATGGTTCGTACTCTACGACAGTGGCAACTTCTTGTCTGAAGGTGGGTTACAGATCATGCC
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ATGTGGGAGATGGTGACGTGGGAAGTGAGTTCGGCAAAAGAGAAAGGAGTCGTTCAAGTT
TTGTCCCACGTAGTCGACAACTTCCTTATGGTCAATCCTTCTACGACAGGGGGCCTTGCC
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AGGATATTCCAGGCTCTGAGCAGCTTAGGTTCACAGGGTCTTCACCCATAACACTAAACA
TACGTCACATAAATTGATGAAAACAATATCAATTTTCCTATGCATTCTAATTCTTGAGTT
GAACATCGACCCTTTCTAGCCTGCGGACACTTAGCTTAAAGGTGTAGTACCTTTGGGGCT
GACAATCGTGTGTTGATTCTTACATTTGTGAACAAGTCGCAATGTCCTAGTTAGCTCCTA
GGCCGCCTCACGGCTCTCTCTCATCTATGCTTGTTATACTTAGTTTTGTTTTTATAACTA
GGTTGCATGCAATACATCTTATCGTGCCACTATTAGATACCTAGGGGAGACCACTTTTCT
AAGTGAAGGCAACACTGAGGAATCAAGGCAGGGTACCACAAGGACTTTCTATTCCTTCAT
GTATCTCGTGCAAGGGCGAGCCCACAAAAACCTTAGTGTTTACAAAAAAACTTATCATGG
GAATGCCGCCAACAATTTTTTTCATGGCGAAAGCAAGTATGGATTTAATGGGAAGTGCAA
AGATCACGATTAGAAAACTTGGGTTTTCTGACCAACAAGGGTCAGGTTCTCCCTATAAGG
TCCATAAGGCCATCAATGTCATCCATGGCCCGGCGCGTCCCTCCCTCTCATGTTTTCGAG
TTTTGTACCAAACCTGATCATCCTGGTTCTCCTCTTGAGGAAAGATGCCCTTGTGTCGGG
ACGAATGTCATTGCAAGTACTAGGTTGTGATGAGGTGTACTTCATCAGAGGGGCAATCGA
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GTAGTGTCTGATCTGATGTCTTAGTATTACTAAGGGTGCTCTCGCTTTTATTACATCTGC
CCCGCGGTCTTCAAGTCCTCTTTTTCATTCAAGTTGACTCGGGATCAAGTTTGGGTGTCG
GGGTGATTCCCTAAGGTCCACTTGAGTCGACCTTGAGACACATCACTCATTCTTTCGACA
TACTTGGTTGCCAGGCCAATATTCTTCCTATCGCAACCAACGACGGCCTTCATGCATCCC
TAAACCATGATGACCCCCTTCATCACATGGGTCTGGAGGCCACAGTGCGCATAGTTGGGC
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CCAAACGGGATTCATACGTCGTCGCATGCTTAAGTGAAGATAACACTAAGTGAACTTCCT
AAGTTGATGAGCACCTGAAGGTGCTCTAGTTAGCGATCACTGAGGTGAGTACTAAAAGGA
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CTAACCATTGGTAGCTGCTTTTGGGATGCGATGCTGGCCAACAACTCCCTTTCAACGACC
TTGGAATGCTTCCTAAACACGTCAAACATCAAGCCCCTAAATATATGGTCCAGCATGCGT
TCCAAAAAGGGTCAGTGTTGGCATCCGAGTATGGGTCGACCGTAGTGGTCGCCACTAGAC
GACCTCTTTTGCTAACGCTTCCACTCTGTATTAAACTGCCTCGATGTAGGTGCGCAAATT
TGTGATATTATGCATGTTTGTTAGATGCATGAGGCACCACTTGCTAGAGTCGCCCTTGCT
CTTGGTGGAGGTTGGAAAACTATGGTAGGGGTTGTTGGCCTACACTTCCCTTGTACAGAG
AGGGGTTGGGCTTGCCACTAAAAGCAACCAAAGCACAAGGTTTTCTTGGCACAACCGGCT
CTTGCACACTTCTTATTTTTTTCTACCAAGCGGTCACTGCGGTGCGATCCCGACCTAAAC
GAGCCCAAGTACTTTTTGATGATGAGCTTTATGGACTCTTCGACATCCACGACCTTCCAT
GCCCATTTGAGGAGGGATTATATCGACTATGGCCTAGCCTTGGTTAGGTTGGTAGTGTAG
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ATGCGCTAGTCAATCTCTAACGACCCCCTTAAGGATCGCTACAAAGGTATTAGAACATCA
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TCCATGGAATCACGACAGAGTAGACGTGAAAACCCTCCAGCCATGGGATAACCAAAAGTT
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TCCGAACTACTAGAGCTTCATGTAAAGCGATGAGAGGATGATGACCAGTGACACCACATT
TGATTATTTAGGTTGTCCCTAGGCTGTAGGAGTTACGTTCTAAGGACTGGACGGGCTTCA
CGCAAGACCCACTCCACTACTCCCACAAAAAATCGCGAGGGAGGCTAAGGGATCACCTGA
GCTCCTCTGTGTGTTCGATCAGGAGGTGTCACAATCGACCCCATGGAGATTGTGTGTTCC
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GGAACTTGACCTTCCAACATGTTTAGATCAAACATCACTTGGCATGTGAACCAGCCTCCT
AACTTTTTTTCTTCTTGAATGCATTGAGTTTCTTGGATTTTCTTTGGATGTGTGTTGAAT
GACTTAGTAAGTTGGCAAGCTCTCTCCCCTCAAACCATGACCCTTACTCAAAGACCATTT
TGATCTCAAGCTATTTCTTAGGGTTTATCTCTAAACCCTAGCTAATGCCACCATATAAAA
ACCATGGTTTCTTTTTCTGGTTGTTAGAAAGAAACTTCTTTTTGTGCTCCTATGATATTA
TAAAGCCCGCCCCCACAAAAATTGTGATGCATTTTCCAATATTTTTCTTTATTGGATACT
TCTATGTCCATTATTGGATCATAATATTAAAGGTATATTTACCTACTTACAGAAATTATG
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TTAAGTTTGGGAAAAATATCATTTCCTATTTTATTAAATATCTATTCGATAACCTTCCAA
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GTATCTAGGATTGGTTAGCTTGACAAGTTTACTAAGATCAAACACTTTGTTGAGGACATC
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GGAGGAGGGGGTGAGGGGGGCTTTGCGGGAGTTCGAACACGCGAAACATCGCTATCTATC
CCCGGCCCACCCAAAACCCTTCGTGTTGTCTGTCTACTTCCAGTAATGATTTTCATGTTA
AACTCAACGGTATAGGCCTGACGTTAACTGCCGATGCTCCCACTCTCGGCATGTGGCGAC
CACGAATTCGTCTCCTGTCAAGTAGGACGCACACACAAAAATGGAAATCACCATGCGGGC
GGCATGCGTTGGTTGACCGCGCAGGAGCCAACTAGGCAAGAAGCTCAAGGGTCCTATAGG
CGGAAGAATACGAGCACGCGGTCCACGCCATTAGAGAGGCCTCCGCGGAGCAGTATTGAC
TACGCTTTTCTCTCGGACGAAGCAAAAGCAGAACACCTGCCCCTGCTCATGTTCATGCAA
GGCGGTGGTGCCAATACTAGCAGCAGATGAAAAAACCAAGAGGCTAAGCAGGTTCGCGCA
AGGTGGAAACCCTGCCGAAGATTGTCTCGAGCATATGGCGTGCGCGCGGAGAGCAGCCGC
CTGCTAAGGGGAAACCAGATTGAAAACAGAGCAAATCCACCGAGCCGAGCGCACGCCGCG
CGTTCGTGCAGAGGACTAAGTAACTGGAGCAGGTAAGCAGAGTGCGTGGGGTCGGCGGGG
GGAGAGCATGCACCTACCTGGAGGAGGCGTACTCGTAGAGCCTGCCGGCGGGGGAGAAGA
CGAGCAGCGCGACCTCGGCGTCGCAGAGGACCGACAGCTCGAACGCCTTCTTGAAGAGCC
CCGAGCGGCGCTTGGAGAAGCGCACCTGCCGGCTCGTCCGGTCCTCGATCCGCCGCAGCT
CAACCCGCCCGCGCCGCGCCATC