Map Locations of contig_1562834 (4658 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_1562834

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_12223 1 970 bp MLOC_12223.1 Available Available LOC_Os08g45110.1, FRAME:+2, EVALUE:2e-52, 13108.m04918 protein AP2 domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_12223






Contig Sequence (4658 bp)

>contig_1562834 4658 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGGGCATATTTCCAACAGTCATCACTTTCCACTGCCCACTTTCTATACTTGCTTGTGTAG
AGTGTTTATTGACTTGAGTGAATTGCTAAAACTTGCAAGAACAAAGATTGGGAAAAGGCT
AAGTTTAATTTGTTCAAGTAGTCTAATCACCCCCTCTACACCTACTTATGATCCTACAAG
AGCGAGCCACATAGAGGCTAAGGGCAGGGAGAGCATGAAGTGTCATTCTGAACATCAGTG
ATAGAAAGGTTTAGTACAATAACACGGATCTTATCTCTAGGGTTTCAAGAGGTTTAGGCA
TTAAAAGCCTAATGCATTTATTTGATTATTCCAATCTTAGTTATTGAGGCAACCCCTTGA
GACGATAGGGCGTTCAATTGGACAACTGACTCTTGATGCACGACGTGTGTTGGTCAAGAT
ATAATTTGTACACATCCCCCACTTCGGTTCGTAACAAGCACATCTCGATGGGTGACTTCC
GGCGCACAAATTAATATCATATTTGGTCCCAACACAAATATATGGTTGTAAGCATTAAGA
CTTCATACCCATGCCTATTTTTATTATAAGTGTTCTCCTTCAGTTGTTTGGTATGATCCG
GTCAAAAGCTGTAATTGTTACTATAACAAAAGCGTGTATGAGACCCTAGCTTAAAGGGCA
TCATCTGTCGTGGCTTCAATAACTCAGGGTCACCTCTGGGGAAAAAGGCCACAATCCTTT
CTGCTCCATTTCCGGATTACCAAAAGAAGTAATCAGTTTTCTTGATTTGTCATAATCACG
ATTAAAACTAAATAACACAGTCATCAATGCAACATTATAGTTTTTCGAAGTTTATGTGGC
AGGTATTAGGAAGTTTTCAAAAGGCGGTAGTTTTTGCAATCATAGCCCCAATAATGGTAG
GTTTATGCTATTTACTCTAGCTAGAGCCATGAATTAAATGTCCAAAGAGACAGGTATGTG
CGTGTTGTGATGTGCCAGCCAGCCATGACATGTGTACGCAAGAGATGGAGACCAGGTGTG
AGTTGGGAAGGCATGACACTTGCACACATGCACACCTACACGCGCCACTTCACCTGCACA
CACAGACAACACATGTAGATACCCGTCCAAATCCAAATCAATCAAAGCGACTGGCTCGCT
GACCGAGGTAGGTAGCGCAGTCCCTCCAGATGCCTCGTCGTTCCCACCACACGTTGCTCC
GTCCCTACACGTACGCACCTCATCTCACCATTGTCTTCCATGCCATCACCGCATCTATAA
ATATCAATGGTTATGGACCCTCTCCCGAGCAGAGTCAATCTCCATCCACCTACCAAAGTC
ATATCAACAATGGAAGAGGTGCCGGCGCCGGTGACTGAAGAACAGAACAAGCGACGGTGT
TGCCCACTCCGGCGGTCGCGCAAGGGGTGCATGAAGGGCAAGGGCGGGCCAGAAAACCAG
CGGTGCCCCTTCCGCGGCGTCCGCCAGCGCACGTGGGGCCGGTGGGTGGCCGAGATCCGT
GAGCCCAATCGTGGTGCCCGCATATGGCTTGGTACCTTTGCCACCGCGCTCGACGCCGCA
CGCACATACGACGCTGCGGCAAGGGCGCTCTATGGTGACTGCGCACGCCTCAATCTCGCA
ACAGCTCCACTTCCATCCATGACTGCGGAAGTTCCTCTCCTTCACGAACAAGCACAACAG
CCTTCGACTCATGGTACCAACACCAATAATACCAATGTGCCATGCTGCTCCTCCTCCAAC
TCAACACCGTCGCTGACAACCCGCACCAACTCAAGCACCTTGGACAGTGAGTTGTCAAAT
TACAACATGGCAGGGACGTCGGAGTTGGAGGACTTCGATGAGTATGTGGCGGGGCTTCCC
AAGCCAGAAGACTATGGCTTGGATGGGTTTGAGGAAGTGATGGACGAATAAGGCAGAGGA
GGGATCAACATCTAGGACCCCACCGTCGCATCTGAGTGACATACCATGCATGGCTAGCAA
CCGCTTCTTCCCGCAGCAACCCAACTCGTGGTGATTATAGATCTCGCCGTCAACATTAAA
AGAAGAAAGTACATGGAAAATTATATACACCGTTGGTGCTCTCTTTCTACTTAGTATGTT
TTGTATATGTTGGTCGATGTAAATCTAGGATGGATCATGTTGTGTTGTTGGTCCATGAAT
GAAGCATGCATGCATCACCACATCTTGGCATAAATGATTCCGCATACATTCTGGCGCGCA
TAGTACATTGAACATATATAACACATGATCCTACATGGTAACATAGCATGCATCCCACAT
GTTGTTGTTCTAAGGCATCTTCATGTTTTCTGAAGTATGTATGTATTCACTGGCAAATGG
AAGTAATGGCATTTTCGATAGTTGTGTGGAAATAAATTGTATGAGCTTCAACCAATAACC
CTTGCACGAACTTTAAAGATGCAAAGATATAGCAAGACTATTAATTGTTGTATTTTCTTA
GGATAGTCTCAATTCTCTAAGATGTACTCTATCTAAAGCACACCATCTATGTGATACCGT
ATTTAATGAGACACAAACTTTAAGATGCAAAGAGATAGCAATACTAATCATTTTATTATC
TCATAATCTTAGAGAAACCCAATGCTTCAAGGTGTATTATGTATAAAACATGCCTGCTCA
ATAGAAATCTAATTTGGAACCATTTTTAATGAGGAAATAGAGTATTACTATATCTTAGTT
CTTAGCTCAAAAATCAAAAAAGCTAAGGAATTGGACTATTGCTATCTTCGTTCTTAGCAC
CAAAACTAAAAAAACTAATGTTCTTGCTATTTCACAAAATGAGATACAACTCTAAAATAA
AATCCATTGAAGAAGTTGTATTTAAACACATATTTAATATATATCTTAATATATTATGCA
TAAGGAGTGTCCATAGATACACCTATGGTTGTAGGATAGCTTGTTGGTTGATAACGAAGA
TACATTTAAAAACACATATACCTGTAGTCTATTGGAAACCCCAATAGGTTGTTGGTCAGC
TTGTTGTTAAAACTATCCATATAATCCATAAATAATTCATCATACAATTACTACAATAGA
ATGTATGTAGTGTGCCCAATGGGAGGTGAGAGCATTTATAAAGTTTGCCTTCTCTCATTC
ACCTTAAAGCTTGTGTCAAGGTTATTGATTCATGTATATACAACCCTCCTCTCTCTTCCT
GTTTATTCTATGCCACATCATACAAATTATGTGTGACAAATTTCACCAACACCTATCTTA
CAACTATAGGAGATGCCCTAACGCAATGAATGATGCATAATAATTGCTTTTCTTCTTAGT
CCCGAGGTCCTACACATGTACATTGTGCATGTAGCCCATGTGTCGCTATAAGGCACTTCC
AAATCATCATCCTGTTTTCTTAAAATATGCATGTATTTATCCACAAGAGATAACATCAGA
TAAGGCATAAAGTGCCACCGAATTAAATTTTTCCTTGTCGGTTTCGAGGTCCTACAGAGG
ATACATATGTAAAACGTGCATGTAGACCACGTGTTCCCATGACTCATCATGCTCTTTTCT
CTTAATTTGCATGTACCTACGTATCCATTCATAAGAGAGATTTTCATGTAATATAAATTG
TGCCGCACAATGTTTTCTTTCCTTCTTTGTTTCGATGTCCTACACATGTACATATCTATA
TACATGTTTAACAAGTGCATGTAGCACATGTGTCGCTGCGTGGCTCTCCCAAGTCATCAT
CATATTTATATTAATGGATAGCTCTTTCCCCTATTTATATTTCCTGCTAAATAATATGTC
TAGAAACAAAAATAAAGGGGCGATATCATTTAAAATTTTCTTTTCTTTCTCTTTTTGATC
TGAATGACATTACTGCTCGTACCTTCTATCCATTTGAAACAAAATGTTGCCATTTTTGTT
ATAATTTTTGTGTTATTAATGTGCACGTAGTTTCATTATTAATCAAGTGATCCACTAACG
GTGCACCATTTTGGATGAAACGGTCTTTTATTCTTATGTACATCGGGAAGTATGTATTGT
GTCAAGTGCTTAAACTATATTGTGTTACACGTAATATTTTTGCTCAACATAATTTCTGCT
CGGAACCTTCACCGCCATGCTCAATGTTGCATGCCCATATGAAGTTGCGGCAAGGGTATT
TTATGACGACTGTGTATGCCTCAATATCACAGTAGACCCCCTTCCGCACAGGGCGGCTGC
AATTCCTCTCCTTCATGCACAAGCACTACAGCCTTGGGCTCACAATACCGACACCAACAA
CACTAGTGCGACGTGCGGCTCCTCCTCCAACTCAATGAATCGACCACAATCCCCACTAAT
TCTCTCACCTTGGATAATGAGTGGTCTTATTACAAAGCAGTGGTGGGAGGGGAGCTGAAA
TTGTTGGACTTCGAGGACTATGTGGTGTGTATTCCTAATCCGGAAGACTTTGGACTGGAG
GGGTTTTAGAAGGCGATAGATGAATAAAGCGGAGATGGGTCAATGATAATTGTCCAATGT
ATCTATAATTTTTTATTATTCCATGCTGATATATTATCATTCTAGGTTACTTTTTGGGTA
TTTATTATTTTTTAGCACTAACGTATTGACCCAATGCCGAGTGCCACTTGCTGTTTTGTG
CATGTTTTTCACCTTTTCATGTTTTCAATACCAAACAA