Map Locations of contig_1562087 (9961 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_1562087

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_11892 1 2363 bp MLOC_11892.1 Available Available LOC_Os05g32350.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13105.m03329 protein zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_11892






Contig Sequence (9961 bp)

>contig_1562087 9961 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TCGCATCTTGGGCGTGACAGTAACTTAGAGGATAATTGGTTCAATGTCAAAAGTTGCCAT
GTCAATATTTGGCAAATGCCAAATGTTGGCTAGTGATTGGGTGAACATCAAATTTTCTTG
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TCTATAACATGTTTTGCTTCTCTCCTCTAACTAAGTGAAGATAAAATATTTCATTTCTTA
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ATCAGCCATCTACTATGTCTTGCTAACATGAATCAGATAGCCACACATTTTTACAACACA
TTCAAACCACTTCCCCATGGTACATTTTAAACGAGGTAATATCACCAGGAGTCACATAAC
TTACACTCGATGCTCAGTTTGATATTAAGAGTTTAAAAATACAGATTTATGGTCATTAAA
CTTGCGTTCTCGTGCAAATATGGTCACTTCGCTCGTATTCGGATGTATCCACACTAAACG
GAATAACACTCCTCGTTTTGTATTTAATTAAATAGAAGTCCATCAATAACACGTGTGGGT
CCACTTGTCAGTATGAGTGGTGAGAAAGATGTGAATAAAAGGGAGCGTGGAGAGATTCGA
ACTCCCGACGTCGTATACGATGATCGTGCTAGCCAACTAGAGTGCCAACTAGATAGATAC
AATTGATTTTATATTGGGCATAGTTTTTTTACATGCATTTTTTCTTGGGTTTTCAGAAAA
TCTTAGCTTTTTTGCCATTTTTTCGAAATGAAAACATCACGCCAAAATATATAATGCTTA
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ATAAGTTATCAGAAATTCGGTATGAAAAGAAAGGAATACGAGTAGCTGTCGTGGCTAAAT
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CTCCACGTTCGAGGTATACAGATCAATTTTGTCGCTCACATTTTTTCAGCAAAATTATCC
ATGCGACCGGGTTACAAACTTCTGGTTGACCCTGCGTAGATTATTAGCCTAATAACTATT
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GTCTAGTCGTGCATGTTCACCGTCAACCAGGGCTAGTCTAACGGATGCTTATCCGAGTGT
TTTATTAACATGTCCTGGGTTTGAGCCTCATCCGCTCCATTTGTTTTTATTATTTTGAGG
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CGCCAAGTAAGCAGACCATACGGCTGGAATAGGAATACGAGGGGAAGCACCATATTTACA
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CCCGACCGATCCATCCATCCGCCGCGCGGGCGCGCACAGGCGGCAGCGTCCCCCGCCCGG
GCCACGCCACACGGAGCTGCTCGCGGTGCGCGGGCGGCAGGGGGCCCGGGAATGTGGCAA
ATGGATGGGCGCCCCGAGCGCGGTCATCGGCGCGGTCGCTCGTCCTCCCGCCTCGTGCCT
CCACATGCGGACGAGTCAGTAGTGCGGGCCGTTTTGATCCCCGCGCTGCTACTGCCGCCG
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GGCTCCGCTGGCCCTGCCTTCCATCATCACCGTTCACCGATTTCATCCGCTTCTCGGCTC
GTCACATGCGGGCAGGAGCACTGCTGCTGCTCGCCTGCTTTAACCCCGCGCTACAGGCTG
GTCCAGAGCCGATTGACTGTTGGGGGGTCACGGCAAGAGACAAAATACTTATATTTCAAA
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CTACTGGAAATCTCGAGTCGAATCCCTACTGCACATGTTGCGCTTTTAACAGAGGAGTCC
TTTCGCATCATCAAAAATAAAATAAAAAATGAAGCAGAGAGAAGGGAAACAGTAACCGAA
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GGCGCCATTACTAATCCCTGATGAGTTGGGGTAGTAGTACTAGTAACTGTCCAATCAAAT
CAAACGGAGGAGGGACGGGACGGTGCAGTCCGTCGTTGAATATATTTACCGAACCATCTC
TCTCCTCCCCGCCTCGCTCGCTCGCTCGCTCCGCTTCTTACCTAGCCTGCTCTCTCGGGT
AAGCTGGGACTAGTGGCAGCAGTAGTGGGAGCAGGAGCTGCTTGCCTTGGCTTGGCTTGC
TGCCTTTCACTTTCACGTCCACCTATGCGGGCGTGAGGCGTGGAATCCAAACAATGGCGC
TGGGATCCGCGGATCTATAGGCGAGGCGAGGCGCGGGATGGGATCTGGGAGCAGCAAGGC
CGCTTCCGCGCCGCCGTCAGCCGGCGGCGACGCTGAAAAGACGCGGAATGGGAAGCCGAG
GGGGAGGAGCCTGATGCGCCTGCCCAGCTACTCCTGCTTCCGGGGCTTCGCGCCCGAGTG
TGACGCTTCCTCTTCGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCCGCTAGGGGTCGAGGTAACGAGACC
GCCGCTTCGGTTTTTTTTTTAATGTCATTGGTGAATCGGTTGATGAGCTCCTTTGCGCCG
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AGTTTGGCTTCTCCCGTTTCCTGCTATGATTTCTGCAGAGCTGCCGAGCCAGTGTTCTTT
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GGAGTAATGCTACCTTTGTAATCGAGTGGTACATTCGTGTGTTTGCAGTCTGGCAAGGGA
GGGGAGGTGCCTTCACTCACTCACATTGGCGTATCAGATGAAGATGCTCCATCGGCTCCT
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AATCCTTCTGACAGGTCGAGGCCATGCTTTGGTGTCAACTTTGGGTTGAGTAGAGCTGTC
AGCTTGGGATCATCAGTGGCATGCTCCATAATGTCAACCGGCCTCTCCACTTCAGCTAAT
CCTGTTGGAAATGTGGACCATTCTCTTGATGCAAACATCCCTCAACAAGGTGGTGCATCG
ACTCCTGGGATTTATTCAAGTCTGGACATGCTAAGAGATAGCGTCACAACACAAGCTAGA
GCGACTCATCAGGCTAGGAGGAATTTGCTGGAATCTGAAGATGCTAACTTGAGGCATTCA
CACAGAAGGATGGGACCCCAGGAACCTTCTGAAGGAAGTGTCCGGTTTAGCCGAACACTA
AGTGTTGGAAGACTTCGTGACAGGGTCCTCAGGAGGACTCCATTCTCTGATAGTTTATTC
ACCTCTTCACTTTATGATAGACCAGTGTGGCCTGCAGGAAATGCCAGTGCTAGGCAAGAT
TCATCAGTGATGCAACGGACTAATTCAGACAGAAGTTCCGAACCGCAATCAGAACCTTCA
ACTAGCATGTATAATTCTGGCTCTGCAACTCTAAGAGAGGCCAGCAATCGGGATCTTCTT
GAGCGCAGATCAGCTTTTCTTGAAAGGAGGAGGAGGATACGATCCCAGGTAGTGTACAGT
TCAACTATTTTGATCATTTTGTGACCTACCTTGTATATTTATAGCTTTTGCTTTCTTGGC
AGGTCCGAGCCCTCCAAAGGTTGGGCAGCAGGTTCGAAAACTTATCAGGTCATGAGAGAT
CATGCATTCTATCTGGTCAGCATAGAACAGGAAATTGCAACTGCAGGGCAAGCAGTCGAC
CAGGTAATCCTGATGAAGAATCCGGCACAAGGGCTAGCATATCAAGAATTGTTATGCTAG
CAGAAGCACTCTTTGAGGTATGTGCTTTTGCTAGTTAATGCTGTTTTCCTTTTTGGAGAA
ATGCCAACTTACATCCACATGGGCATGCCTCTCATAGGTCCTGGATGAAATCCACCAACA
GTCTGCTGCTTTATCCTCAAGGCCATCATTTCCTTCAATTGGATCCGTTCCTGCTCCAAA
GGAGATCGTCGAGAGTCTTCCTGTCAAGGTGTACAAAAAGCCGTTGAAACACCAAACTGA
TGAGACTGCTCAGTAAGCAATTAAGCTTATTTTGGAATTCTTTAATTAATATTACTCTGT
GATGTACTTTTGGGCACTCATCAAAGTAGCTTGCATGCACACAGTGGGAAGTTAGTATAC
CTGAAATGCCGATATCCATGTTGCCTTCTGCATAGATATTATTGTTGCTGATAAATCTAA
GGATTGCAAGTGAAGCAGAGGCTTGATCTAGCATATCCACTGTCTTTGAACTGCGACTGC
ATGCTTAGTTGAGCCATTTGATTACAAATTAGCAGAGCCATTCAATCATAAATCTAGTTC
TTGGATACAAACATGGGAGATTTGAGGTGTTTGAGGACTCCAATTTTCTCATATTCTCCA
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TTCAAATGTTCAATACTGGTTTCGGTTGTATATAGTTATAAAGAATGTGGTGTAGACTGT
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GTGGGTTTGTGCAGTTGCCATTTAAGCTGCAGGTTCACTGAAACATTGTAGGACAATGGA
GTGTTTGGCACTATATCACTTGTTCGTTAACAATCTTTTTTGTGTTTTTTTTATGGTGGT
AGATATGTACTGAATAAATCTAAACAGCCATGACTATTTGTTTATACTTCTTGCTTCTCC
TCCACAATGCAGATGCTATATTTGCCTTGTTGAATATGAAGAGGGAGACTGTATTCGCAT
ACTTCCATGCAATCATGAGTTTCATCTAACATGTGTAGATAAGTGGCTGAAAGAGATTCA
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TTTCCTTGACATGAGAGCTCCATAGCAATTCCTTGACATGTTGTCTAACATGACAATTGA
AATTCACTAATGAAAGAAATACATGCTTAAACATATTTTCCGGCAAATGTTATTTGGGCA
ACTTTTGGAGGTTTTGTTCAAACTATAAAGTTCAACCGTAAACCAAGCTGTAGAATTCTT
GGATGGGCACATTTGAAATTTACTGACAGTATGACCATATAATATAGATGTATTACAACA
TTAATGATAACTGATAAATATCATCCTTGTGCTGTATCACATAGATGGAGGCTAGACTTA
CTGATAGACATTATGTGGTATAGCCACACGTCATGAGTGACTGTACTCATAAGCAGTGAA
TTTATCTTTAGTATAATACTCCATCCGTCCCAAAATAAGTGTCGCTGCTTTAGTACTAAA
TTTTTACTAACTTAGTACAAAATTTGCGACACTTATTCTGGGACGGAGGGAGTATTAAAT
ATGCTTTCATGTGAATGTTCTGTGATTGAAGGCTGTCTTTGAAATTTTCAATGCCTAGCA
ATCAGTGACTTAATAAAGTAAATCTTCCAGAATAATAAAATAAATAAGCTTGGGTGCTTA
CGTATACACAGTTTAAGTTTTCTGTTGAGTTCTTTCATTCAGAAGATACATTTGTTTTTG
AAAAGTTTTTGTTGCAGACATAACTTGAAATTATTACTGATTTCCCTTGCTCAATGTAAG
ACATAACTTGTCTTCTATATTCACTTCCTGGGTCTTAATTGCTGGGAAATTTATTGTCAG
AATTTTGTTCTTCCTGAGTTGCTTTTGTTTCATACAGTAGGTTTTCACAGTATCCAGTAT
TACTAGTATTTACTTTTGTGCTAAGCTGAACCTCTGTCATGTATTTGTAGGGTTTGCCCA
CTTTGTCGTGGTGATGTTTGCCGATCTGATTCGTCGAGCGTAGGGAAATTCAGCTGATTC
TTTTATCTCTTAAGGATCCAGCTTCTTGCGAGAAAAATGGAGCTTCCGAAATTGTTCTTT
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ATGTTGATATATTGGTTATATATATGGCCTGCGTTTTGGTGATGTCTGAAATTAGCGTGA
TGTTGACAATCTCTTCAGATCCTGCGTCAGGGCAAACTGTCAAACTGTGTCAGGGCATCT
CCAACGCTATCCCCCAAAATAGATATTGTATATGTCCGGGTCAGTCTGCGGACACTAATG
TGAAAATTGGCCATTCAACGGCATCATCTAAATGTTTGTCAAGTTTTGACGTCAATTTCA
TTCCAAAATGAATAGCTATGTGGATCAAATATAAGTGTGTTGCCCATAGTGGTCGATCGC
AACCGCAAATGTTGCTGCTCCTCCTAACTGGTCTTCTCCCCCATCTCATTCGTCAAGCGC
TTCAACATCTTTACATGGACAATGTGCGCACAGTCATCATCGCTTCAGGATCGAACTTGT
TGATCTTCATGGTCAATGTTTTTATCTCTGAGGTTGTCCTGAGCTCAACTCTTCTCTTCG
AGCTTGATCTTCTTATGAGTCGCTATTTTCTTTTCCGCCAACAATCTGCCAAGCCATCCA
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GGGTACACAAGGAAGGAGTGTTAAACATAATATGTGCTAGTTGTAACGTGACACATGATG
ACTTGTTAGAGATAGAGATAGAGTTATCGTTAGGTAGTTTGTTATGATCTTCCTTGTAAC
TGAAACTATCTTATCTCCTCTTCTCTTCTTCTCCAAGTCTTGTAATCTATCTTTGTACGC
GTTATGGGCTTCGCACCCCCGACTATAAACACACAACGCATCCCCTCGCACCGAGGTAAG
ATGCTTAAACCAAACTTCACATGGTATCAGAGCCTCCCTCTTCCACTACATCTAGTCCAA
CCCCATCCTCATCCACCCCTAGCTCGCCATGTCTTCCTCCTCCTCCAGTCTCCCGTCAAT
CGGCCTCACGGGACAGGTTACGCAGAAGCTTACCAGGATGAATTACGTCCTCTCGCGTGC
TCAGATCACACCGCAGCTACTCGGAACGGGTGTTTTCGGCTATGCCGAAGGTACGGTCAA
GGAACCGGGGAAACACCTCGTCACCAAGGACAAAGACGACAAGGAGGAAGTCGTCACAAA
CCCTCTTCACCAAGCCTGGGTCCAGGAAGATCAACAGATACTTGCATATTTGCTAAATAA
CCTGTCCAGAGAGGTTCTTGTCCAGGTTACAAACATCTGCAAGGCGCATGAGCTGTGGAC
TGTCGTGGCGAACATGTTCTCGTTGCAGTCCCAATCGCGCGTCAACAACATCCACGTGGC
CCTCTCCAACGCGCAGAAGGGCACACAGTTCGTGGGCGCATACTTCGCCCACATGCGCTC
CCTCGTTGACGAACTCGCTCCTGCTGGGAAGCCGCTGGATGATGACGAGATCATCTCCTA
CATCGTCGCGGGTCTGGACATGGAGTACCAGCCGCTGGTGTCAGCTCTTGATGCTCGCAC
CGAACCGGTCACGCTTGACGATCTCTTTGCTCAAATGAGTAATTTTGATCAGCGCGTGGC
CCTGTTCCATGGAACCAGCAACAACGGCGGGTTCAAATCCTATGCAAACGCCGCTGTCCG
TGGTAGTCGTGGTGGCCGTGGTCACTGCAGTGGTCGGTCCTCCTCCAAGGGTAACATCGG
CGGCGGAGCACAGCGCGGCGGTCGGTCCTCCTCCAACAACAATAGGGGTCGCCGCAACTC
CACCAAAAACCGATCCGACGTTGTCAAGTGTCAGATTGCTGGTACCGCTTCGACGAAGAC
GAAGGTGAATCCTCACAAGATGAGAAGATTGCTGGTGCTGCCGAAGCTTCCTATGGAGTT
GATACAAACTAGTATGTGGATGGTGGTGTTGGGGATCGTAGTAATTTTAAAAAAAAATCC
TACGACATACAAGGATCTATCTATGGAGAAACCACCAATGAAAGAGGTTGTAGAGCATCT
T