Map Locations of contig_1562038 (7707 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map locationNo map location




Predicted Genes from contig_1562038

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_11875 4 2178 bp MLOC_11875.3 Available Available LOC_Os01g67870.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13101.m07381 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_11875






Contig Sequence (7707 bp)

>contig_1562038 7707 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCGCCAGTCTCCCCCCAGGCCCCCCCTCGTCTCGGTCGATTCGTGGCGGCGCCGCGGAAT
TGCCTCCGTGCCGCGGGTAAAGCGCGGATTTTTCTTTTCAAATATTTTTTTACTATTGGT
AGTATTTTTCGAGGGGTAATTCTGGGCGGAGAATTTTCCGCTCGGTACCAGTTGAATCTT
ACCGTGGGGAAGTTGCTAGATTTCGCTCTCACAGCGGTAAGCCGCAAGTTACCATCTCTG
CTGCCATGCTTTGGGGGTGTCGAAATTGGAAGATGATGATATATCTTCTACACCATCTGT
ACCTACATAATTGTAGTTGGGAAAAACTAGACTAGTTCTTCCCGGCTACAATTATTTAGG
TACGAGGGAGTACGTTTCAGGCCGGCAAATCCATGCGTACTTAATGTATATCCGTGTAGC
AGCATAAGCCTTACCGTCTTGTCCGTTTCGTTTGGACAAGCAATGTTGATCTCGACCTTT
CTTACTTGTTTTGTGTGCCTGGCCTTGTTTCATCCATTTGGAGTGTAGGTTAGAACATGA
CTGGCTAAAGTTTAGATTATGGTCTGATGCTGAATACCTTGCAGCTTAATTTATAGCATT
TACTTTCACACGTTACACTGTGGCTTGCCCCTGATTTCTAATGCAGTTTCCCACAATTAT
GTAGGGGTGCTGTATCTGCTTACTACTTGCTTTTGGTTGGGCTGTTGCTTCATTGGTCAG
GTATTGTGGACCTTCAGAAAAGCACTTTTGTATTAAAAAAAAGATCTTGGCTATGTTTTG
AGTGCCAGAAATTCAGCAGCAACTTGACTTTATTTTGCAAAATGCAATTGGTGCTTTCTT
ACCAGAAAAAAGGAAATTCGTAAGATGAGGCGCAAAATGGCATCTGGACATAGTTTTGCC
TTTCTTTGTGATGACGTAGATGAGCTTGAGCACTCCGTGCAGCAGAAATTACCTATGGTC
TCTGTAGTCATGCCTTTGAAGGGCTTTGGGGAGCACAATTTGCAAAATTGGAGAACTCAG
GTACAGTCAGGATGCAATATACTAGATTATATAGTACAGTATTAATTATTTTGCTACTGA
CACCCATATACACATTCATACATATAATATTAATTATATTGCTATTGACACCCATAAAAA
AATACAGATTACTTCTCTTTATGGGGGACCATTGGAATTCTTGTTTGTAGTAGAAAGCAA
AGATGATCCAGCTTATCGTGCCGTCTCCCGATTGATTGTAGAGTACAAGGTAAGTGAAAG
CCCTGGTTGCAGTTAATGATCTTATTTTACCAAATAGTTCATCTCATCTGTCTATACCAC
TCGTCATCAGTCATAACCTTTTGGAATTATATGATTTTCAGGACAAATTGGACGCAAAGG
TGGTTGTAGCTGGGTTTTCAACAACTTGTAGCCAGAAAATTCATAATCAGTTAGTACGTA
AATGACTTCACTCCCACCTTTTTATATTTCGGAAAAATGAATGTTTTAGTTAGCTCATGG
ATGTGAATGCACTATGAATAATTACATCCGCAATGCTATTATTGACATCAAACAGAAATA
TAGAGTGCTCAGGGCTCACACTGATGAGATCAAATATTTTATGCACGGATGAGAAATTAC
AATGAGTCAAATTGTTTTATGCACTGACACGCTCTAGATTGGTAGATTGGCACCTCCATC
TCTTGATAACAAAACTGCCTTTATAGTAAGGTGAAGTGAAACTGCCTTAGTTTCAAGAAG
GAAGAATTTTTCTGGGGTCTTAGTATGCACTCCCCCGCACCCCCTTCATACAAAGTGCAT
GAGAACCTGAAAAATTGGTAACAGCAACGCATTGGAGTTGTACATTATGAGTCCATGATG
GTGATATTGAATCAGAAATTCAAGGAAAGACATTCGTAACTTTCTGGAGCTGTCATAGGA
CTATCTTCTGGTCTTACTTTTTGTTTACCGAACAAGCCTCTTGAGGTGTCAGGCTAATGG
ACTTTTGTTCTTCCGTTGAAACAGATTGGTGTTGAAAAGATGCACAAGGACAGCAAATAT
GTTCTATTTCTGGACGATGATGTCAGACTGCATCCTGGGACAGTCGGAGCTCTCACAAAA
GAAATGGAGAAGAACCCTGAGGTAGGCTTGCTCTGGCACTCTCCTTTATCCCATGTCATT
CTTCTCACCTTCCTAACAGGGCAATTTTTCTTGCATCTGACAGATATTTATCCAAACGGG
ATACCCTCTTGACTTGCCTTCTGGCAGCTTGGGAAGCTATTGCATATATGAATATCACAT
GGTATGTTGTTTTTTCATCATTGGAGATTATGCTTCAAAGTCTATATAACATGAGGTCTA
TTTAGTGCAAAATGTGAATTTACATCATGCTGTAGAGAAGGAATTTGGTTTATGGATAGT
ACGAATGCGCTAGGTTGAGGATAACACCTCCTTATTGCCTTCTGTTTTACCTTATTTTTT
GAAGATTGTATCATCGATATTCGCCTATCTCCGTTGAAATTTTTGAGATATTTGAGTTCT
TTAGTTTCTTAATTTAACCAATGAATGCTGCCAGTGACTAAAACTGACATGAAGAAAGTA
AATTAGTTTGATCTGAAAAATTGTTATTGTACCTTTGTTGTTGCTCCTTCGGTAATTGAC
AGGATTGCTTATGTACTAGATTAGAAGTTTCTGTAACAAGGGCGCTCATATTGTCTGCAT
TAATTCTAGGCTTCATTGTTAATTAGCTTGTTGTTTAGCTTTGCACATTATCTGGCTGAT
TTTTCTCTTTTACTCACCTTCCCATTTACTGAAAAATTGTCAATATCGCAGCCCTGTTCG
ATTGGATTTGCAACTGGCGGGAGGACTTTCTTTTTGTGGGGTGGCTGTATGATGGTAAGG
GTGTGCTGTAGCCTGCCATCTCCAAAAATATATATACTCTCAGTTCTTGCTCTGTATAAA
CTTTGATTTGATTCTGTACTGGTGCTAAGACAAGTTTATTTTAGATGCATGCTGATGATT
TCCGGCAAGACCTGTATGGTTTAGTCACAGCACTAAAAAATGGTGGTTACTCAGATGATA
TGACCCTTGCTGCAATCGCTGGTAATATTCTGAGCAAGGAATCACGTCTTTTCTGATGCG
TAGCTATAAAGGTTGCATTAGCAATGGAAATTAGTGTTGATAATGTATACAATGTTAACC
TTATATTACATGCTCAAAGTCGCTATATAACAGCCATTTATCCTTTTTCTCTTTGAGATT
TTTGGCTTTTGCCTGTATTAAATTCTGGATGTATTATAAACACAACATTTTTTTGCAAGT
AACTTGAATGTATCCTTTATATAGGGCAACATAAGAGGCTGATAACTTCACCACCTGTTG
CTGTGTTTCCACACCCTCTTGCAAGTGATCTCAGCTTCTCCAGGTACTGCAGATCTTGCA
TTAGAAACATATTCACCTCATCTACATTCATTTGACATCACATTTTATTGACATGCCATG
TTTTTCGTGCAGATACTGGAATTATCTAAGGAAACAAACTTTTGTTCTTGAATCGTATGT
TTCAAAGGTCAACTGGATAATGAACCGTGCACTGTTTGGTGTACATTTCTATTTGTCATG
GGGATTTGTTTGTCCCTATGTTATGGCTTTGGTACATATTGCGACTACTCTTAGAGCACC
ATATAGCGCAATTGTAAAGGAAGCAGCTGAGTCGTCTTGTGGTGAGTGCCTCCGCCCTGT
CTCTCTCCAAATATTCATCACAACAGATGCGTTGTTATTGGTGTGGAAAGTCAATACAAT
GAACTGTACTCCCTCCGTAAAGCAATATAAGAGCGTTTAGATCACTAAAGTAGTGATTTA
AGCGCTCTTATATTTCTTTACGGGGTGAGTATTTAATAATTGAATGTCCCATATCTGGCA
TGTTGCTGTATCCAAGCTTTCTGTTGATATTTCTCATGTCGTGCCATGTTCTTTCAGGTC
TGAAACTAGTGAGCTTCTTGTTAATATGCACTCTCACTGAACTCGTTTCGATGTGGAATT
TGACGAGAGTTGAGATCCAACTCTGCAACATGTTATCTCCAGAAGGACCACAAGACTCCC
TTCGTTCATATAACTGGGGGCTTGTGGGTGCCTCTTCCAGAGCACCAACTTATTTCAGTT
TCAGGCACCTCTGTCGTCATGATTTACTAAACCATGTTTTATTTGGACTTGAATTTCAGG
TGTTCGTTGCCGTGTTAGTAGACAATTTCCTCTACCCGATATCTGCCATCCGGTCCCATT
TCTCCCAATCAATCAATTGGTCTGGTATCAGGTACTACCTGAGAGATGGGAAAATAAGCA
AGGTACGCAATGTAACCTACGCAATGTAACCTGATTTTTTTCCCCTTGTACCCTAAACAG
TTTCTTTCTCAATCGTCTTTCAAATCCGCCTGGTAAAATGTGATTTGTTCCTCTATGCCT
CACTTGGTTATATTCCACAGATTGAAAGGGAGAACAGTTCGAAGTACACCGATCTCGGTG
GGAAGCATCTCTATGGCAAGAGGACATACCCTGCTGGAAAGTCGTTGCTCGGCTACCTGT
CCATAAGCCTAGCCCAATGGCACCAGCCGAAGAAGTATGATGTCTGAGAATGCCTAGTGG
AATCCTGTCCTCAATTTTGTGGGGCGTCGTGTTGTACACCTGTGTTTTGTTCTTCTTTTC
TTTTGGTTTATTGATTGTTTATTGGTTGGTAATGGTAGGGTCTCTCATTCTTACTGGATT
CAGTTGTTCAGGCGTTAATTAAAATTGCAACTCATAGTAGTTCTTGTAACATTACAGATA
TGTAACTGGCAGATTGATTGAAGAAGTGAAAAATGTTCCATACTGGCCTGTCCCGTCGTT
GTTTCGTGCTGTTTATTCACACTGTGAAATTTAACTTGGAGAATGGATGGATACAGCTTT
AGGGCCTCTTTGATTCGTAGGATTCTAAAAACGCCGGAGTAGGAAAAAACATAGGTTTGG
CGTGACATACCCATCTCAATCCTACAGGTTTTTCATCAGTTTGATTGGATCATAGGAAAA
AACAAAACAGTTCTTTTGAGTGGATGCTAGAAATCCTATGATAAGTAGTACAAAAAAAAA
ACTTTTGAAAAAATTCGTATGAGGTTCAATCCTACGAATGAAACAACCGACATAGTATCC
ACAAAAGTGCCTACGAAAATCCTTTGAATCAAAGGAGGTCTCAAATTGTTTGTTGTTGGC
CACCCCCGGCCGAATCTGATTCCACTTTGTTCTGCTTTGCCATTTGATAAATTTGGCTGT
CCTCGACATTTGGAGGCTGACAGCGTATTGTCCAGTATTTTAATCCGACTGGATGAGAAA
TGCTTCAATATAAGATGAAGAGGCCGCTTTGGAATTTGCTTTGCCCGTCCAGGCTGACAT
GCTTTGACAGCCATGCGGACGTAGACTAGTAGTAGAAAATGTATCGACGGCCATCTATTT
TCTACACCAGTTGCCAATTGGAGACTTGGAATCCGAGCTTTTTTTACATTTAGGTTTGCC
ATCTCGATGTTGCGAAATTCCCGAGCTGCGGTTTGTATTTAAATCGATGGTAGTAGCAAC
AGCAAATAGACAACCCATCGCGTCCTCCTCCCGAGCCAGTCGCTTTCGAATTATTTTTGA
ACGGAGTCGCTTTCGAATTATTTTTGAACGGAGTCGCTTTCCATTAGAAACATCTGGTAT
TTCAACCATACAGTTTTCAACTGGAAGTCTCCGCCGCATTATTCATATATACGTAGAAAA
ACAGATTGTTATCCGTCCTGCTGTTTTGAACCAGACTACTAGAGGTCTCCGTCGTCAGAT
TTGTCCCGTCGTACTCAGCCGTCCGTCCCTGGCCGGGACCGGGTCACCATCGTCCATTCC
GCCAAGGTGTACGTTGGCACGGGACGTGAGACCCTTGGTGTGATCGAGGAGCGATGCCAA
CGCCCGCCGCTTGTCTCGTCGTGCCACGGTCTTCTTTCGTCCGTCATCGCGCTTAAATGG
GCATATACTCGTACACTTTTTCTTCTTCTTCTTCTTGATCGATTGAATCAAAATCGAATT
CGGAAAGAGGAGCTTGCCAACTGGGCATACGTAACATGGCATGCGCGGGAGCAATTGAAC
AATTCGATCGCTGCTAACTCGTCAGCGTCCGGTCTGATATGATGGCGATCGGCGAAGCGT
GGTTTGTGACCGAGTGCTTGACGCCACGTCGACCAACAAAGCTCTCGCGAGCTCGGGCTA
TACCCGCTCAAGAAAAAGAAAAAAAACTCACGCTTTGGAGAAGCTCCTTCGTACCTATCT
CTAGCTGAACTTGACAAATCATATTCCATGCACATAAGAGCATCTACAGCCGGACGTAGC
AAATCCGATTCCTCAAATGCCCGCGAATGCGTCTAATGCATTCTACAATCGAATATTTTA
AGTTAAAAACCTCAAATCCATATTAATACACGCAACGTAAACCTAATACGAACGGAGCTC
GTTCGGCTCCGTCGTGTCCATGTCTCGCAGCAGGTTGTGCCCCTCGTAGTGTCGGCCCGG
TCGCCGGCGAGGTAGAGTAGGACATGGGACACTAATCGGCTCACGGGAGTCGAGCTCCCT
CCGTCTTCATGCCCTACTCTTCCTCGTTGGAGCTCGTAACCCGAACGGTGTCGATGGACG
TTAGGTCGATGATGGATTCTTCCTGGAACGGTGTCGATGGACGTTAGGTCGATGATGGAT
TCTTCCTGGAAGGAGATGACGTCCACCACAACACGGTTGCGGCGCTCGCATCCGTGACGC
CGAAGAGTGTGACGCCGCCTCTTCAGGGGCCATCTCCTCCTCGAGGCCGCGTGGGATTAG
CTCTTGGTCGACGAATCTCGAGGTGAAGGACCCTGATCCACTTCATGCCATGGCGGAGAT
CACCGGAAGTGAGCTTGGGTGGCAGATGGGAGTGGAGTGAAGTGGCTAGGGTTTGGTTCG
GTGAACGGATGGGGATGAATATATGTGGGGTCGATGCGGGCAGGCCGACATGATGGGGAT
ATGAAGGATGCCGATCAGTCCGGTCGTTTGAAGCCCGTTCAAGGCGCCCCGATTGGGTCG
AAATTTCGTGATCGGTCACTGACTCAGCGGCCTTTCCGGACGTTTGAGACGGATATGAGA
AGTCCAATTCAGATGCTCCAAGGGGACACAATCAGACACGTTAGCGGTCAGTGACCGGTA
ACTCCTTATTTTTTCCTTTGTTGCATTCAGTTATCTCATACTCCCTCCGCTCGGAATCGT
AAAAGATAATTAAAATGGATGTATGTAAAATTAAATTACATATAGAGACATTCATTCCTC
CCACAAGTATATCCACATGGAGTGACCATTAGATCCTTCAAATCCGTATAAAACATGTAA
AATAAAATCGACGTACTACATAGATAACTTAAATTAGCCTACACTACTTGTTGTCGTTGG
ATATGTCCTACATGTCGGACCCTACCTCGGGGTGGATGGCCGCCTCCCGCACCCCGGCTC
CTCATCGGACTCTGTCCCAACTAAGATTTCGTTCAACTCCGTGTCCTGTTACTCCTGACG
GGATCTAGACTGACCCGACATATCAATACTAGTTTTTTCTGCGTACTTTGTCCTCACTCA
TGCGCACCCGGGATCAACTTTTCGGTCGGTCACCCATTCTAGAACTACTCCAAGCCGAGC
ACTCGTCGGGCCACAGGAGCGTTCCTC