Map Locations of contig_1561672 (9252 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_1561672

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_11701 4 4726 bp MLOC_11701.2 Available Available LOC_Os12g10700.1, FRAME:-3, EVALUE:0.0, 13112.m01134 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_11701






Contig Sequence (9252 bp)

>contig_1561672 9252 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATGTATCCACGCATGTATCTAAGTTTCCGATCAATATAATTCTAGCATGGATANNNNNN
NNNNNNNNTGAACAAGGAAATATGATAATAAACAGTTATTATTGCCTCTAGGCCATATTT
CCAACATTGTGCACATGTGCAGTTCTCTTATCTATTGTGTTCTTCGTCTTAGGAAACTAG
TCAGGGGCTAGAAGAAGTGGGTTCCCGGTGGGTTAACTGGGATAGCCCGCCTAATTTATG
TTGTGTTCCACGGGTGCCCACTAAATATTTTTAAGTGGGATGAGTAGATGATCCCACCGC
AACCCACTCTCTTCTGTAGTCTAATTTGCGGCAGTCGTCGGCGAGGACGGAGGCAAAGGC
ATGAGTATGTGGTGCAGGTGGAGATTCAGAAAGAAAGGGTAAACAGTTTAGGCAAGCGGC
GATCTCATGTCGAGAGGTTAGAGACAAGCGTAGTGAGCGAGCGAGACTATGGATTCTCTC
CTGGTGTTCCAAGGCGTGGACGCTATCCGAGGGAAATCACAAGGATCGGGCCAAAAACAC
TCTTGGCTTCGAGCGTCCAAACCTAAGGACACCTGGCCCGGGTCAAATCTTCCGCGTGGG
CTTTCCACCCAAGAAATGGGCCGAGAACCCTGGGGGATCCCAGGCCACCAAATGAGCCCT
TAGGGGTGGCAGGCTACCCCATGATCTATTTTAAGGGTGTTTGGGGATGAGGGTGCAGTT
CGCCAGAAATGGGCCGAGAACCCTGGGGGATCCCAGGCCACCAAATGAGCCCTTAGGGGT
GGCAGGCTACCCCATGATCTATTTTAGGCCTTGTTCGGTTGCAACGGATTTGAAGAGGAT
TGGAGTGGATTGGGGAGGATTAAATCCCCCTGTAAGTCAAAATCCATCTCAATCCCCTTG
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AATCGCGGACAGGATTAGAGGGATGGCCACGGAAAGGAGGGCAGCACAATAGTTCAGGGG
AGGGCGGGGCTGGCACGGTGCCAGCAGGCGGTTCGAGGTTGAAGAAGATTAACAGTAACC
GTTTCAGAGAACGGTTGAAGATGCTCCTGGTCGTCCATCTTGCATGCCCAAATTTGATTT
TCAGTCGACTTACATCTAGCCAATCCCTTGAATTTTCATAACAATTGCAAACCTATGATC
ACTATGTCATTACTTTGCAATGATCGGTGGCAACTTCGTCCCTTCCCCCCACATTCGATT
GACAGCTTGAATGTAAGAAAAACACCTCCACTGTACATAAAACTCCTGATGATAAGTTGT
TCTACTTCGCAAAAACCTGATCCATGACGTGACCAAAGTTCTTGTAAAAATAAAAAGCTC
TTTTGAGAGTCTGCCTGAAATGGTCAGTCAACCTGACCACGTAGAGTCTGCGAATTTGCC
GCATAATCACACAACCACGACAGCTTGAGGCAAACTGCAACGACATTCCAGTGATAGCCA
GATTTCAACTAATCTTTTGCTGAGCTGCCTCAACATACTGCAGAGCAAGCTTTTTCACCT
TGTCACCCTCCTTGATCAGGAAATTCGCATTCTTGGCCTCCGAGTGGTGCTTCATAACCT
TCTCAGCTGTTTTGGCGACAGCCCACCTGTATTGTTCAACGGTGATTACACCACTCTTGC
AAAGTGGCCTGATGTTCTCTTTCACAAACATTTCAACCTACAAATGTCAAAACAAAGCAG
CTCAGAACGGGTGCACATATGTAATGCATCTCCATGCAACACCTCCTAGTTGTATTCAGA
AATGTAGTGATTCATTTTAAAAATAGATAGTACGGTGTAAAAATGGATGTCCGGTGGAAC
ATACAAGTGTGTTACCTTCTTATGTATGGAACTAGATGAATCTGATGCGCTGTTATTGCC
TGGATCAGGTGCTGGTTTCTTTAAACTGTCTACACTTTCTGCTGGATGGGTGGATGACTT
GTCTGCTTTGGAATGTTTACGATTCAACTCTTCATTGCCACTGGAAGATTTCTCTTTACC
GGGCTCCAGTTTCATTGCTTGGCTGATTCCTTCACCTTCTTTCGGCACATTATTCCTATG
AGAAGATTGATTATGCAAATCGCTCACTGTTATGTCCACTTCTTTTGAGTTCTCCACATG
CCCGGTACCTTCGTCAGGCATGTCAGCTACAGTTTCCTTTTCTGTTTGACTTGTTTTTTC
ACATTGCAAATTACATTTATCGGCTTCGGCCAAGTTCACTGGAAGGGTTTCATTTGATGT
TGCATTTGTAGTTTCTCCACCGTGTATCAATTTCTGACCCTCCTCAGAATTACATTTTGG
TTGCTGACAGGACGTCGTTGTATCGAGGTTCTGACAATTTGTGTCATACAGAACCTGCTT
TGATGAATCGTCATCTTTAAGGTGGGGTGCATCCCTAACCCTAGAATCAGAAGTTGACTG
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TTTTTGTCGCGGGGAAATTGGAGAACCAGAAACTGTCCTGGAATTACCTTCAGCTGTGGT
ACTTTTTCTCTCGGGGCTGTTAGGAGGGGAGTCAAAGAGGCCTGCTCTTTTTAGTGCTTC
TTCCACGCTGTTGAAACAAACAGCATTTTCACTTGCATTCTGCTCAGGCACACCCCCTAG
TTCACTCTTATCAGTTTGTCCGGCAGTAGCAGGAATATCCAAAAGGCCTGCTCTGTCCAA
ATCTTCTTCCACATTACTGCTAGCACTATAGGTACTTTCAGTTGTAACATGTTGTGATAT
CAAATCGCTGCTAACTTCAGCCTTTTCAGTTAGAACTGAGGCATCATTCTCAGGTTTTGC
CTTGGCAGACTGGCGAGTAGCCTGAGAGCAAAGATTCACATAAACTGATTTGCTACTGGA
CTTCCCGTAAATATCATTTTCTACATTGATAGCATCGGCAATAGCCAATTCAGTATCTGC
ACATCTCCGAATAACATCCAAATTTGCTCTCTGCAGATAATGCTCGGAGATGCGGTAAAG
TTGTGCCTGAGATACATAAGTTTGGTTGATAATTTGACCATTCAACAAGAAAAATACAGG
TGCACTTGCAATTTATAATTGGAATTTAGTTGAAATGGAACAAAGTAGGAGCAAATAATG
AAGCTGGCAATGTGTAAGCACAATAAAGGACTCCCTTAACGATTACCTGTCTAACTGACA
TAGGAACTTTATTATGACGGCCAGCTGTGAGCTGTGGCCTCATATCCACGGGAAGTTTTG
CCTAAGAAAACCAAACGAGTTAGTGTTTCTAGAGTGGTAGTCAATGAACTTTTAAATTAT
TATTTTATAAGGTAACACGTACTAATAAAGGGTAGTTCGTGCTGAGATCGTCAGTGCCTT
CTGTTTGATCTTTGCTAGCAATAGAGCTGGCATTTTTCCTTGCCAGGATCTCAAGGGCCC
ATTTTCTTTTGTCAAGTTTGATATCACCAGCAGACTGATTTGGTTTATTCTGTGATGCCT
GGCCATTTTTGTTTTCTCTTCTACTCGATGCTTCTTTACTCAGGGTCGAAGAACTCAATA
CTTTTCCGGTGCTGTTGGGCGAATTGATTTTGATTGTCTGAGTCACTGGTGAAGGTTTGT
TTGTTGATTTACTGTCGTCACCTTTGATTTGGCTATTTTTATCGAATGGGGGGCACCCTT
CAAGGGCAGACAGAGGTTTTATATCACCCTTCCTGGGAACAACTGATGCATCAGCCAGAT
ATAACCTGGACAAAAAGGCTTTCTTCTCTTCAGCAGTTTCTTTGCGCGTGCCAGTATCTG
AGGATTTCTTGAGTAACTGAAGTACTGATTGCAGTGTCTCAATTTTTTCAGGATTTATCC
CTGGGGAGCAACGATGTTTCCAGAAGTCAACTTCCCTGTCGCGGTGCCATGCACTTCGGC
TCCTTCCTGTGGATGATGCATACAACTTCTTGATCAGATTCTCACGTATCTTCCCCTTTT
GAAGCACCGACTTCCTTGCAAGCGAAAGGTTGGTTCTTTTGTCTGGTCCATCCATGGACT
TCCCAATTGCTGCACGGAATGCGGTCAAAAGTTTTTCGTCAAAAGCGTTATCCTTCTCAA
GTATACTAATACCATTATCTCTTACTACTTCCCTTATCTCTTGTTGTAGCTTCTGAACTA
CTGCAGTTGATTCTTTTCCGTCCTTGTGTAAAATCTTCTTCATTCTAAGACCAGGCTTAT
CTCCTGCTCTTCTCCCTACAGGCTTCGCCAGCTCCCTGCCAGGATCCCTCATGTAGCTCT
CTCCTTCAACTATGCTCATTATATCAGGGACATATTTGTTCTGTGTGACGATTTTTGATG
TATCACTGGCAATAAAATTGGTTGCAATCGAAGTAGCGTGGCAGTCTGATGAAGAAACAC
CCGAGTTTGCAATGAGATGCATTTCCTGATCTTGCACTTCCAGTCTTGCTTTCTTCGCAG
GATGGCTAATTTCACTTTGTAATTCCATATCACTGATATTATGTCGATCCTGCCTGGAGA
AAAAAAAACGATACTAAAATGAAATTGTGTAGATCTATGCAACTCTCATGTGAGTGAGAA
CCAACAGTTCTTGCAAGTGGGTGTGTAAAGCAAAAGATTCTTACATGGGTGGTAACTGCG
TGTTCTTGTCGTCTTTCCTCTTACGAACTGCATCTGTGTTGATCATATCAATGCCAGACG
ATGTTGCAGACATGCTAGCTGCATTCATAAAATGGGAGCATGTTATGTTCGATGCATAAT
ATGATGACCACATGACCCCTTGAAAAGAAAAGAATGCAATATAATCGAACAAGATCAGGC
CAGAAACAATTGTAATAAAAGGTGCATCATGTCTATGTAAACTAAGCTATCAAATATACA
TTGTCTATAGTATTGTAATAATTTCTTTTTTTTCCACTATGAGATTAACAAACTTCTACC
AAAAAGATCAACAAACTTCTAAAGATGCAACTAACACAGCAGATTGTCTACTGAAATATT
CAAATATGATGACTAAATGACAAGTTGGCATGTATTGAAATGTACTAATCTCTCATAACC
TAGAAGTATGAGGCCTTCAATTATTGTGCTGGTATAAGAAAACTACCAACATACCTGCTG
AAGAAAGTTGGGCAGATTTGATGACAGGAGATTTTTCATTGCTGTTTCTAGGCAACGCAG
CCTCCTCCCCAGTAGTTTCAGCCTCCATACTTCTACATAATGATGAATAAGATGGCCCAT
GTTGTAGTCCATCTGATTGTTCATTTGAAATGTTACCATGCTCTGAGCTAAACGGGATAC
ATGCTGACTCACGTATTGGCGAATGATCTGACGATCTTTGTGTTGGTTCAGACGAAACCA
AGCAGGCAAGATTAATTTCAGAAGATTTATTGTGTGGTTTACAAGAACTATCTTTGTTCC
TCGGGATACAGGCATTTGCAACAGCTTCACTTGATAAATCATCTTTGGAATAACTTGGAA
GTGAATTGCAATAAAATGCTTCTTGGGCTGTCTTCGAGCCTAGTGAACCTTCTAATAGAT
CATCCTTACTTTCAGAATTTACAGCAACCATTGAGACAACAAGGGCAGTTTCACCATCAT
CTGCAACAGATACTGACACCCTCCCAGAAAATGATGCATCGGTAGATGTTCTATCAGAAT
CCCCACTGATATTTTGCTTCAGGGCAACATCTGACTTGTTTTCCACCTCAGTAGATACAC
ATCTACAGGATGCAAATGCAATTGATAACTTCCTTATCACAAACCCAGAGCAAAATACAG
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TACCTTGGGCACAACCACGAATCTTCGGATGTAATTTCAGGATTAAAGCCCACACATATG
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GCAATCACCACCATCCAAACAGACTACAGCCTGGAAATGGGGAAATAATAGCAAGCCACA
GATCAACTTCAGGAGATAGTGAATATGGTGGTTTTAATGATTTGAAAATTAAATGATGAG
TGATATATAATGTTGTTACTTCTGCATCTATATAGTACGAAGGGAAAGAAAGTGGGTTGC
TTTCGCCTGGCTCATACCAATCATCATCACCACTGCACAATAACAAAGATAAATAGGAGA
AATAATGAGCATGGCCTTTATTTTATTTGCTGCACATTGGTTCAAAACAAAGTAAATTAA
ATTAAATGCAGCTTAAAAGAAGAAATTCACAATCGAGATATTCATGGACCAAACGATATG
GCATAAATTCACAGGCAAATAAACTATTACAGACAAGCATATAAAAGTACACCATATGAT
CAGGTGACCAGTTGCAAGCTTATGGTTAGTATACCCGACCAAAGGAACCAAAGGAAGGGC
TTTCAATGGCGCTATGAGCCTATGATTTAATAAATAAGAGTATCGCTCTACCCTCTACCA
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ATCAAGAATCTAACTTATGACGTGACAGGGGAACTAGAGAGTAAACAACAACAAAACTGA
ACCAAGATATGTTCAAACTGATGGTACATGACCATGTGACCTTACCTTGTTAAAGGGTAA
TCGTCTTCAACTTCAATACTATCTCCAGTACCAGTACTATCATATACCTTCAATACAAAT
AAAAAATTACATTCCAATGCAGTTCTACCTATTGAGGCACTGAGCCAAAAGAATTCCATG
AATTTCCATGTGGTGTTAGTATTTATTTTTCCAAGATTGCCAGCACTGAGATATGTTTTA
CTTACAGGAGTGGATGTTATATGCTGAAACTCAATTTTGCAGAGGGGGCATCGATTCGTG
ATGGCAGACCAGTTGTCTATGCATGTATAGCAAAACCTGTTATGTGAAATAAAGTTATTT
AATTATCACATTAGAGCTTTAAACAAATCATGTAGCACTCTGTGGACATTGATACAATAT
CGTTGCTTATGTGACTACAAAACATATTTTTTAAACTTCCTTATATACAGAAATCAATTC
TGAAGGTGTTGAGTGAGCAGTACTAGATAGAACATATGAGACTAAGAATCTAGTCAACAA
TGGTAATGTCAAATTAAAACTTGGGCTTAAAGAACTTGAACTTAAAATGGAATGGGTAAG
GGAAAGCATTTGAATTAATAAGCAAGGTGGACTAGAATACAAAATTATCAAATGAGGATG
ACTTGGACAGTGCATAACACCTATATGCATTGACACTACACAGGTTTAGCCAACATATTT
ACACAAAACTAAAAATAAGATTGTTACCTAATAAGTTCCCTAGCTGCACAATATTGACCC
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TGTGGATTCTTCGTTCTCGTATCTCGATAACCATTTCCAGCTCAGAAATGGGGAACAATT
CCCAGGATTCAGAATGTTCATCACCCTCATGCAGGGAGTGCTTTCACATGTCATAGCCAA
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ATCGTTGCATATAGCAAATGCGAAAAGATCATCCACGGAATAATCGCTAGAGAACTACTC
CCTCCGTTCACAAATATAAGATGTTTTGGATATTTCAATCTGGACTACATACGGACTGAA
ATGAGTGAGCAAACACACGATAAAACGTGTCTATATACATCCGGTACAGAAAAAAGTTAG
AACATCTTATATTTGTGAAAAGAGGGAGTATAAAGGAAAGGGGGTACCATCTCGTTGAGT
CCCTTCCCTCAACTCAAATGGTAACAAGTACTTGTTCTAAAAATACACTTGGGTTTTATA
ATGGACGAAATACCAGCACCGCTTCTTGCGCTTCACTCGGTTGCCCGTCAACATCCATCT
GCATCGACATCGCTGACCAGCAGCGGATGGTAAGCTTTCTCGCGCGGAAGGCCCCGCGGA
AGAACCCTGTAAACAGCTGCCAGGAGCCAAAATTCGTGAGCAACCAAAACACCGCGGCGT
ACAAGCGGTGGATGCAATCTAGCGATGCAAATCGGGGAAACTTGAACTCGATCAGCGCAG
GATGTTACCGCGGATAGGTGGACAGCTGCGGAGGAACGGGGGATCGAGAGGAAGCTGGGT
CGCTGGGGGTGGGGAGCGCGAGGGGTGCTCTCCGGGACAGTCCCTGCTCTTGCTGGGCGA
GCACTTGCCCCGGCCCTCGACGGCGACGAGACACGTGGGGTCGCCGGTACTCGACCTAGG
CTGGGGTCGCGCAGCAGGGCCGCAGCTCTGCACGCCTTCTATTCCGGCCCAGTCGACCGA
CTTTTCTTTCGAATGTTGGTAGTGGTCTACCAAATTTATTTATCAGACGGAGTACAATTG
AAGCATCAAAGGAGAGTGAACGAAGGAAAAAAAGACAGAAAAAACAGCAACAACTAGCTA
CTCAACCGGCATCAAAGGGGTATTTAGAGCATCTCTAGTAGAACCGTCGAACCCTTAAAA
ATAACCGTTTTTTTTTACAGTTTTCGTCGAAAAAACGGCGTAGACTAGAACCCTTAAACT
CGTAAACCTGTAAAAAAAATTAGAGGTCCAACCCTGAAACGCCTTCCCAGCCTGTAGAAA
TGAGGGTTGGGAGGAAAAACTCCCCCCAACCCGCACTCCTCTTCCTAGATCGCGCGGGAG
GGAATTCCCCCC