Map Locations of contig_1560776 (11379 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1560776

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_11295 5 6860 bp MLOC_11295.1 Available Available LOC_Os12g37890.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13112.m03901 protein expressed protein
MLOC_11310 7 4270 bp MLOC_11310.6 Available Available LOC_Os06g14406.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13106.m01592 protein SYD, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_11295






CDS Structure of MLOC_11310






Contig Sequence (11379 bp)

>contig_1560776 11379 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGTCTTTCACCTGGATCATGTGGAAGGCGATTGATGTCATAAACTGGTGGCAGTGAAGAC
GGTTGTGGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAGGGTTTTGACACGAGCATGATGTGATGGGC
CTCTGGGGTTATGGTTGGAGCTATCCCAAGTTCTACTGCTACTTAATTGAAGCTGCACGG
ACAAATGATTAATGATTATTGACTTCAGCATGATGTGATACGCCTTTGGGGTTATGGTTG
TAGCCGTCCTAAGATCTACTGCTATTTAATTGAAGCTATACGTACAAATGATTAGTACCA
GTTATGCATCACATCGCTAGCGACAACGCCCTCTACCGTTACGTTTAAGCCTGCCTCAAG
TTCTGGTACATAATTGAAGCTGTAAGAGCAATAACCGGTGTGAGTTGTGTGTTCAGTTGC
TATTGCCAACTGGGTGAGTTAGATTTGGGCAGGATATTACTATAATTGAAGCTGTATAAG
AGTAATAATCTGTGTAAGTTGCATGCTCCGTCTCTATTGCCAACTGGTTTGAGTCAGATT
TGGGCAGGATGGTACTATAAATTGATGATGCTTTGGCTCTTGTGAGTTTCTTGGGTCTAC
GCATGTACGTATTTGCGTATTAGTTGCCTTTTCTATGTAACATACTTTGTACCGCTTGCG
CATTTATCACCTTCTCATGGAGCTTTGCGGCAGGCATTTATAGCTTACCTTATTTGTTCA
AATGCCGTGAGCAGGCTCTGCAATCTCAGCTGTTAGCTCTATCCAATGCTGGGAAATATG
TGCAGGCTGCTGCTCAAGTGACGGTGGCAACTTTACCTGGTAAAGGTAAGATCTATTGCA
GTTATTTGCTCCTCTTTGTATCGTTCATCTAGCGCCTTTGTTCGTTCTTCAATTGTCCTG
TGATTTGCTTTGCTGAAAGGTTGCTTTATTAAACTTATCCCACTGTTTGCCTTGATTTGC
CAGGTGGCAGTAGTTTGAGTCTCTCAAATGTTCTTCCTCAGAAAACAGTTGCTCCAAGTT
ATAAGAAGAACTTGAGGGCGAATCAAGGGCAATTCAAACTTGGCACCAGTCGTAATCTTG
CTTGGTTGAAACCTGTGCCAAGTGATAACTTGGTGATAAGTTTCTCTGATGATGATATTG
AGACTGACTCTGGAATGTCAAAGCAAGTTGGGGGTAAAGGTAGGAAAGCCAGCACACAAG
TTACACATAAACCTGGGATGAGTATGCAAACTAGACTTATGAGAGAGGAAGCGCCCCAAC
AAAAGATCCGTGCTGCAAACATAGGATCCACGAAATGGCCCGCTAATCCACACACACTCA
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GTCAAGTTACACCTCTGAAGTCTTCCCAGAAGGATGGAACTGGTATGGGAGTAAAGTCAG
CAGATGATAAGTTGGAAAGTTTGCGCCACAAAATTGCTGCCAGAGAAAATGAGTTAAAAG
TTCAGAAAAGACCGATGTCACCTGGTTTTGTGAAGGAAGCTGACTGCTCCACTGATCAGA
CAAGGCCACCTTTGGAGAAAATAGGCTTTGAAGCTTCCAACAGTGGTCGGCGTGCTCACC
TTGATGGTCCATTTGGACATGATGGCAGACCAGTTAAAAGGCTGAAGACCAATCAGCAAT
GCTTCGACAACCAAGTAGGACGTGATTTGGTAACACTGGTAACACCTGGAAGTTCATTGG
GAAATGACAATGTACAATCTTCTGAAAGAAGGGATCACATTGAAAATGGAATCACCATGA
ACTGTAAAGGTAATGAGGCAGAACATGCCATGACAACAGAATCCTCAGATCAAATGCATC
TTGGTCGTACCGCTAAGAACCTTCTGTCATCAAAAAGTCACCACATGGTTCTACAAGATG
GTGGCAACCATGCCGCAGTTGAATGTCATAGCAAGCTTGCAGGGCCACAGTTTACTAGCG
AGCAACCTATGGCTGAAGATACCAGTGCTTTGGTTCCTGTTACTTCTGTACCAGCAGGGG
CCAATTTAGAAAGGTCATCTATTCATGCCAAGGACCATATTTTCTCTACCCAGGATTGGC
AACAAGTAAAGCCTGTTGATACTTCAACTGTGTCAAATGAAAGGCTACACTTGCAGCCTG
CAATGGAGGTTGGTTCAGCATTTGATACCTTTACTGTCTTCTTGCTAATTATTCTATTCC
TATTTCATTTATGTTGTACCCTCAAATGTACTAAAAGAGTTTGGTTCCATTTACTACTAG
TTCCAAAGTCAGTCATCAGGTATTTCACAAGCTCTCCATTAGAAAGTAGGAAAGCTGGAG
TAACAATTCCTCTATTTTCAAAATACTGCTACCGTTGTATAATGTGATACATGAGAATAA
ATTGCACTTCTGAATAGTCAAGAAGCCTAACCAGCTTAATTCATTTGCTTGCCAGGAAGT
TTGAACCAGTTGTAGTTTGCTAGTTGATACCTTTTTCCTTAACATAGTAGCGACAGCTTA
AGTTGTAGGTGATATTTATATCCTTTTTATTTAGGTTTCGTTCATAAGAAAATTTGACCA
GATTTGTATCTCTCAGTGAGGAAAATGTGAATTTGTATGGTACATCTTTTTGCTCACTTG
TCGCTCCGGGCATACATCTAGTCAATTGATGAACTTTGGTAAATGCTTTGTAAAACAGGG
TTAGCTAATGTTTTTCTGTCGCCCCTGTTTAAACCTGATATCTGCAAGGTGCAGATATAA
ATCAAAATACTTTCTCTCAATTTCTCTAGAAGCTCCGGTCACTGAAATTTGATGCATTGC
AGTTTCAGGCTTTCAGCTGCTATAATTTGTTCTGCAATTGTCTGAAAATGCCTTATATGT
TTATTTTCGTTTAATGCCTATGATGACAATTGTAATCTATATATGGCAACCAAACAGAAG
AGTAACTTGTCAATGTGGGCTTCTTATTTTGTCAGAATGATGATCTCTTAAACCGGAGTT
GCCAGGTGGATATAAGAGGCCAGAACACAACATTGCTCTCTCTGCTTGAGATGGAGGAAC
TCCAAGACAGGGAGTTGGAGGTTGCTCAGGAGCATAGGCGAAAATGTGAAGTTGAAGAAA
GAGAAGCTCTCAGAGCATATCGCAAAGCACAAAAAGCTTTAATTGAGGCCAATGAAAGAT
GTGCCATTCTTCGTAGAAAAAGAGAAGTTTGCTCTGCACAAGTCCATGGTTTAATCGCAG
AGAATTCTTCTTTGGCGCAGTGTTCAAATATTCAGAATGCTGGACGTGGCTTTGTAATGC
CGTCACTACTCAACTCTCAGTTCCATGCAGATCTTCAGATGCCCGAGATCCGTGTTGGTA
GGTCTAGCAGTCCATACCAAGAGGAACCTCCTCAACAGCCGGTGGATAAGCATGAGGCAC
GCTCACGCCATTGTGATGAGCTTGCTGCTGCCATTGCTGATCCGAAATTTGCGAGTACTG
TCCATGATAACAGTGAACCTTCACATTACAGGGAAGAGGATCCCCTGTTCTCTTCTAAGC
GGGCTAGATCAGAATGCACTTCAAATCTGGAGAATGAGGAAACTATACATGTATATCTGG
AGGAAAACAGAGAGCCTTCTGGTGATAACGGGCAGGACTATGAACTTTTAGAAGCTTCTT
TGAGGTCCAGATTGGTGAAAAGATTTGTAAGGAATCCACATCTGAATAACTCTGAAGAAG
TCACTGAAGAACATGTAAAAGTTACGGAACAAGAGAAGCAATCTGCACATGTTGAACTTC
AGTTACAGGATGCTGATGAGATTATGACAAATCCTGAAGGTTCACATTTCTTAACTTACC
CAAGTCATTTGTACCCGTATTATTTATATGGTTGCCGTATGCTCTCCACTTAATGATGAC
CTGCATGTGCGGTGAAAGGATGTCAATTGCTTGACATTCCTTGCAGACATTTCTTGTTAA
GTTAATTGATCAACTAGATAATGGTCAGGCAATCAGGTTATTAAAGTACCGACATGGTAT
AAATATGCTTGAGTACTCTTAATAAGAATGAACTCTAAAGGATTTCACCATTTTCTTTGT
TGTGTTGTTGAGTAAGATTTGTTCTTTTGGCGCAGCATTTATGCATGAGAATCGAAAGAA
CCAACTGCCGGACATGTTCTTGTACACCCACTAAAGATGTTATGCCTTTTTCTAGACTGC
ATGCATTCACCAAGAATTATTGTTGAATTCATGTTTGGTACTTTATTGTGTAGGCACAAC
GGAGCTTGCAAATGATGTGGCTGATTGTGTTGAAAAGATGTCTGGTCTATCTAATTCTAG
TAATGCTCTTTCCATGGGCAACTGTGATCCTGAGGACAATATTTACTCTCTTGGAGAATT
ATGTGCGCCATCAAGTGTGAATTCTCTCAATTTTCCGTCTTCAGCGCCACTAAGTGCTGC
TAGACACATCAAGTGGGTAGTCCAAGGCTTCTGTAAAAATGATTGTATAACCAGTAATGT
AGCATCTGATGCAACAGTAAGTGGACAGTATATGATACAAGATCGTGTTGAAGAGAATTT
GAAGATGGTCTCAACAGCTACAAAGGATAAGGACATGGTGCACAGTGGGATTGATCCCTT
CTGGCCCTTCTGCATGTTTGAGCTCCGAGGAAAGTGCAATGACGAAGAGTGTCAATGGCA
GCATATTGAGAATCATGCTTGGAGAAAGTCAAATCACACAAAACATGCACTGTCCTCCTT
TTCAGGTTGTTTTATGTGCAACCAGTATATCCTGTTAATTACTTAATTTTAATGTACACC
TTTTTGCCTTCCATATGCGCTGTGCTTGGTGAAGGTTTGTCATTAATTCCTGGAACTATA
TATGCAGGCCGGAGTCCTTATGATCTGTTTCAGCATATTCTGCCAGTGCCAACATATCGT
GTTGGTTCAAATCTTATTAGAGCCGATCTGAACTTAATGCAGTCGGTGCTGGCCAGCAGT
ATATGGCAATATTGGCAAAGGGGGTTTTGCGCTTCCTTTCCTTTACCTTTGTCAGTTCAG
AGAGTTCTTCCATCGGATGCACCATTCTTACAAGCTGGTGATGGTTCGATTGCAGATTTT
GATAGGAACAGACAGCTATCAAATTTGCGAATGCTGGATAGTAGGAAGGTGGGTGCCGGT
AGAATCTGTTCACCATTATCATCACATCAGCGGAAGTGGCATATATATCAGTATCTGGTT
GTCGACACTGTTCTTATTCATACGAGTGTGCTGCTTTGCCTGTTCTCATTTCCATGCAGA
ATATCTGGAATTAGCTCAAAAAGTTGGCAGTTGGAATGCTTTTATGCTCCTAGTGGACAC
AAAAAAAATCAACTTGTTATTGATGATATTTAATCTATTCACATGCATTTCTTTTTCATA
TTTAATGTTTAACATTTTTTCCTTTGAAATGCTAGTTCCACACTTCCATTTACTAGTTCA
ATTGTTCTCTGATCTGCTTATATTTTGATTAGTTTTATTTAACCTTTTGTTCTGTAGAAT
AAGATTGTACAGGGATCTGTTGATGTTGAGCTTTTCTTAGAGGCTGCACTTGGTTTGTAT
TGTGGGAAAGTAAACAAACCTGACAGGCTCAAGGTGATTTTTGTATTGCTTACTTCTGAG
GGACATGTTACACATTCTAACATGGGTTCGATTTATTGACTTACAGTTATTCAGCTTAGC
TCTAATCTCGAACATGCATTCTACAGGCTCTTTTACTTCTAGCGCGTTCCATTGAGGCTG
ATCCAAGCACAGTTATTCTGTGGGTGTTTTATCTTCATATTTACTATCAAAAGGATGAAG
GTCTTGGGAAAGATGACATGTTTTCCCATGCGGTACACTGTTTCTCAACCTTTGCCATTT
AAATTCGTTACACAAGACAAAATTATGATACTAGGATCCATGAGCCAGGTGCCTGTTAAT
ATTTGCTAGGTTGCATTTCTATTTTGTTTACACGGGTGGTTTACCTTAGAGGTGCAAAAC
TAGGTGCCTGTTTCTTTTGAACCATTTTTTATTCTATCTGTAACTCAAACCATTTATACT
AGTTTTATTGAGCCCTCTCGTGTGACAAAAACAATAAGTTCTTGTGTTAATCAAATTAAA
ATTTTGTTATGGTATATTAGGCATTGAGTCCATATTTACATCCAATCTGTTCATGTTTGC
TTCAGTTTCGTATCATCTGATACCTAATATTATGCATTTCTCCTTTTAGGTGCAACACAA
TGTTTACTCCTATGAATTATGGCTTATGTATATTAATAGTAGGTTGCGCTTTGATGACCG
ATTGGATGCTTATAATGATGCTCTGAGTATGCTCTGCCAAATGCCAGCTGATACTGACAA
TGAATTGAAAGATAGGAGTGCCTTCATCCTAGATATTTTCTTACAGATGATTTACTTCCT
GTGCATGTCTGGAAATGTAGATAAGGCTATTTCTAGGATATATGGGATTCTACCTGCTGC
AACAGCTGACTGCTCTGGTGACAAGTTACTTTCGGATGCCATTTCTTGCCTGACTGTGTC
TGACAGATGCATATTTTGGATTTCATGCCTGTACATCTCAATTTATAGGAAGCTTCCAGA
GGAAATTTGCGATCAGCTAGAATTTCCAAAAGATTTACCTCGCATGTTAGTATGGCATCC
TGTTGAACTTAGGGTAGATAACAGACGTCAGGTTACAGAACTATTGAAACATGTTGCTGA
TAAGATGTCTCTAGATATTAATGAGACTGTTAAAAATGGGGATCCTTCTTACCTGAAATT
GTCACAATTCCTCGTTGTTAACCACATTAGTTGTTTAGCTGCTCTTGAAGGCTTGCAATC
TTCTGTTGATATGCTGATGAAGTATATGAAGGAGTACCCAATGTGCCCCAATATTCTTCT
TTTCGCAGCTCGCATATGTCAAAAGTATGGTACATGTCCTGGTCTGAAAGGGTTTGATGA
GTTGCTCATGGATTGGCCTAAAGAGGTGCAAGGAGTTCAGTATTTGTGGAATCAATATAT
TGAGCATGCTTTGGCAGATAATATTGAGTTAGCTGAGAAGGTTCTGGCTCGCTGGTTTGA
AGAATATGGAAAAAATGGTGATCTCCATTGTAGTGCTGCTGTTGGCATGGCGGAAGTTAG
TAATGAAGTGTCCGAAAAACCATCGCTTGCCTATACGCAAGAAGTTTGTTCTGGTCCATC
TGCATCTGAAGATCAGGTCTATTGGTTGTTAAACCTCTCACTGTACAGGATGCTAGAGAA
CAACCTACAGGAAGCACAAGTTGCTGTGAACAAAGCATTGAAGTTGGCCCGAGGGGAGAG
CTATGAACACTGTTTAAGGGAGCATGCTGCAATTAACATGCTAGAGATACCATCTTGTGC
AGACACTCAAGCTCGAGATACCTTAAATATGATCAGTGGTTATCTTGCAGACCTTCAGAA
CTTACCTGTGAAGGAACTGCTGTCTCGAAGGTTTATCCAAAATGTTAAGAAGCATAAGCT
TAGGCAGTTGATAGATGACACTATAGGTCCAGCTTCTGCAGATTCTTCAGTGATAAACTC
AACCCTTGAGGCGTGCTATGGCCAGTCCCTCCTTCCAGGAAAAATAGGAGTAAAATACCT
TGTGGGTTTTGTTGAATCAGTTATGGAGGTTCTTCCTGCAAACTACCGCCTAGCCCTGGC
AGTTGGCACATTTGTGGTTAAACATTATACGGGTGCTGACCCTACCTCGATGGGCACCAG
GTTCTGGGCAAGTTCTGTTCTGATCAATGCCATTTTCCGTGCTGTACCCGTCGCACCAGA
ATCAGTATGGTTAGAAGGTGCCAATCTCCTGGAGAAGCTGCAGGCTGCTGAGACCGTGAA
GCGGTTCCACCAGCAGGCAACATCAGTGTACCCCTTCTCATTCGAGCTGTGGCATGCTTA
CTTGACTGCCTGCAAGGCCAGTGGAAGCAACATGGAAAGCATCACAGAAGCCGCTAGGCA
ACGAGGCATCGAGCTGAATGTAATGCCACCCTAGTTTTGCCCCTTTGTTCTGAAGCTGTG
GAATTATCCAGGTGGAACTGTAGTTTAGTGTTGTGCTTACTGGAAGTGACGTAGATACAT
GGAATCGGTGGTGGGATTGACAACCAGGTGGAGGCTGTAGCTAGTGTTGTCTGTTTACTG
CAAGGGATATAGCATATATGGAAATGATGGTGGTGGTGATGATGACGATGGGGGTGGTTT
TCTTTTTGTTTAGGCAGTTTTACTTACATATGTTGTTACTGATGGGCAGGCAAGTTCATG
GCGATGAGACCAGAAGATCCGGTTGGCAGGGTGATGGTGAAGGATACCAGGCACATATAT
ATGGTTTACTGGCTTTTTTACCACCCTACACAGAGGGGTGTTCCTTTTTGGTCGACTTGA
GAACGATGTTGAATACAGATTTCTTAGTCTTTCAAGTTCTTGGTTTCCGCTGTTGATGTA
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TTTATCGCTGCAGTGTGCTTTTAATTCGCAGTTTCAGCTTATTGCCCATTCTGTGTTGCT
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CCCCATCTTTTCCGAATTATAAGAAGCTCCTACATTTTTTGATTGTAATATACTCCTTCC
ATAAACTAATATAAAAGTGTTCAGATCACTAAAATAGTGATCTAAATGCTTTTATATTAA
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GTTAGTTCATATTAAAATACGCAAAACATCTTGTAATAGTTCATGTAAGGAGTGCAGATT
TGCAGCACCCGAGCTCCAGTGCTCTTTATATTGAACATTTTGAAATTTGTGTTTTCAAAG
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TATACAACCCGTGTACACAGGATAACCAGGTACCTCCGATCAAACAAACTTAATCACATC
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TGTCGGCAGACTGCCCCGCAAGGTTGCTACACAACCCCGATCCTACCTTCTAGAAAAATA
AACACCACACCAAAGCGGCCACCAGGCAATGAGCCGCCCTCGCCCGTCGTTCGCACCGTC
CTTGTCCCCGGTGGCCGTGCCGTCTCGGGGAGACCTCGGTCCGTCCTGGCGAGCTGCCCT
AAATCCGGTGACCACGCCGTCGTTGCATCGGTGGCGGCTACACGGAGACACCTCAGCCCA
TTCCGACGCGCTGCCCTAGCTCCAGTGTCCACACTGTCCTCGTCCTGATGGCCGCACCGT
CTCAAATACACACGTAGTCATCGTGCCCTACCATCGACGTACTTTCAGCCCTACCCTTTA
CCATCGGCGTACTAGGCACCATCGACGTACTTTCAGCCCTACCCCTTACCATCGGCGTAC
TTCTAGCCCTACCCCTGTAAGAAAATAAATGAAGTTTTCTCCATGACACTGCCGATTTGT
GCAACATAGTTTCTTACATAGAGGACACCATGACCTATAATATAATTTGTTACCTACAGG
ATACCGTGTAACAACATTTGTTTTATCCAAGAAATTAGTAGACACTGCACATTAGGATTT
CTTACCAATGGCTTTATGAACTGCAACATTGGTGCCAACAAGACAAAAATGACAGCATGT
TTAATACAAATCCTTGTCTTCGAAAAGACACTATGATACCATTATAGAAGATCCATATAT
TTAAGCTGGTACCAATCTCTTATCATTTAAAATGTCGTGTTAGATTAGAATCACAGAAAA
ATAGCCCCATCAGCTCCAGTAGCCAATTGGGATTGGACAAACAAAGTGACGCCCTTTCCA
GCTCCGGACCTCAAGGAGCAGAAAAGGATTCTTGATAAACTTACATGCAAAAAATAGATT
CACTAAAATAATAATGTTGATATTTATTTCTTGACATGATAATGTTGATATTTATTTCCT
GTCTAGTACATGATAAGCTGAGTTGATGACGTGGAATTGTTCTTTGTTTGATTATTGTTC
TCCTCACAAATTGACAACAATGTGTTGCATATGGTATCCTCCCAGGTCCCAGCGTAGTGG
GGTACTGTCTCCACTTCAGGACCTAAAGAACAGCGGCAATTCAGGTAAATATACATATCA
CCAATTCTTACCTACTTGGACATTGTAGATCCTAAAGATTTTTCCTCGCAGGTTAAAAAG
CAGATCCAAAAGAATTGAAGAGACAAAGGTTTATCTTCGCAGGTTAAAAAGCAGATCCAA
AAGAATTGAAGAGACAAAGGGAAAGTGAGAGGTATGCACTAAAGAGAGATGATATATTGA
AAAGGAGACGTGAGGCAAGTAATCATAAGAAAGCTACATATGCTATTCTAAATGTAAAGC
CCACTCCATCTAAGACAATTGTGTCCATATCACCTGGTTTGTCCATTTTTTTGTTCTTTA
TGATACAAGAATCACAACTGTAATAGTATCTATGACCAGTTCTTTGTGACAGACTTTCAC
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GAAGGTGATGCTTTTTCTATCCAAACATAATAATTTCATTTCTGTGTGGGCAACTGACAT
TGTACAGACAAGGGTGATGTAGGCATACCTGTTGATGTGGTGACGTCTGATCAGACTCCA
ATACATGGTCCAAATTCATTAAATCACGCAGTAGTTCCTTTTCTAACAAGGAAAATGTTT
CAATAATGACAATATAGAGGACGAGCTGGAAACTATAGAGGACGAGCTAACAATGCCTAT
GCAAATAAAGAAACATATTAGATAGCATAACAAGCCTAATAAGGCATAAGACTATGTGGT
TTGTCCCCAAGGCACAGAACAAAACCTTCAATGTCCTATTGCTACAATATTATCCTCAGT
GAAGTTGTTTTGGCTATCATCAGAACCTGACATCTTGTAGACCAAGCAGACAAGCACACT
AACAAATCAACAGACAAGCAACCCCGTGAAATAGATATAGAGGAGCAGAATTGTTGGGCA
TCACAAAACATAAAGTTTCTCAAAATTTGAATTCAGAAACTTTGGGTATGATCTACTGCA
GAATGAATATCGGTAGCACCGGGTTGAGTTTTTCGGAGTCACCGAGACTGACCACTTGCT
TAACAGAAACTTAGGCAGTCTTTTCGGTGTAACCAAAAA