Map Locations of contig_1560217 (11302 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_1560217

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_11028 6 2457 bp AK362034 Available Available None
MLOC_11029 1 3479 bp MLOC_11029.1 Available Available LOC_Os05g47900.1, FRAME:-1, EVALUE:5e-99, 13105.m05077 protein protein binding protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_11028






CDS Structure of MLOC_11029






Contig Sequence (11302 bp)

>contig_1560217 11302 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATACGGATGTATATAGGCATACTTTAAAGCATACATTCAATCATTTTGTTCCGTATGTAG
ACTTCTAGTGAAATCGCTTAAAAGACTTATATTTAGGAACAGATGGAGTAGTATCATAAG
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AGACATGGCCACATGGGTGATATTGCTGCTCCACATTTTGAAAAAATTCACTGATAGAAT
ATCTTCTTTTGTCCCTAGTAAATTGTTTCTTGCTGTATTTGGATTCATCTTTACCTACCA
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GATGACAAAAAATACGAGAACGAAAATATGCTTCCAAACAATGTTTCAGACCCTAAACAG
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TGGGGATGGAGAAAGCCAATCAACCTTTACATCAATATGTGATTTCATACACAATTTCTT
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TCTTTAAAGAAAATATGATTAGACAATTTTAGGTTGGTAGGATATCATTCATTGCTGTGT
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TGGTATCGAAAGTCGTGCTGTCGACCGACAGCATGATGTCAAATTATTGAGTGCGCTTAA
AGGCTAGTATACCTTACACAAGTAGCATTTGGAACTGGCGAATTTGACGACAACAACAAC
AAAGACGACGGCAGCGAGTGATTCCTGCATTTTCTCGGTGCATCGAATGTACATTGCACA
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TGTCTTCACTGCTTCTGAAGCAAGTGTCCATGAATGTACATATGTGTTTTTCTTTCGATA
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TGTACATATCCTCCGTCTCTTGTGCCGACATGATGGCACACCTGAAGCTCAAAACCGCAT
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GTGATAATCACACGCTGTTGCTGTGGAGCAACCGGCACCGGCTGCGAGCTCCCTGCTGCT
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GAGAAGAGCATCAGGTGATCCATACTTGAGATGTCATATGTGTGACAAGTGAAGCATTGG
GAATTATTGGTACCTGAAGAAGATGGAGTTTCTTCCCTGCTGAAACAACTTGGAAGGAGC
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TCTCGTCGCACCACCTCTGCACGCATGTCCGGTGGGCGTACTGAAAGAGAGACACCGACC
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GCTGTCAGGAACATCTGGTAACCGAATGTCTCGTTGCTTCGTACACGGTTTCTTGTCTTG
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AGTAATGAAATCTTTTAAGAAAACTTATGTTTAAAAACAAAAGGAGTGTATATCCTCTAT
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TGACCTATTACGGACCAGTTTGGGGAGCGTTCCAGCGAGCTGTTTTAGAAACCTTTCGCC
TGTTTATTATTGGGAGGTTTCATTATTTTTTTCTCACATAATTTTATATTGGTTTTATTC
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AAGTCATGAACCTTTGACTAAAAATGTGTGACCACTTTTTTTTTATCTGTGTGAACATTT
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TCGAAAGTTTGCATTTTTCCTGTCAGCGATACTCTTTAGATTGTCAAGGAGAACGGCAAA
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AAAATCTCATCGACCACGAACTACTCCCAATGCCTAGACATATAAAGACTTTCAAAAAAC
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ATACATTTTGAATACACTATCATTTTTTCAAAATCATGAACATGGTTTTGTGCCTTGATC
ATTTTTTCCAAATCACGAATATTTTTTATAATTGGTGAACAATATTACAAAACTATCAAC
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AGCTAGACGCTAACCACTCCACTAATTACACGCTTGTGCTTTGCATCAGTATTGTTTCTC
GAGTAGTACGCCGCGACTTTGCAACAACGGACGACAAAAGCACTCAGTGCTTTAGTATTA
GGGAAAGATAAAACCTTTTGTCAACATCTCGATATGTAATGTTAATAACCCTCCCATCTC
GACAAGATCGACAGGATCCATCGCATCTCACGCGACACCCGGCTGCAGCTGCTCGTCGGC
CATGCAGGGAGCACGGACGAGCTGCTCGTCAGCGTCCATCCAACAGACCTGCTTCTGCTT
CTGCTGCAACACAAAGAAAAGTGTAGTGGAGTAGCTACTGATCTGCTCCAGAAACAGAGC
ATGCAGCCAAACAGAGGTGCAGTATATTCAGATAGACACTGAAATAGATGATGGTTGTGA
CAAAATCTTGTTAGGTTGATCTCCACCGATAGGCCCAACGGCCTATTGGGCTTTTGGTCA
TCACGCCCTTGGGCGTCTGCTACTTCTCAAACAATAGTGCCAGAAATTGACACGTTGATG
GAGACTGGTCTTGCGTTGGTTTTTTCCTTGAAGAGAAAAGGTGATGGAACACAGGAGCAG
TAAGTATTTTCCCTCAGTTTGA