Map Locations of contig_1559965 (12950 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_1559965

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_10873 3 3490 bp MLOC_10873.2 Available Available LOC_Os12g16650.2, FRAME:-3, EVALUE:0.0, 13112.m01766 protein Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase, putative, expressed
MLOC_10874 1 726 bp MLOC_10874.1 Available Available LOC_Os12g16650.1, FRAME:-3, EVALUE:3e-46, 13112.m01765 protein Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_10873






CDS Structure of MLOC_10874






Contig Sequence (12950 bp)

>contig_1559965 12950 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CATGTACTGGACTGGATGCACACACGATTGTGCCAAGAGGGAACACTCCTGTGGCCCGAC
GAGGACGTTGGTTCCTCTGAGTGGTGGTGTATGTGATAGCCTGGCTTATTAGGGATGGTA
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GAAGAATTGGAAGCTTGAAGGCTTTGTTTTCGTAGTTTCTTTCTTGTAATTTTGAGTCAT
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TGAGTTAGGATTTCACTAGTGCGATTTGCCTACCATGAGGAATTTGAGAGCCCCAACGAG
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AGTGTCATCTAGAGAAACCCTTGCTCTGACGACTTTGTGAGAATCCAAAGTGAGGAAAAA
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ATGCTTCATCATGATGTCTTTGTAGTTGCCATGTCTTGTATGCACTTGAGTACTTTATCC
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GTTAAAATCGCCCAATCACCCCCCGTCGATATAACACACGTTCAGTTCATCATATACAAC
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TGTTCTTAATTTCGAGTCTAGGGCTTAAATTTTTAAGGCACATAAGATAGCCAGATATGG
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AGTGTGTTTTGGGATTTCAACCCGGGTACTCACCGATGATGAGATCCTCTTACGCAACCT
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CAGCCAGGCATCGCACAAGAAGGTGAGATTCAGATATAACTATAATGTTCTGATTTGATA
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AGTCGTGTAATTTGTACGATGTCATCTTGTAAAGACGAGAGGGAGCATATGACTTCAATT
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TGGTAATCACCAACTGTTCGCGACTTGAAACCAGCTGCAGAGTATATGAGATAGAACTCC
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AATCAATAAGAAACTAATACTAACTGAGCAACCAAATGTAAGATACGAATATGTGGATAT
AATCGTTACAACAAATTTACTTGCGCAATGAACATATGGTATATGTGCTAGTCTTGTTTC
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GTGTAGTAATGTGGCCCAATATTCTCGACATGCTCTATGCTACATTCGGTGCGCAACAAG
AACAGGGAGGATTTAATCAGTGGAGATCCATCCATGGCCATTAATTAATCAATCAAGCAT
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AAGGAGTATGTTTCATTGGGTTTTTCTGCCAATCCAAAAGAATAAGGCCTAATCCTCATT
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AATCATATACTACTTGTTCGTAGTGATAGTGGAGGCCCGCCGTAAGGCTGTTTGGAAATA
AATTTAGTTGTTGAGAATGATATTTGTCATGTACTAACCTGGAGCACCAATATGCCATCT
TCAGCCAAGTAAGACTCGCAACAGGCAAAAAATTCGTCCATGTATTCATGGCCAACATGT
TCGATCATACCGCTGATTTACAGGAAAGGAATATGTAAGTATAACCACGTGCATACGTAA
GTATAACGACATCCATAATATAGTAGTAATACTTACCAGCTTATGATTGCATCATACTTG
TAAGGTGGTATTTGACGGTAGTCGCACAACATAAAACTTATGTGGTCCTATATAAAAGTT
AACAACAATAGACAGTATAATTGTTAACTAGGAGTTTACTCTCCCAAAGTAAGCTGAGGA
CGAAACAATACTAATTCATCATGCATGTATGGGTAAAACTGTGTCTATCATAGGCTCATA
GCTCACCACAGAACTTATTAAGGCTCGCTAAGCTTTTAATGGATTATATGTTATTATATG
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GGGCGCTGATACTAGTTGCAAGCAGATGGTGTGGAGAGGTCAAGGAAGGTATGTAGGGGA
TTTTGGCAAACAAATGGCGTTGTCCTGAAGAGTGTGGTGGTCGTGGCAAGCGTAGAGGAC
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TTTTTCCTTGACTACGGCCAGCACCAAGCAAGACCGAGCTACTCCTTCCAAGGTAAATGT
GTGTGTAGGAATATAACTATGTAAGGTTTGATATAGGACAACATGCTAAACTGTCGCAGG
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CATTGTTGTATTGTGGTTTGTCCCTGCAGTATCAGCTGAATTGGTCATGGAAAGTTGTTT
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CTACAGGTCTATAGGATAAAAAGGCTAAAATGCTCACACTACACTTTCTCAGCGAAAACA
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TGGGGGTAACATAGAACTAACCTCTAAGCCCGCTTCTCTGACTTTTCTCTCTGCGTATTT
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TATTGCTAAACTTCCCCAGCCGCTACCGATATCAAGAACATGATGCCCCCTCTTGACTTT
AGCCTTTGGTTGAATGTGTATTTTGCAAGGTTGAAATACCACCAGATCAGTTCACAGGTC
ACAACATTGTCTAATTGGTAATCAATCTAATGACACAAGTTCTGGAGATATTAAAGTATT
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CTGTTAGTGTTATTTGGTACGTGTAGACGTATTGCAATGAATGATAGTAAATCTTTTTAT
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AATTGACCTATTCAGCTAGTTATTTTAACCGTGATGGAATGTAATAACAAAAGAAGAGAC
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GGGTGTCCACCGACCCCTGAAACCAAACAATTTATATACATGATTAGTCACAAACACATA
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AGATTTATAACCCTTTTTTGACACTCCTGCAGCTCCTACGCACATCTCTGTTAAGAATGA
GTATCTGCACAGAAATAGATTGTGGATTTGATCTGAAATGAAGAAATATCTCTACCAATA
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AAGCAATTACACTGGAGTATACAAGAAATAAAGAATCATGCACGAAGACATCACCAATTA
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ATGGATACGAATTGGTTGAAAAATCTTGCAACTAGAAGGCGCGTGCTAGCCTCGGTCCAT
GATGGAATCATCTGCTTTGGGTTCAGCAGAAGCTCACATTTCTTTCCAAGCAAACCATGA
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TATTTCATGGAATAGTCATTCTGAAATTTATGTGATTGAGACTAAAAGCGTATATGCCAG
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TCATGGAAGCCATGACCTGCAGTCCAAGGCAGAAAAGACATTTGAGACCTAATGTTCTTT
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TGGAGAGGCATGCCTACCCCTGAGGACATGTAATGCTGATATACAAAATGGTTTCAGCAT
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TTTTGGGGCATCAGATTTTGATCGCAGTGGAGGTATATATTTCTGCAACATAAACGTGCC
AGACAACCAGTAGATCAGATAAGACTTTATTTATGTGTTCATTCAGCAACAGTAGACAGG
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TACGAATGGAAGTATCATGATGCACATGAGAACTAATAAGGGGCTGGACGGCTTACGCCA
GAGCATCGTTCTTGAACTTGAATATCTCACGGAGCATGCGCCAAAAGCTTGTTTTTAATA
TGTTGGCTTTTTGCGCCAAGAGGCTTGAGATACCATTGCCATTGCCCCACACACATCCTC
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GCAAAAAAATATTAGTGAGGAACAAAACATAATATCTTCTTATATAGGCCTGTGAAGATC
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AGCTACAACTGCATTTCCAACCACAAACATTATAGTAATATATCAAAAACATAACAATAC
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ATCGATTTTTGACATTTTGCTACGAACCCTGCCAAAGAAAATCAACCACCTCAAAACAGA
AACAGCTCGCTGAGCCTACAACAAGCAACAATTCTCGATATTTTCTAATGACTTGATACC
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GGTAGTAATCCAAAGGTTGGGCGTGAAAACGCGATAGTATTTGTACTAGGGCGAGCTTTG
TGCTCAGGGGCACTCCACCGAGCACCTTCAGTGCGACAGGCAGGCGGGCACGAACAGTGC
TGGGAAACATAGCGCGGGGGAGATATGTTGCCGATCAAGACTGTATGTTGAAAAATATAG
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GGCGCCGGCTGAGTGTAGGCGAAGACACAGAGCAGCGGTGGGAAGGGACCGGAGGTGGCG
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TTCTCTGGAGGCGCTAGCGGAGTCGAAGAATATTTTTTTTTATCGGGCATGGCGGAGTGA
GTCAGTGGAAAGGTGGGAGACAAAAACGCATTTCCTTTTTCGAAATGCTCTTCTGAGCAC
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ATTAATTTCGTACTATAATTAATGTAAAGTTAAGTCATTCATTTTGAAATGGAAAAATAT
TGAAAAAATAAAAATAAACATCTGAATCTTCTTGGCAACAAATACTGATGTGCATTTTAT
GCACGTTCAACTTTTTGCGATGGAATGACATTTTTGGAGGTCTAGGACAAAAATCGATAC
TCTAAAATGCTTTTCAAACAGTTTTTTTTATCATTGAAGGACCTTCACAAATGTCATTTC
ATCCAGAAATTTGCACGCATCTGGAACACACGTCAATTTCTGTTTGAATTTTTAAAATTT
TATTTCTATTTTTTGGATTTTGGTGTAGGAAAGGGTGCACGTGAGCTCGTGCTCACAAAC
TCCATGTTCTTTTTGCCGAGCTCACAAACTCCATGTCCCGCCAGGGTATTTCAATGTTTC
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TTGTTGTCCGGTAACCATAGATAGACGAGCCTGGACTCATGTACACGAATTTTGAAAAAA
ATAAAATAACTTTTTTGCATGAAAGAAGCTCGAGTGTGCTAAGTGCGTGCTTGTGGTGAA
ATGACACTAGGGAAGTTCTAGACAAGAAAAAGATCAAGTCAACAAAACGTCTTTTTGAAG
ATTACTTTGTGAGCCAAAAACAACTTCCTGCCTAGAGCTCCTTGAATGTCATTTGCCCAT
TAAATTTTGCACGCTTCTAGCACACAGAAGCTTCATAAGTTCCAATAAGTGGATTTGTGC
ACCACCCCCTACCCCCTTGAATTTTATGCCTTCTGGAGTAGTGAAGGATAAAGTAGCTTA
GAAGCCAAACAATTTGGGAACCGGTTTATAGAAGAAGCTAAGGAGGAGATGACACGCGCG
TGACACGAGAGCCATCACCAAAAAACTCTAGATCGTCGCCAGCCGCATCCTTCTCCTCTC
GCTGCCGCTTGATTGTGCCATGGAGCAAAGCACAAGTGGTGTCATCGTCGGTTGGGTAGT
CCTACTTGTGGACGGTGCATTGGTGAATCATTTTGGCAGGGAGTCTATGTGTCTTGGTTG
AGGTGGCGAGACAGTGGTGTTGCCCTAGTTTAAGAACAATGTCCTTCCCGTCATATCCTC
ATCCCATCTATGCGCTTAGCGCCCGCGTAGGACATGTAGAGGTGTGTCTCTGACGAAATT
CATTTGGTTTTAGTCCTTTTTCTGTATTTTATCAGCGTTCATGCTATTTGGATTATCTAC
AAGTTCCTTTTGATGTCTTGTTCTCGAGGATGACAATTTGCCACGTAGATCACGACCACC
GACGTTTTCTGGTCTATATTGGCGACTTCTCGAACGTTGCTTGTACAAGCTCCTGAGTTT
AAACAAGGTTGATCTCGGAGGTGGAGGCCCATGAACAACATCGAACTGTGTTCACGATGC
GCCACCGGTGTACGGAAGAGGATTAAGATTCCGGCTCCTAGAAACTTGAAGTAATTTTTG
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AAGTTTTAAAAGGAAAAACCAAAATGTACAATGCATATGAAAAACGAAGACAATGCATAT
GAAAATTGTCTCATGCATGTCTGATGTCCAAGCAAACTTTGACACATCAGCCTGTGAAAC
AAACTCCCTAAAAACTAGCCGTAGACGTAGCACTGCTCCTCATCCAGGTACAAAACCAAG
GGACGAATAGAATGGGAAATTGTGCAGCAGGATGAATGAGTCAGCATAACTACTGATGCA
CCACCGACCTGGTTGAAGCTCATGAAGCCGAGGTCGAGGTTGACGCGCCCGCCGGCGCCG
TCGTCGACGGCCACCGTCCTGGCACGCCCTCCGAGGCTCTCCTCCTGCTCGTACAGGGTC
ACGCGCACGTCGCCTCCGCCGCTCGCGGCGAGCAGCTCGTGCGCCGCCGC