Map Locations of contig_1559804 (6476 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map location




Predicted Genes from contig_1559804

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_10808 2 1366 bp AK359655 Not available Available None
MLOC_10809 1 666 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_10808






CDS Structure of MLOC_10809






Contig Sequence (6476 bp)

>contig_1559804 6476 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCCCGAACCTTGTTTGTAAAGGTTCGATCGTCGCCTTCAAGAGCACCACTAGTGGAATCA
TGGCATCTNNNNNNNNNTGAGGGCGTGAGGAGAATACGGTGATCCTAATCTCTTCTTAGG
GAGCATTGTGCCTCCACACCGCTCCAATCAATACATACTTCCCCTCAAAGGGAGCATTGT
CCTCTATTCCGTGGAAGATTTGGGATTTCACAAATGCTTGTATCTTGCATAGCTTACACC
ACTCTAGCTCAACCACTGCTAGCAATATTAGCGCTGAATTTAACCTCTAGGATCATAGGT
TTACCAAATCGACCAACGAGGTAGCTACCAATTCCTAGTGAGCCTACCTATTTTCACGCC
TTGGTGTGACCTTGTAGGACTCCTTTGGTTTGCTCCATACTAAAAATGCAGGAATAGAAA
AACACATGAAAATGGCATGAATGCATGTGCAGAACATATGATTGGTAAACATAGGAATGT
GTGTTTGTTTCAGGAATTGAAAAACACACAAGAATTGTAGTAAACCTGGTCAAATCATGG
TCAAACCACATGTAAATGTAGAGTTAGAATGTTATTATGCTACTAACGATATTAATTTTA
TTCTGTGTGGTCCAAATGGATGTTACTGTGTTTTTCCTTTGATTTGTGATCAAAGGGATT
TTCCTCATTGCTCAATTTCCTGAAATCGGAGGCATAAATAGTACCATCACAAGGAATCCC
CTATTTCTATATTTATCCTCCACTTTTCCTACAAACCATATGAAAACGTAGCTTGAGTAA
TACTACATCCGTTCTGAATTGTAAGACATTTTGTTAGGCTATGAAAGCATCTTATAATTC
GGAACAGAGGAAGTATATTCAAGTATGCACCCTCTCCTCCTAAGTATTTCCTCGGAATAA
TAGTGATTGCATTTTGTGCCTTTTATACATATGGGATTCTGGCTTCAAAATCATTTTTGT
TGTTATTGAAAGTGCATGCAGTCCGCAAATACTCCCTCTGTTTTTAAATATAAGTATTTT
AAAAGATTTTACTACACTCTACATACAGAGTAAAATGAATGAATCCATACTTAAAAAAAT
ATCTATATATATTTGTATTTAGTTTAATGTAAAATCTCTTAAAAAATTTATATTTAAGAA
TGAAGGGAGTATCTCTGAGTGGTGAGTGATGACAGCATACATATGTCATCAAAATGCGGC
CACTATTTCTTAAGCCACGAAATATGGTTTTCGTTCATTTGTGCTTTATACACGGGGACC
ATTTGCTAATCATGCAACTTTATCAAATCTCCAAAAGGAACCGACTCCACAGAGTCTAGA
AGCAAGAGCCGCACATAAACTGTTTTGACAGTAGAAAATGTTGCAGTACTAGTATAAATA
TTTTTTGAGGGATGCAGTAGTATAATTAACAGACGGGGACAATCGACAACTTTTCCCTTT
GCCGTTACGGCGCCCCCCTTTCACATAAGCCCCCTCAAGTCCTGGAAATTCCCAGCATCA
GACACACGTACGCTTCGCGGTTGGTGGCACAGCACAGAGCGCGCAGCCCCCCTTCCCAGG
CCGAAAGACGGGTAGGTAGTGGACAGGTGAGGCGAAAGCGGGAGGCGGCCGAGGTGACGC
CGTCGTGGTATAAATGGCGGAGCTGCCAATCGCACCCAGTCAGGAAGGAAGGAAGGCGCC
ACCCCCCTCCCCCCTCCCCACTCCCATCCACCCAGCATCCCAGCAGTAACTCTCCCCCCT
CCGCCCCTCCCACGCGGCGCGCGCGCGAATCTCGATCGCCACTGGTCAGTGATCCATCCC
CGACCCCCGGCCGCCGTTAATTCTTCTCGCTCGTTTCTCGTGGGAGAGTTTCTCCTTGTT
TGCTTCCGCGAGTAGGTCCGAGGTTCCTCGATCGGTGGCGGTTGCGTCGGCTCGTCGCAG
CCCGTCTTGCTCTGCTACGCTCTGCCTGCCTTGTTCTGGGCGAGGCTTTTTCGGGAGGTT
TTTGGTGGGTTGGGTCGCCGTCGCCGTCTCGTGCGCGCTTTTCTTCGGTTGTTTCTAGAT
TCTCTCCGCAAACCGCGCCGGGTTTCTGTCCGTGGGATTTTCCGGCGTTGGATCTCGTGT
CGTGATGCCTACCGCGGCGATGGAGATGTTCTTGTCGCTCCCAGATTTCTCTCTCTCTCT
CTTTGAGGATCTCCTAAGCCCGGTGTAATGGCGTTCCTTCGCTCTGGAGTACTATAGGAA
CTGCGCGTTTTTTCTGTTTCGGATGTTTCGTCGGGCCTTCTTTTTGCCGGAGAGCGGCTT
GCTCTGTTGCGATGATTCAGGGAATGTTGTTTTGGTTTACTGTTTCGGTTCAGTTCTGCT
ACTAGAATTATTTACTTTTTTCACCGCAATTAGTTTTGCAAGATCAAACTCCGGATTCAA
GCACGGGCTTATTTTCCTTATTAATAGCTGTTCAAATTGGAATTGAGTTGTGTATAGTAG
TTATATGACTGATTTCAGCGTTCTTGAGCTGCGATGGGTGTAATCCTTAATGGTACATGT
TGGTTGTTGGTTTCTTAAATTTTGATGGGGTCCTCAAACATTGCTATGTTGATCCTGGAT
GCGTAATGGTTTCAGTGTTCTTGACAGTTGGAGAGATAAGCTGTGATCACTTTGTTGTCA
GAAGAGTAAGGTACACCCAGCATTACAAATAGTTCAGTTTAGGGAAATGCAATTTTGGAT
CTAGTCCTGTGCACTTTCTGTTTCCAGCTTTTAACGGCAACAGTAGTATAAACTGACAAT
GCATCGATTAGCCAAACAAAGCAAATCATTCATGCGTTCTGCTAGCTGATTTTGTCTGAT
ACTGAATCTTCCATTTCAATGAGTCGCATGACAATTGTTAGGCTAAGTTCAGATGATCTT
ACCATTTAATCATATCTTGCTCACTTGGTTAGGTGTACTGTTGAAGGGAGAAGAGAATCA
TCCTATTCGTCATGGCGGGAACTGACTCCTCGGCGTCATCGAGACAAAGCAGTTTTAACT
CATTAGCAAAGGATCTAGAACTTCCTTTGGAGCAAGGGTGCCTGACTATCGTTGTACTTG
GGGCTTCTGGAGACCTTGCCAAGAAGAAAACGTTCCCGGCACTCTACCACCTTTTTGAAC
AGGTGCTGTGACAATAACTAGCTGTTCCTTGTGCAATTTGCCAAACCTATATTGTTAAAG
GGAATGTACATTTAGTTGAGGCATTCCAGAAAAAGCAACCAGTATTCACTTTCTTGGAAT
GACCTGAACACAAGTATAAACTGTATAAGTGCAAACAGCTGTACCCATTTTTGTTCCTGG
ATATGAATTAAATATTTTAGGAGTTAATTCGGACTGGTAGAAAACTGTGGTTTAAGCTTC
TAATTATTTTACAACAACCTGTGCTAACACCATTTGCAAATACATAAAATATAGTCTTTA
CTTGCATGCTATTTCTGCACAGTTTCTGTTATATAAACTGTACTCTTCAGGTCAGTTGAT
ATGTCTATTTACTTTAATTGCTATGTGTTACAGGGGTTCTTACAATCTGGTGAAGTGCAT
ATAGTTGGGTATGCGAGAACAAATCTTTCTGATGATGGGTTGAGAGGGCGCATCCGTGCG
TAAGTTTCTGATGGCTTGAATTAATTATATGGTTGCCTAACATAGAATTTGTGTTTTTTG
TGCAAAAATCCTCCTTGCTGCCCATAGTAAAACATTATTTAGAATAAGGCTCTTGGCTCT
ATTGTGTCCTCGAAAAAACGACTCCAGATTTTTACAGCTTGCCATTGCATTTAAATACTT
CTAGCATCTTTTAAGCATATGTGCATCTGTATCTACCGGTATTCTGCGTACTAGGATGGA
TGTCTACCAAATTAGACTTCAATCCTGTAGTTAAGCACGGATACTGTTGATCTGTGATAT
GCTATATGAACTGAGATGGGGGTTTCTTGAAACTGACAAAGCATGCTCCTATACACACTG
AACTTCAACCACCATGTTTGCATGTCTTGATGGTTTATCTTTACAAAAAATTACAGATAC
CTTAAAGGAGCCTCAGAGGAGCATGTTTCAGAATTCTTGCAATTGGTAAGTTGTTGTATA
TAATCACTCATAATTCCTTGTGCAACATGCATGTCATTGTGGTAAATATGTATTGCAGAT
AAAATATGTCAGTGGCTCCTATGACAGTGGAGAAGGTTTTGAAAAACTGAACAAGGAAAT
ATCAGATTATGAGATGTCAAACAACTCAGGAAGCTCCCGTAGGCTCTTTTACTTGGCATT
GCCTCCATCTGTCTACCCTTCAGTGTGCAAAATGATCCGAACATATTGCATGAGTCCAAG
TAAGTTTATTTTCTATGCTTTCTCAGAAGCTTTATCTTCGTCAGGACCCTTTTCGTTTGC
TTATTTTATAGGGTAATAAATGCATAGAATTTTATTTAGCACTTGCAGCAGTGCAGTACT
CCCTCCCTTTCGGTTTATAGGGCTTATCTCAAAATTTTAGTTTTTTCATTTTCTAAGTCT
CAGCTTGATTGTTTCCTACCACATGTTCAGATCTCAAGATGCATTAAATTGTTGCATGCA
AAGATTTAGAGAACATTGACCAATGCATGTTAAAGTTCTTGTTCATGCATGCATGCATTG
CAATTAATGCATTGATAAACACAACCTTTTGAGTAAAACGAGCACAGTAATTGAGTATTT
TTCGCAAACTACAAAAATTATTCCATCACTCACCATCTACCTTGGTTGGTGAGATTTTTG
AATTGAGCCCTATAAACCGAAAAGGAGGTAGTAGTAACACGAACATGATCATCTGGTCTC
TACCTGCTGTTCACTTCAGCTCAGAAAAAAAACAGAACTATACGCTAGTGTGCTAAATTG
CACTGTTACTTTTGTCAATTTGACAAACATTAACGTTGTGTCTGCAGCTTCTCGCACTGG
ATGGACTAGAGTAATTGTTGAGAAGCCCTTTGGAAGGGACCTGGACTCAGCAGAAGAATT
AAGTTCCCAACTTGGGGAGCTATTCCAGGAAGATCAACTCTACAGGATTGACCACTACTT
GGGAAAAGAGTTGGTCCAAAACTTGGTAATGTTTGTAACTTTGCTCAGATATTTGTATTT
TTGTAACATTGAGCTAATTCTTTTTGAACTAATAACACTTCACAGCTTGTGCTTCGTTTT
GCGAACCGTTTGTTCTTACCACTTTGGAACCGTGATAATGTTGATAATATACAGGTATGC
TTATTTCTTGTTGTTTTCTTAGCACTTACGAGTTAGAAGTAGGTAATTTACAAAGTTACA
ATTGAGGACGGAAGAAATCCGTAACCGGCAGTTACTGCACCATGCATGAATATATTTTAT
GTTGGTTATTGCACAAGATTTTTTACTTATAATTTATTTTTTATCATTTTGAGTTGAACT
AAATTTAATCTAATACAACTGACATTTACGGCTGCCACATAAATAAGAAGTTGTGTGGCA
GCTACAAAGTGGGAATTTAATAATAGCTCCAGTCTGTAACGAATCCAGTATTGCAGATTG
TATTCAGGGAGGACTTCGGAACTGATGGGCGTGGAGGATATTTTGATCAATATGGGTAAG
TAGAAACATTACATTTTATTAATAAGTTGTCTAATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGT
CTTAAGCTTAATACAAATTTATACTAGAGCTAGTACAAAGTTAAGAAAGTTATTTTGGGA
CAGAGGGAGTACAAAATTGTACCCCTTGTTCTATTATATGAAATCATGCCCATGTAAGAA
TTTAATCTCGTAAATTATCTGGTAAGCAAGGTTGTTATATTTTAGATATGTCATAGGTCC
TAGATTCCTAGTTGGTCCTTATTGACCAACATATTCAGTTTTGTATTTGAAAGTGTGAAT
TGTGTATTTGGCTTTATTTTCAAATCTTGTAGAGTTCAACATGGAAAATTATTAGATTAC
AATTTTACAGCAACCAAAGCACTAATTACTGAATTCTAGTAAACTTCAGTCTGCTTATAT
CATCCTCAACTATTGGGATTTTACCTGCATATCTTCATTATTTAGCATAGAAGTACCTAA
TCTCCCTCTTGTTACTGCAGAATCATCCGTGATATCATTCAGAACCATTTGTTGCAGGTA
AAAACTAATAAGATTCCATACAATATTATTTCGTCATTTTATTATTTGGCTTTAGTATTT
AGTCTTGATTTGAGACAGTAAACACTTAATTTTTATTTTACTTTTATCCATGTAAGGCTG
CGGTTGCCATTGTGGTGGGTTATGATATTCCAGCTTATCCAACCAGCCTTTTACCATTTT
ATTAGTGTTTGTTTGACCAACTTATCTCTAGTTCCATGGCTATCTTTTGGCAGCAGATTA
TAAAATACTCCCTCCGTCCCAAANNNNNTGTCTTAGATTTGTCTAGAAATGGATGTATCT
ANNNNNNNNNNNNNNNNNAGATACATTCATATCTAGACAAACCTAAGACAAGAATT