Map Locations of contig_1558659 (12132 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_1558659

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_10228 2 2075 bp MLOC_10228.2 Available Available LOC_Os03g12300.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13103.m01402 protein HEAT repeat family protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_10228






Contig Sequence (12132 bp)

>contig_1558659 12132 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TAGGGCATAATTCCAACAGTAGGACCAATGTGTTTGCTCGTTTAAGTACTACTACCAATC
TGAATGCTGCCAAATATGGAAGTGCACCTAATGATTGACAATTGCACAACTTGCAGTGTT
ATGTTTAGATCATATCACTCATGTTTTGGCAACTGCCACTGATCCAGTGCTATCATTTAA
ACATAACATTGCGTGTTTGGGAACTGTCACTCAGCAGTGACAGTTTCCCAAGTGCAAGTG
CCACTGATTAGTGCCAGTTCCCAAAGATCATCCCACTGATCGTTTGCAACCGCAATAATT
AGAGGCAGTTGCCAATGATTTGTTACTAACACAAGCCATCTTACCCGACAAGATCATGAA
GATGGAGTGGGACGTAGCCGGTGAAGGAGCACATGTTGTGGTTGGCGCCGAGGGTGCCGA
GGACCCGTTCCCCACAAACCGGTGGCTAAGAAGGGTGAACCTGACTGGCAGGGTCGCTGC
CATGAGCCAACCACGTTCACGGGGACGATCTCTGAGGACCGACCATGATGAGGGGGCACG
AGAGCCGTTGCGTTTCTACGTTTAGATCAATGCCATGGATGATCTTGCCATGCTCATCAT
CCCTCCAAAGTTCACGGAGGTGATGAAGTAGTGGTTGGTGGTCAAGCTCTTGCGCGTCGT
CAGGCTGCCGACCAACAAGTGGTGCGAGTTCTGGATTCAGGCCAAGAACTTCCAAGGCCA
AATGGTCCTTGACCGAGGCTGGGAGTACTTCTGCCGCCACCACATGATCGTCCATGCGAC
CTCCTGGTCCTATGGATCTCCGGGCTTGGCCTCAAGGTGTAGATATACAATCATGACAGC
TCGATCGTATGCAGGGTGTGCTGCAACGGGCACAACTAGGTCAGCGACATTCCTCTCGTG
CTCTAGAAGTCTTAAGTATGAACATGTTAGTAGTTTGTATTGATGACATGAAGTAGTGAT
GAGAACTTATTTTATTGCGACCAGGAGTAACACCCTGGTGTGAAGCAAGGGGCGTGGGAT
GCTCCTGCTATCTTAAACATTAACCTACACTAGTAGTATGGATGCTCATCAGTGCCTATT
CATATGCTATTATGCTATTAATTAGGTAGTATGTTCCTATGTTCTGCATGATGTGTTTTG
CTATAAATGTGATGGTAAGGCCACCACATTTTAAAGGGGTTAGCAGAACACCAACGTGCG
TGTATCCAAACAACTATGGTGTGTATCTGCTGACCCCTGAAGCAAATATGCGTGCAACCA
AACAGTTGACCCTAAAATGGGAACTAATGCAACGTGGGTGACCAAACAACATGTGAATGT
TGTTTTTTGCCTGTTTTTGCTCAACCAGGCTGAACTCACACAAGTATGCAACGCATGCAA
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GAAGCACACTCAAATGTCACATTGCTTTCAACACATCCCTACAAGGACATGAATTGGGTC
ATGCCTTCTAGTCATGACTTTAACTATTATGTCCACGTGCTATAGAGAAATGTGTCCACA
AATATGATATTAAACTAGAAGCAACAACAACACCTATAACATTGACATTTGTAAGCTTGT
AGAGAGGAACGAAGGAAAATGCATCAACGGAGCAAAGTGTAAATGTGAAAACTCACTGCA
AAGCACTGCCATTCAAAATTCAAGTCACAATACTTCCTTAGAGGATTGGAGGAAATACGC
ATCAACGGGGAAAATAAAAAGGGCAAAAACTCGTTGTAGAGAACCATCAGTCAAAACTCA
AGTCATGTCACTTCACGAGACTCGACCTTACTTCAGTTGTTGTCAGGTGTCAAGATACAT
GCTACATGCATTACAATGAGAGGATTAAGTTTATATAGGTATGAACCAAACCAAGATGTA
GATGGTCTTAATGGCCATCTTAGGTCGTGCCTCCGCGGCATCAACCTGTTTTTGCCAATG
AAAATGTCCCATTACAACAATGGGAGTGCAATGCATCACTTACAATGTCCATCCGGTCCC
AAATTTTATCATGGATCACACTCCACAGATGTAAAGATGGATGGACCAACGGAAACTCGC
CCATTCCGATGCAACCGTATAGGAAAAGAAAAAAATGTAACCAATCTTATCATAAACTCG
TTGGGCCATGACATAACAAATCAGGGATCATTAGCTGATTTTTGAATTCAAGGCAATACT
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GTCTGCAACAGGTGATGGTATATCTCGTGTGTGGCGCAGGAAAAACCCCTCCCAAGCCGC
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AGTGCCAAATGCTGGCATGGTACTTTTGGCTTCAAAACGTTTACCATGAAAAGCGACAAA
CCTTGGCATCTTGGCACCATCATGTTGATTTGTTAGATAGCATGTGAAAGCTAAAAGCAA
GAGATAAATGTTACAATGTTACGTGATGGCTAAAAAGCTATCTCTTTATCAATCGGGAGT
GCCAAGAAAGCACAACGAAATATTATTATTGTGCTGAAAATGAAAGAAGTGTGACGAGGA
AAGGCATCGGGGATAGCTATCATGCACGAGATTGGCGAGGACACGTCTAGACCCGCGACA
ACCCTGAGCCCCTCACAACCGTCAACAAACAAAATCTTAAGTAACACGAAGGAAAAACAA
CTCCATAAATAGTATCATGATTTACATTACTAAACTGACAAGATAATTTTGGTATAGTTT
CATACGATACATGCAATCGAGGTTATTTACAGAATGGCTCGACAGATCACAACCTCACTT
TGGTGGCATTGTGAGCCTGTGACACAAATATGTCGATTTATAAGATGACACATGTGAGAA
CTAAAAGCTGATTTGCAAGATAACGCATGTGAAAACAAAAAGCAAGAGATAAACGTTACA
AAATGGCATGATTTTGATGGCTAAAAAGGCTGCACTACCTCTTTATTAACCGGAAGGATT
ACGTTTTTTTCCAGCCGCGATCTCCTCGGGCAACTGAAGATGTTCATAACCGGGAAAGAA
ATCAATTCACACGCCGCATGATCTCCCCACAAACTGACCGCTATCACGAACGGACCTGTT
ATTGGCCCAGAAAGACGGACGATAACATGCCTTTTCCGTGGAAAGAGAAAGGCTGACACG
ACCGGGGGCCCTCCCTCGCCACACATACACCCAGTCCACCCGCGCCATCTCCCTGCCCCG
TCACCCGCCACCTCACACGGCGTTCCTGGACCGAGGCCACCCAGCCGCCAGCACGCAATC
CAGTTGCCGCACGAAGACAGCCAGTCCACGGCCTCGCGTGCGCCCTGGACCGAGCCCCCT
GCACCGCCCCGACACCCGTCCCCACCTGGCAGGGTCGCCTCCACGCTGGACCCGCACCCA
CGGGAAACAGGCGCCGTTAATGGCCGCCACAACGGTAAACGTTACCCCTGGGAAGGGAAG
GAGAAGAAGAGCGCCCCGATCCCCTCCCCCTCCACAGATCACACCACCACCGTCTCCGCC
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GGGCTTTAGGGCTCTACTAGGCCTCCGCGTCCCCGCGCCCTCCGCCTCCCCGGGGTTAGG
GTTACGCCGCGGTCGTCGGGGCCTGTGTGGCTGCGAGGCGCCGCGGGCCGATGCGGCGAT
CGCCGGCGATCGAGACGCTCTAGCGGAGGGGATCTGCTGCCAGGGTTTCTCCCGCGATGG
CCGCCGACGCGCTCTCCATCATCCCGGGCGCCGTGCTGCGCAACCTCGCCGACAAGCTCT
ACGAGAAGCGGAAGAACGCTGCGCTCGAGGTGAGGGATTTCGATTGCTTTGGGAGACGGG
GCGGGGCCTCGTTCGAGCAATCGCCCGGGATTTGTGGCTGATTTTTTTTGTTGTGGCCGT
GGTGTGTTGGTGGTGTAGATTGAGGGGATCGTGAAGCAGCTGTCCACAGCGGGGGAGCAC
GACAAGATTGCGGCTGTGATCGGTCTGCTCACCAACGATTTCACATACTCCCCGCAGGCG
AACCACCGGAAGGTTTGCTAGGATTTGCTATGACTCTTGTTTCTGCTGCTGCTGCTGGGC
GATCAGATTTATTAACTTCTATGGTGTTTTGTTGTTAGCAGGGCGGATTGATTGGTCTCG
CGGCAGTTACTGTAGGGCTCACCAGTGAGGCTGCTCAGCACCTTGAGGTTTGGCAATTGA
CCTTGTGACCAAATATATTTATTGAAATTCCATCTAGTTTGATCCAATTAATTTTGTGTA
GAATTATTCTGTACCTCTGTGTCTTGAGACTTCTCTGCCTTGATTTTATGAAATGTCATA
TAAACCGCGAGAGCAATTGTGGGACTGGATTGCTATTGGTAGTACTGCAGTAGCCAGTTG
GCTTATTGAGGTTCGGTAATGGTCATTGAAGACAATACCTGGCTTCACAGTCGCAGCTGC
ATTCATGTGATTAATCGTTAATTTTAGTAAAAATACTAGATGCAATGATGGTTTTTGACT
CGTGTAGTTTTCATTGGCTATTTCTTTTCGTTTGCATGCTAATATCATAGTTCAAGTGTT
GGGGCCCAGCCATTTATAGTAATAAGAAATATGGAAAGATGTTGTGTGTTCTCAGAAGAA
TATGGAAAGCTTTTGGGGCCCAGCCACTTAGGACTGGCTGGATGGGATTTTATGAAGTTC
TTATTAGTGCTAATGTCATAAAATCGTTCAGCGTGTGGATTCACCATGGTTGCTGGGAGG
GTCTGCCCCTTTTCCCTCTAGTATTCTTTTGTGGGGGTAATAGCATTTGACGTACTGGAT
ATATTAGTTATATCTTTCTTTTGTTCATATTGCGAGCCACAGCATGCGAGAATCTTATGG
AGGCACATTAGTGCAGTCTCCTGGAGTTGATAGGTTGGATTTGGAGGAAAGATGGGATAC
GGTAACAAAATTGTCACATGCCACTGGCCGATCCGTGACAAAATTGTCTTATTAGTTATT
AATTTATGCATTCCATCAATGCCGTATACAGCATAAACTCTATTCTGTTACTTGCGCCAC
CCCCACCCCACCCCTCCCTTCTGTTCGTGCTGGTGCCTGGTCTGCTTGATAAATACGCTA
CTGTTGCTCTGTGTGTGCATCGTCGGGGATGGGGTAGCATTGTGATGTTTGTCAATTGTC
CACAAGCTCAAAGGTGAAGCTTGGAATTAGTTTGCATAATATGGTTGCTGTCCTGTGATA
TTGCATGACAGTACAGCTCCTAAGTAACTTTGCTAGTATCCCTTTAAGCACCATGAAATT
TTCTCTACAGAAAACAGTGTTCTTGTCTTTTGAATTATGTACCGATCTTACTGCATCTAT
CATGTTATACTATGGTTCTGGAAAGCAGGGCAGCTGGGGTTCATGTTTCAGCTGCGGGCA
CGAGATCTGAGCATGCATACCAGACATATGCCATATTTAACATACCAATTTGATCGAAAC
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ATACATCTTTCTCTGTCTTGATGTCTCAGTTTTATATACCAGATATATTCCTATAATCTT
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TATCTTGGTGGTAAACCTACCAAACTTCAGCATATGCATTTGACAATTCAATGGTTTAAC
TTGAAGTGTGAAGCATATAGTGTGTTTAAGCTTCTTGCTAATCCAGCTACGCTAGTATTG
TGTAAGCGTGCACGTGCAACACACATTTTATTAGAATTCAAAACTTGAATACATAAAGCA
TGTCTCACTGATAGTAAAACTCCATGCATGTGAGTTGTTGCAACATACCCATTAAAGATA
ACAAATAGTGCACAAATCAAGTTAGAAACAATAAATCATATGCTTTCATAAGTCACATTT
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TAAATGAACGTTTAGAAACTAAAACTGAAAACACATTCTCCAGACTTGAAAATGCCTGCA
AAGAATATTGTTCTTAAAGTTGGCAGGAAAACATCACACATACATTAGTTCAAGTGGCCA
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AAATATACATTGAGCCAGAGAAGCCAAGAAAACATTCACAACAAAGGATCTATTGCTTCA
TGGAGATAAACTGGACATCTCAGTCATACAACATTTGATAAATTCATAATACCACGGAAG
ATCAAATGATACATATTTATCAAATCAATTATTTGTAACCTATCCGGGAATAGTCTATGT
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TGTCCAGATGTGGAGACCTGTACAACAGATTAAAAAAAAATCTACCCAATATTTTGTGTC
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AGCGGTTTGGTGAGCAGGCAGGTTTTTGCGTGCGGAGGAGCAGCAAGCGATTTGCAGAAG
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ATCATTAGAGCGATCTTAGATGTTACTCCCTCCTTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGA
TTTTACTATGGACTACATATGGATGTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
TTTGCTTCGTATGTAGTCCATAGTGGAATATCTAAGAAGACTTATATTTAGGAACGGAGG
GGGTAGATGTAGGCCTGTGGACTGCGGAGATTGCCTGGATTCACTAAACTCGCACTTTTA
TATGTAGTGGAGATAATTCCATGGTTTAACCTGGAGTGTAAAGCATAGTGTTTAAGCTTC
TTGCTAATCCAGCTATGCTAGGACTGTGATCGATCATGTTTCAGCTCTATACTTTTGGGC
TGTGCTATTATTCTTTTGGTATCAATTTGCTTGCATAATGAGCTTCATTGGTGTGTCCTT
CCAGCTAATTGTACCTCCCGTGCTTAATTCTTTCCTGGACCAAGATAGCAGAGTGCGCTA
TTATGCTTGTGAAGCGCTATATAACATAGCAAAGGTGAACATTTCATGGACTAACGTAAA
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TTTATCATCTACTTCAACAAGATTTTTGATGCTTTATGCAAACTGTCTGCAGACTCCGAT
GCAAATGTGCAGAGTGCAGCTCATCTTCTTGACAGGCTTGTCAAGGTATGACTTGGTTTA
TATACACCCCATATCATGTGTCCTATTTTCTTAATTGTCCCTGATTAAATTATTTGTTTA
TTAACCAGGACATTGTAACTGAGAGTGATCAGTTCAGGTATGCTGTATATCTTCATTTTC
TTTTTCCAGTATTGGATATTTTGCTCATCTTAATCTTAATGCCCATTTCTGATTGCTACA
TCTTAATTGTACATTTTAGCATAGAAGAATTTATACCACTCTTGAGAGAACGTATGAATG
TGCTGAATCCTTATGTGCGACAATTTTTGGTGGGGTGGATCACAGTTTTAGACAGTGTGC
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TTGTGCATTCCATATTCTGTACCTCTCTGTAAACAGTGTAAATGCAATAGATGACCTGCC
TTATAATTACTCTTTTTATGTGATATTGTGATTTCGTCTTTACGTAAACAAGCAAAGTAT
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AAGCTTGGTGGGGAACAACTAGTCCCTTACTATGCAGACATCTTGGGAGCTATCTTACCA
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TTTACCTGTTTAGTTACGTATTAAATGTTGTTACATAGTATCATACATAGTATGGCCTAG
TAGGTACTGTGCTGTTCAGTGTTGTAAAAAATCCTGACATGGCTGCCGATTAAATGGATA
CTGTAGACAAGTCGTCATGCATATGCTAATCAGAGTGACGTCAAGGTCCATGAACATCTT
TGTTTAATTAACCGCATAAATCCATTTAATTACCTAAATTCTGTCCAACCTCTCAGTGTC
TTTGGACATCACAGTAAAAGCCCAACTGTACGTTAGAGTGAGAATCATGCTCCTGGAAAC
TGGCAAATGCAAATTATGGTCATCTTTTGTTTGGGAAATAGGAACGGCCTTTTTAAATAG
TGTTTAAATATCTCAGAGTAGCACATCAGTTACATACTTGTGTTAGCTCGAATCATTATT
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AATAACCGTATTTTGTTTCTTTGCAACACTCTTATAAATGTGCAAAATCACTTGTAACTT
GAGATGTCTGTTTGCTTTGGGTTTGTGATGTGTGTGGCTGGCCTTTTTCTGTTTCAGAGA
GTTGAATAGTGAACATGAAGCCACTCGAATTGAGGCGTTGCACTGGTTTTCCACTTTGCT
AGTTCGAGGTCGTGCTGAGGTACTCGGAAACTATGCAAATGTTTTGGATTACATGGCACT
ATACTCAATACGTTGATGCTTGCATAATACTCCCTCCATTCACAAATATAAGATGTTCTA
ACTTGTTTGTGAATCGGATGTATGTACACACAATTTAGTGTGTTTGTTCACTCATTTCAA
TCTGTATGTAGTCCATCTTGTATTTGTGAATGGAGGGTGTAACCCTAACCGTTGAAGTGC
TACTTTGATCTACCCGAGTCTAAAATGAGCGTGACTGCAATTCAATTTTATTATAGAGAA
GTGTTGATAATCTTATAATTGATGTCTTGCATTTGCGTGCAACAGTTCTCGGCGTACCTG
GATGGAATTTTTGAACCACTTCTAAATGCACTCTCCGATCCTTCAGATGCGGTGAGCTGT
TTCAAAAAGCCTACCAAACTGCACTACCTGTTCACTTGTAACTTGAGATTTTGGTATAAC
TGTGTCACATTGTGTCTACTGGATATTAATTTGCTCTATGTATGGTGATCTGTAGTGAAA
TCTCGGAAACCAATTATTGCACAGTTTGAAACCATGTTTAGTGTACAGGTTAATTTGGTT
TCTCAAGTGGAGCTAAATGATAAATTGTGGTTCTACGCTTTTCTTCACTGATATTATACC
AGGGGACAAAATCACATTTTGATCCCTTAGACATGATTCTTGGACTTGGTAGTCCCCGTC
TCACTCTCTCAGCCATTTTATTCTCCAAAGGATTTGTACATGGGACTGTGATTGTATGCT
TGCACTATGGTCACTGTACTGGGATCGCCATCCATTACTATTGTAGTTATCACTGCCATT
GGTGATAAGAGTCTCCTTGTTGGGATTGCCTTTGGCAAGTCTGTTATGGAGATGTCCTCT
GCTCAATGGATCGTAAACTGGATGTCTTGATCGGGAGAATATCATACGGAAACCAATATT
CAATGAAAACTTCATAGAAACCATATTTTAAAGTTCCGAAAAGATCTGAAAAAAAAAGAT
GTGAAGAGGGTAATGTTTTATTGCCACGCAAAATTTCAAGTTGAAACACATTACGAGATG
TGAGCTATGAAAAAGACAAATTCAGCCCTGAATAGTGACACTACTGGTCGGCACTTTTCA
TCGGTTTCCACCAAATGTTGGTTTCCGTATGATATTCTCCCGTCTTGATCCAGTTACCCA
TTGTTACCTTGAAATGACATAAGCAAATATAGCTATATACTATGATTGGAGCAAGTTTTG
GGCCAAGTCATTGTATAGAGCTTCCACTAGTCTTTTGCTTCTTCAGTAACAAGAATGCGC
TATTGCAGCAGCAATCTTGGCAGTTTGGTCACAGCATTTTTACTTGTGCAGGTTGTCCTT
TTAGTGTTGGAAGTTCATGCACGCATAGCTGAAGAGTATCATCACTTCCAACATCTTATG
TCTTACTTAATCCACACTTTCCACAACAATCATGTTCTTCTGGAGAAGTATGTACATTTT
GCTACTCTAGAGCTGATTCTGAACTTCCTTTGTGAATTGTTGTGGTTTAGGGTAGATACT
TCATTTCGTTAATCACATGTGTCTAATAAATGTTTTATTTGCATACTTTGTACAGGCGTG
GTGCTTTGATAGTTCGTCGACTTTGTGTTCTTTTGGGTGCTGAAAAAGTTTATCGAGAGT
TTTCTACTATTCTTGAGACTGAAGGTGACCTTGATTTTGCCTCCACCATGGTTCAGGTAC
GTCCAATTGGTACATCTTTCAACTAATTGAATGTTGTAATGCAACTTCTGTATAAGTAAG
CAAATTATACATATTTTGTAGGCATTGAATTTGATTTTGCTCACATCTACTGAACTTGCG
GGGTTGCGGTCTCTTCTTAAAAAGTCATTGGTGGATACTTGGGGGAAGGACTTATTTCTA
TCTTTATACTCTTCTTGGTGCCACTCTCCAATGGCTACAATCAGCTTGTGCCTACTTGCT
CAGGTGGTAATGATGGATTTACTATTTGTGTTGCTTACTTGGACTCTACTGATCTTTGAT
GTTCTCATCCAAATGTGTATAGGCATACAATCATGCGAGCTCTGTTATTCAGTCTCTGGG
AGAAGAAGACATAAATGTGAAGTTTCTGGTGCAGTTGGATAAATTGATCCGTCTATTAGA
GACTCCAGTATTTGCTTACCTGCGTTTACAGGTGAAGTCGCCATTTCCGTTCCAGCATTT
GGATGTCTCTGTTTGTCTTTGTGTTCTCCTCTTTTGACAGTTTTGTTATTTAACCATCCT
ACTTTGTGACTTCTAGCTTTTGTTTATCTACTTCTGTAACACAACATGATAGGTCCAGAT
GCATCGTTGTAACTTACTGTATGCCCTTGTCTTCTGTTCATATTTCTCCCCAAAGTTTGT
TGCTCTCTTCTAGGGGTATGTAGGCTTTGTTGTTTTAATGCTGGTTACTATTTTATGTGG
TATGCCACTCCGCTAATGTATTACTCCCTCCGATCCATATTACTTGTCGCAGCTTTAGTA
CAACTTTGTAGTAAAGTTGTACTCCCTCCGTAAAGAAATATAAGAACGTTTATAGATCAC
TAAAGTAGTGAT