Map Locations of contig_1558164 (10008 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map location




Predicted Genes from contig_1558164

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_9973 2 2393 bp MLOC_9973.1 Available Available LOC_Os07g08420.1, FRAME:-2, EVALUE:7e-46, 13107.m00834 protein bZIP transcription factor domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_9973






Contig Sequence (10008 bp)

>contig_1558164 10008 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTCATTGCATGCAATGGTATTAATTACTAAATTAACATTGAGTTTTCTCTTTTTCCTCCA
CGTCTTGGTCACGGTGCATAATCTAAGATGACTTATACACCGAGACGGAGGGAGTAGTAC
TAATCCCCCCTAGAACTCGTTGAGGGTGGCCCGTCCATGGGGGGTTTGGCCCCCGCTCGC
CCCCCCACCGTCTCCGCCTCTGCTTGGGTTGGTAATGTCGGCCTTCAGTTTGCTGGTGGA
GCTTTGGACGGATAGATTGGATGTGTCCCAACTCCCAAGGATGTTGTGCATGCAAGGTTT
AGGGGGATATTTGTCTTCTCTTGGTTTAATTCGCTCATGTATCATCGCAATCGTAAGATA
TGCACTTGTCCTATTTCATGACAAGTTCATAAATATATGATTGATTAGAGGACATCTCGG
TATAGTTCATACTTCTACATTTGTATAAGTTAATTGTGGTATGGACATCATTGCAGAATC
GACCCCTAAGATAAGGGAGAATTTATTTCGCTTCATCAACTGTGCCTTTAGATAGTTCTA
TGAAAGACTTGCTCGTGCTAGACGTGCCAGCTCCAATCAGGGCAACATAAACAAACAGAG
TTACAATACAGATGGAGATTGTTTTTTGAAATATATACAAAGTACAACTTGCCATAAAAG
CTCCATAAGAAAAACAAATAAGTGGCCATATTGGGACGTTTGCAAATATTGGGAAGACAA
AAAATTAACTCAACCACATGACTTTATTGTCCAATAACCTTTGATATATTTTATTAGTTA
TGGGATACCAACAATGTATAGGTTCTTTCTGAAACAACAATGATAGATATTCCTTAAACA
AGTCTGAGCTTAACAAGGTGAGAAACCATTACAAATACCCCCAATGGCCACCAAGAACAA
CGGCAATATTTATTTTAAAATAATAATTCCGGCTCAGGTCTCTCACATAATTCCTACTGC
ATCACCATGTTGCCTATTTCATTTGAATCCAATGTAGTGGATTCCCGTTGTGGGGTAGGC
ACCAATGTACTTGGAATACCAAAGGGCATCCTCCGTGGGTGATGATCCAAGCATGGCATA
GGTTGCGTATGTAGCGAAGATATTTGATCATGGATCTGGTATGCCGGAGCTAGCTCGGGG
ATGTAGTTGCTGCTCACATCAAAATTTGTTGCTGTAGTGGAAAAATGGTTAAGTGACATG
TTTTGGGTTGGCAATGTAGTATCAAAGATACCATCCAATTGGGAACCACTGAAATGGGTC
CTGAGAGATGATATGCCAGATATTGCTTGGGGGAAATTGTTGGTGGATGTAATTCTCTTC
ATAGTTTCCTCGACCATCTTTACCTGCAATGCAACCATATTAAATGTTAAACACCTACAT
AAGCTAATATATTGGTCACAATGTAACCATGTTTCTTTCTTTCTTTAGAGCTGAATTCAA
TCTATTGTGTGGCATTGGTTGTCACCACTCACGAGTTGATTAGTTACACTTAATGCAAGA
ATCTCAAGGAGAAGAAGGGAAATTTGTGGCCATAAAGACTTTGTATGCATGCCTCTCCAT
TGGATGCATGGAATCACCCAAGGATTTGAACTTCAGCTCTACATCAACATTTCACACCTA
TTTTCTCGGTATGTTACATTTTTTTCATACTTCACTTGCACAATTGCCTGAATTGTTTGT
GTTGTTATTGCAGCTTTCTCATCACTAATTTGTTAATATAGAACTACACTAAACGACCTT
TTCGTTTTAACAATATCATAAAAGGGTATATCGTTTATATACGTCGTTAGTCACCTATCC
ACCCCTACATCTAGTGAACTATTGATCCTTCAAATTCTCACAATATTTAATTGGGATAAA
GAGACTCATTGCAGCTATGCGCATTGACACATGTTCATAATTCAATATGTAACACAATAG
CGTAGAACCAAGACATACCTTTGCTTCTAGGGTTTCAACATTTGCCTTCAATACCCTATT
GTCAATAGCGGTATTGACGTATCTGTGACTTACATCTGCAAGATGTCTCATCAAGGAGTT
ATTTGCAACTCTTAATAGTGAGACCTGCATTTTTTAGCAGTAGTCATCAGATTCCTTGCT
CCCATAGTATGCAATTTTGATCTCGAGAAGTAAAATATTGTTTAAAATGTCATACTTGCT
CCTCTAGTTCCTTCGTATGAGCTGCTTTTCTACTCCTTGAGCGTCTCGCCGAATCCCGGT
TAGATTCTTTTCTGAAATCATATAAGGAAAGAGCGCAAAAGTTAGGACTTGAGTGCTAGA
AGACAACAAAAATTTATGTTCATAAATGTTTTCCAAATATGATAATTTGTATTGGTGTAT
TTGGCATACGATGTAATTCAGTGTAACATTTTCATGAATGCCCATGAGAATGCACACCCG
TTTCAATAAGAAGATGGGTAAAACTGCACGAGACAAAAAAATGTAGTTTGTGATCATGCC
AAGCTCCACCAAAAATTCTAACCATGCTAAATCAGGCTGCACATCATGTGGTACACATAT
CAGTCTATAGAAACACTCCACCAATTCATAAATGTGCTCTCAAGTTTGTGCCAAGGTGCA
TGAAGATTAATTGAAAGTTTGGATTGAATGTAAGGTATATGCCAAGTCCATCCAGTACAA
AGCCAGAAAGAAATTAGCAAAATCGATGTAGGGAAAACTAAAGATAAAACAATACAAATG
TCTCCGCATAAGGAGAAAAACATGGACACACAAGTTTTGGTCTATAATTCTAATGCCCAG
GCATCAAAGTACAAAATTGAGGATTGAATGAAAGGACCACAAAATAAATATACAACATAT
GTTACCTTTTGTTCACTTTCTCTGCACTAATATTCATAGTTCCAATTGTTTGTGCCTCCC
CTTCCATATCATCATCCGATGGTGATGGCTCCCATGAGGAAGAGCTAAGTTGTTGCACAC
TAGCATCTGCACCACCACGTGATATTTGTTGCATGTGAACCTCATTACCCATAAGCACAC
AAATAGTAAAACGAAACAACTACTCCCTCCGTCCGAAAATACTTGTCCTAAAAATGAATA
TAATGGATGTATCTATAACTAAAATTAAGTCTAGATACATTCATCTTTAGGACAAGTATT
TCCGGACGGAGGGAGTATATAAGTCAACTTAGCTTTTAGCATATATCATTTCATAAGTAG
TGAAAGATGTAACTAGGCACAATTGAGTACCTCCAGTGTGATTTTCTGAGCCTTGGATAG
AATCTGGATTTTGTGATGCTCTATTGTCATGGGAGCTTTGTCGGCAAATTCCTCGAGTAG
TCTATACATGGGTGGACATGCCAAAAGTGAAAGTTAAACATAAAAGTGCTTGTCCACTGA
AAGTGGAACAAGATACACGGTTAATATTTTAGGGGCACCATATTCATATGTGAAACAAAG
AATCTCTCGAGAGAAATATATATATTTAAATAAAGTGAAAAAAGTATCTGTCCTCTCCGT
ATGTAAAATTCCACACATCTTAACGCTAACTCCATTGTCTCTCTCCCTGTTGTCGCCACA
ACCCTCCTAATCGATGACTTTCCAGCTCGTGATAACTGATCCTCTTTAAAAAACTTAGTA
AAAAAGATACCCAATTTGAAACTTTAACCAAGTATGAATCTCTTGTGCAACGTGCATGCT
GTTCTCGTTAGAGATGACGCCAGACCACCAATGGACACAACATGGATAGGCTGGTTTACA
CATGTGACGCTGAGCAAATCTTGAATTATTTCATGCATATTAATTCGTTGAGCTAAATTC
GACCTTTTTCCTTGAAAACATTTTAGTCAACTGATGGTTATGGTTCGAAAAATATTTCCA
TCACAAATCGTTCCCATCGAACTCCCATCCACGCACGTTTGCACCTGATGACCTAGTCAC
TACGATCGAAACAAGCCTAGGAACTTAGGAAGGAGTCGAGTAGAGGAGGGGTGGGTGGGG
GTAGGGGCAGTAGCGTACCCTCCACATGGCGACGGCGGCGAGATGCGCGTCCAACTTCCG
CCTCAGCATCGCGTTGTAGCCCACGGGGTCCAGCACCGCGCCCGCCGCAGGCGGCGTGGG
GATGACCCCCACCACCTCCTCCTCCTCATGAACGTCGTACCGCCTCTTGCGGCTCACCTC
CGCCGTGGGATTAGGGTGAAGCGTCGAGGCGTCCGGGTTCGCCACTGGCTCCGTGGGGAC
GTTGAGCAGCGACGACTCCTCCATGGACTTGTCGAAGCACAATTCTATCGCGCCATCGCC
AACGATCTCACCGACGCCCACTCCTCCTGCTCCTCTGACTCCTCCGGCGAGCACGTGTGC
CTGCAGCTGCGGCGGCGAGGTCCGACCGGGGTTAGAGTCGGGCTCGGGCATCGCCTCCTC
CAGCAGTGAGAACACGGGCTCCATGGCACGTTTCCGGAATGGAATTTGGGCAAGGTGATT
GATTAGAACAAAATTGAGCGAGAAATCGTATGGTTAACCCCGTGGGAACCAGCGAAGAGA
GGACGGTGGAGAGGCTCAATCACGCGGCGAGCACAGCATGGGTTTTGGCTATGGCGAACC
CATGGGTTGTGTATGGAATGAGATGGGTTGAGGGAGAAATCCTCTCATGTTTATTTTATT
TCAGCAGTACTGCGTACTACAAGGTTTTTCTGTGTTGAATACTCGAGATAGATATGAGAT
ACAATCTAAAAGTAAGGGATATTGAAGTGAGGTGCAATTATATATATGCAGCTGAACTGA
TAATGCAGTTTGTGTCGCGGCGCCACGTTAGTCGTACTTTCTGTTGTTCAAAAGACCTTC
ACCTATTCTGACGGTCTACCATCGCCTAGACAAGTGTTTTCGTTCCTGAGAGTCCATAGA
GAAGTGTGATCCACGGAACTTCATACTATGCAATGTTGTTTGTCACCTTGTATGAGCGTT
TACGGTTAACCTTTTTGTCCATGTTCTCTTTATTCAGGTGTTCGGGTCTTGTCTTTGGAA
ACCAGGACAAACACATAATGTTGTAATATATATACTAGTTTAGCGTGATAGCGCTAACAC
AAACAAATATCCCTTATGAAAAGAACCAAAAGTGTTAACAGAAAGTGTAAATTTGTGTCA
CTAATATGACATGTTTATTTTGACTCCTTGCTATCCTTACGTTTTCATGCGTTTCTAACT
TTACATTATTGTTGTATACGAAAGATATCGGAAACTCGTAACTTCTAATATACGCAATAG
CTAAAGTGACATCAGTTGTGTCTATTAGACCTAAAAACGAAGGTGTCCCCCGCACGGGAC
CCCTCTCTTTTGAGAAAGGTAATACGACTGTACCAATTAAATTTACAGATCACACACACA
CACACGCACGCACACACACACATACATATTCTTAAAATATAGGTGAACAACCCTGCGAGT
GGGATGTGTATGCCTTTTCATTTACACGCATTGCTTACCATTTGACTAATGTGGTCCACG
CCGATAGGAGTACTCTCATCCACAATTGCATCTTTTCCCTGTCCAACCTTTATCTCTTCT
AGATTTATACCGACCCAATGTCAGAATTTTAAGAGGACAAAAAAAGCACAACCCCGTCCC
CAACCCCCATGTCTCCCCTTCGGTGCTACTCTGGTGTTTTCCCAACCATATATACCCCAT
GCCTCCCAACCAACATCACACTCCCACGCTGATGCTTGATGTTGCCGGTGGGAAAGCCCA
AATGACCACTATGGACGGCAGTGGCCAGGCATCCCCATTTGGATAGTTTCATTCATGGAT
GCTCAAATGTTGGACACTCGTGTGATGGTATTGCTTCTTTGACCTTCGGTAATGCATTGT
TGAGGGGTTGGTCTTGTGGTTGTCTCGGAGTGAGGTCAACTGGATGCTCTTTCAGGTTGT
TCAGTTAGGCCTATTACAAATATGATCAACACGTGACCACTCTGTTCTACTCTTTTAAGA
ATGGTAATAAGACTACGAGTTAAACTGATAAACACACGCGCACGTGCGCGCGCACGCACG
CACACAGAGAGAGAGAGAGAGTTGGTAAGGTTATGAGACTCACATCCTCTTACCTAGTAT
AAAACTCGGTTGATGACTAGTATAGAGATGCTAACTCGATAGTATACACTCATATAGGAT
CTGAGTGACTCACTCGGATGTGATCAAAGTGATTCACTTGCATGAATTGTTGAGTCAGAT
AGACTCACTCGAAGACACACCAAGTTTATGTCATTTGTTTGTATTGGGAACATAAATAGC
ATGTCCTATACCACAAGTTTGATTAGCCCATTTTGCATCATTTTTACCCCTTTTTTTTTA
CCATAATAGTCATTGGATTTTCAGAATTTTACTTGGTTCACTCGTCCTTTTTTCTTAATT
TCTCTAGGTGCTTAAAGAAGAAGGATATTTTGAGTAATAATTTGAAAGCACCTATGTTGG
GTGGAAATCATGCTAATTGGCGTTTATAATAACCTGCCATGCGAAGAGAAGATCATATGG
GAAGAAAACCAGCCACACAGAGCGTTCCAAAGTAAAGTACAATGTGCGGTACCGCCACCC
CAACTATCTCAACCAGCCACAGAGGGCGTTCCAATGGGAAGAAAACCAGCCACACAGATC
TACTTGTGAGGGTTGAGATAGTTGGCCACTCGTATTGTATGGTGCCGCCACTTGGCCAAC
TATCTCAACCCTTGCAAGTACATCTCGCATAAGATGAACAGAGGGGCCAGAACCATGAAC
CATAAGTATAAAACCTTACTTCGAAAAGGGATTCGTAAGAAGAATCTATAGAAGGGCACC
GCCACCCCAACAACTCAATCAAGGAGATTTTGGCATCAATCTTCATCATCAATACCGACA
AGTCCAAATTATCTGATGTGTTTACCCTTTGTTTTGTATTTACATAGTAGGCTTTGCCAG
ATTTTACCGCATTCACACACCCCTTTTTTGCTTGTTTTCACTAGATTCTCATTTTCGGAT
GTGTTTGGGAGTTTATGGAAAGAACACCAAGAAAGGTTGATGAAATCACGTAAATTAATG
TGAGAATTTATTGTCATAAACTAATAAATCAAGGGAAGGGGAAGAAGCTACGCGGAGGTA
ACGAGGGCACTCGATGGCGCATGGTATGAGTACCTCCTGATCAACCTTCATGACCGATTG
ATCGAATCTTGGAGCAGATGAATAGAGAACCTAGAAACTCGTCTAGAACACAGAACCCTA
GCCTCCTGATGGCATCTAGAGGGGGGAACTATACAGAAATCCCCCATCATGACCACCTCG
TACAAGTAGAGTTTGACCTTGATACGTCTCAAGCGTATCTATAATTTTGATTGTTTCATC
TATTGTATTATCACTTCTACATTATAGCAACTTATATTATTCTTATGTACTAACCTATTA
ATTTAGTGTCCAATGCTAGTTACTATTTTATTTTGTTTTGGTTTTGCAGAAATCAATATC
TACGGAGGTCAAAACACATTGTTGATTTAACACAATTTTTTTGGACAACAAGAAACACTA
GAAGCTTCGGGAGAGATCGAGATGAGACACGAGGGACCCACACATACAGGTGGTGTAGAA
AGGGGGATGTCCCCACCCTTTGCCAGTGTGGGGCCCTAAGGCATCACATTGACCTGATTC
CACTACCATAAATTCCTATAAATACCTAAACCATCCATTGTACCTCCAAAAGAATTTTAT
CGTCGCGGCAAGCTTCTATTCTGAAGGGATCCCATCTGGTGCTCTGTTCTGGAGCCCTAC
TAGAGGGGGAAGCCATTGTCGAATCTATCTTCATCAACCTTACTGCCTCCATGACCATGT
GTGAGTAGTTACTTTAGGACCTACACGTCCATATTCATAGCTAGATGGTTCTCTCTCTCT
TTTGGATCTTCAATACCATGTCCTCATTCTTGATTGAGATCAATTCAATGTAAACAATGG
TGTGTTTGTTGGGACATGATGAATTGTCACTTTATGATCAGATTGTTCACTGAAATCAAT
TGAATCTATTGCGATTTTGTTGTTGCATGATTAAATAGCTTCGTATCCTCTGATCTATCT
ATTTTGTTTGGCCAATTTCGATGCGTTTTACTTCAGAGAGTTGTGCTTGGTAGTGGGTTC
AATCCCGTGGTGCTATAACCCAGTAATAGAAAGGGTCAAGGCATGTATTGTATTGTTGCC
ACTAAGGATAAAATAACGGGGTTTAGTCATATTGATTGACCTCTTCATGTCTACATTATG
TCATTTTTTTATTGCGATACTCTATTTCTTGCAAACTCAATACCTTGAGATGCATGCTAG
ATAGCAGTTTTTGGATGTAGTATTAGTAGTAGATGTAGTTGGATTATGATCTACTTAACA
CATATGTAATGCCAATATGAGAATGTGCCATGAATGATCATATTCAAAAATATTGTAATC
TTTTCAGCTGCCCAACAATAGTTTGTTTACAATGCCATTCACCTATTTTCGAGAGAGATA
CCACTAGTGAACCTATGCCCCGTGTGTGTATTATCCATTGTCTCTTTTATTTGCCTTACT
ATTTTACTAATACCTATCTCTATTTTCTTTTAATCCTATAACTAGCAAGACAAGGGGCTT
GGCAACCCTCTTTCCATGTTTGGTACATGTTTTTATTTTGTTTGTGTGCATCTGTTGTTT
ATCTCGCTATCTTAGTTGAATCCTATTGGATTGATTACCTTGGTTCTCTAACCGAGGGGA
ATACTTTGTTGTTGTTCTACATCATCCCTCCTCTTTGGGTAATCCCAATAACTCCTACGG
GAGTAGCAATCAATTTATGGCGCCGTTGCCAAGGAGTCTTCTACTACTAAATCAGGTGTC
TTCACACAAACTCCTTATTTACTTCTTTTATTTCTTGCCTAGTTATGCTATCTTTATCGT
TGGCACACGTAAATAGGAAGTGAAAATTAAAATATATTTATTATGGATCCTCATTCACTT
GCTAATCTTTTCAAACTTTTTGCATGTTGCAAACCAATAGCTCATTATGAATAAATGATA
AAAGATAAACTATTGAATTACACTTATTGAATGAAAATCATGATGCCACTGAAATTAGTA
TGAACTATATGAATATATGTTATGCTAATGTTGTGCAAATCTATAATCTTGGGGACAATG
AGTGTGACGAAAATGATATTTCTAGTCCCCCTACTAATGAAGAAGTTATAAAATAAAAAT
GTGATTGGGATAAACATGATAATACTTATTATTTATGTGATGAAGATAACACACTTGATG
TTATTATTGTTTTTTTGCGACACTACATTTGTAGGCACTATTGATGATGGTTTTGTTATG
CCCAGTACTTTTTATGATGATCAGGATTGGGGAGATAATTATGATGCTTCATGTGATATT
GAAAAACATTTAAGCCTCATGATGAATTTATTACTTATAATAATATTTGTAGCATTATTT
AAAGTGGGTTTGGAAGAGTGTAAACTTTAGCTAATAATGTTCCAACTGCTTTGGAGAATG
ATCAATCTTATGATTTTTTTTATAAAAGTGGGTTTGGAGAGGTGAGGACTTTAGTTAATG
CTAATCCCACTATCTTACAAAATTGTAAACTATATACGCATGTGGATCATGAAGATAGTA
TTTTATATGGTATCCATATTGTTGAATTTTATTTTGATCCTACTTATAATTATTATGAGA
GAGAAAATCATGGGTATAGAATTTTTTATATTACTAAGTTACTTCTCTTGGTGTTAATAT
TATTCATGTGTCATTATTCCTACTTGCTTATGCAAGGTATTGCTTGTCTTCCACAGTTAT
TTCCGATTCATTCTCAAGAGGCACAACAATAATAGGATCATCATTATTTGGAAGAGATAC
CTTTGTACCTCTACTTTCCGTTTTCTTCTTCTTCACCACATTATGTGTGGGTTTAATTAT
CATTTTCAAGTTTCTTATTGAATAGATTGGTTGGATATGAAGCTCCTCCTCATCACCTAA
TTCATCATGAGAAAAGATATGGGGGTGATGTTGGGGAACGTCGCATGG