Contig Data
morexGenes
Links



Map Locations of contig_141707 (6512 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map locationNo map location




Predicted Genes from contig_141707

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_8247 1 973 bp MLOC_8247.1 Available Available None
MLOC_8248 3 1266 bp MLOC_8248.3 Available Available LOC_Os01g15448.1, FRAME:+3, EVALUE:1e-41, 13101.m01706 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_8247






CDS Structure of MLOC_8248






Contig Sequence (6512 bp)

>contig_141707 6512 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGGCAAACCGGGACTAAAGGGGGGGAGGGGTCTTTAGTCCTAAGTTAGTAGTCTCGGTTG
GAGAATCGGGACTATAGGCCCTTACCAACCTGGACTATAGCCCCGTTTTCTACTAGTGGC
AGCACGAGTAGCACCAGCACCAACAACACCTCCGTCCCTCCATGCATCGACAGCAGCTGC
ATCCACGTATGGAACAACAACCGACGCCCCATCCACCACCTCCTGACCAGGCTAGCAGTT
TGGCGTGGCATCACCGACAGCACCATGCTCCCTCGTCGAGCTTCGCGTTTCAGCTAACAC
CACAACATCACGGTCCCACTTCGGGTTTCATGTTTCAACCACATCCAACTGGTATGATCC
CTCCTTCAGGATCCTATGCATATCAGGAGGCGTCGGCGTCCGGATCGGGGTGCGCGAGTG
AACAAGAAGAACCACCATCGCAACAAAACATATGGTTGGACATGTTTTCGACTCCTCCAT
CATGGCCCATGCAGGATACACAGAATGACCAAGGCGGGTTCGAGATTCCTCTTCGTAACA
TTAGGCCACCCCACAGGTTTGGATGGAGTACGCCTCTCACACCCCGAGAGCGCCAAGGCA
AATGTCGTCAGTGAGGCTTCTATCTATGTTGAGATATGGCTATTTAATTATGTATGAGAC
ATATGTCTATTTTATGTATGATACTTCTATCTATCATTAGAGACATGGCTATCTAATTAT
GTATGAGACATATGTCTATTTTATGTATGAGACTTCTATCTATCATTAGAGACATGGTTA
TCTAATTATGTATGAGACATACGTCTGTTTTATGTATGAGATTTCTATGCTCAGTTAGTT
TAGCGGGGATAACACATAATGTGGCTGGAGCGTTTGTGTTTTCAAGTGTGGCTGGATGAT
GGAGGAAGATAGTCTAGTGCCTCCTTTTATAGACTCAGATGACAAGGGCAATGGCGGGAA
CCGAGGCAGAAAAAATGGCGGGAAACGAGGGAGGAAAGAAATTGACGGGAAACGAGGCGA
GAAAGAAATTGGCAGGAAAGCCTCGCGGGAAAGAAAGGGCGGGAAAATTTATTGAGGGTA
TCGTGGACATAAAAAATTATGCATTACGTGGCAAAAAAATCATGCATTTATTAGTTTTGC
CAACACTAATTAGTCCTAATCGGTCAGGGCTAGGCCAATTAGTAATAATTAGGCACGGCT
AGGCCGATTAGTAATAATCGGCCTAACTAAGGCCAATAAAAGCCCACATGCAAAGCTGAC
AGACCTGTCAGCCTTGCCATAGCCGACAGGGACTAATTGGTCTTGGCTAAACCGGCAGTA
CCACATTTTCGAAAAAAATTCAAATGAGGCACTCAAAATCAATAAAAAAAATTGTAATAT
TAAAAAATAGCAAAAAATAACACGCTATATAAAATAGCGTGGCCCCTGAAAATATGCTAT
TAACATGTTATTAGCAAGATATTGTACACTGGTCAATTTAACGAGCCGATTTTCTACACC
CTATAGCGTGCTATTAGCGACGCCATAGCACGCTATTTTTTCCAGCGATTCAAATATTAA
ACACTACCCGCACCGGTGCATTAACTTAATAAGCGCTACGACATGCATCCACACTAAGAT
ACGGAGTAGCAATTAAACGATTCAACCAAAATCACCAAATTGAAAAATAATATTTCCCAC
AATGTTACCTAAAAAGGACACACGCATAAATTCAGTGTTCGGGGTTCCATGCTATTATAG
ACCAACAACAAACAAGTAAATCGCAGTTCATGATTCCACAATACACACCACAGGAAACAA
ATAAATTTAGATGTCACAAGTTTCAGCCATGACGTTGCTTGTATGTGATTGGGCGTAAGA
GGAAACAATGAATTCGGCGGTTGCTTGCATGTGTGATGTGTGCGCCCGGCATGCTTGGAG
ACTCTATGTGTGTCTCTTGTGTGCTGCATTGTATTTGTTTGATGCATTGCGTGAACCAAA
TATAAATTATCGGGAGTTAAAAGTTTCAAGAGAAAGTCCAGGTGCCCACATTTAGTACAA
AATTGAAGGAAAAACGTATACCCACCTTTTGTACTGTAAACTACAGGTCATTATACGTAT
ACAATATATAACCACGTACATGTACGACGACCTACGGTATACAATATGAGGAGCGGATGT
GGTAGGGAGGTGGAGAATTGGAGTTGCGTAGAAACAGAAACTTAAGGAGAAGAGGACAGC
CAGCCAGGTTAGTGCGTGCATTGATTTTTCTATTTTTGATGGGCTGATACACATATTGAT
TTGTACTAGATCCTTGTCTAACAGGAATCAAGCGAAACTCTTGTATGATTATGCTAATGT
AAACAGATGTAGTATTAGCTTAGTTATATCCTCTATGGTTAGCTTGGTGCATGAGTGCAT
ACTTGCTACTCTGTCACATGTGGTTGTAGCATTTTATATAGCACGCACGCGCGCACAACA
CCATAGCGAAGCAGGAGTTCACGACCCGTCTTCTCCATGCTCTGCTCTAATACAACTAAG
CTGTGCATCCGATGGCCCGACTGGACGTTCATCTGGAACTAGTTTGTTCTAATAATTAAA
GAATATTTGGATGGCCTGCTCGACAGCAAGATGCCATTTTCCTACAAGGACATGAAAGGA
ATTCTGTGACTGCAACAAGATGAGGTGCTGGCCATCCTCTGACGAGAAGGCAGTGATATG
TTGAGCTCCGTCAGAGATCCTCGGCAAAGTATAAAGACTACTCGCCTACAACCATTCATC
CATGGAAACCGTTGTTTAGTTCTTCATTTACAGTTACTGCTTCAATGACCAAGCCAGGGC
ACAACTGGAGCCGCTGCCCGGAGTAGCCGAGCCATGGCTCCGCCGCCAGAAAGAGGTGCA
GGCAATGACTGCAAGAAGTGTCAAGAGGTCGCAGCATGAAAACAATACCGCCCCCAGACT
TTTCCCACTAGTTTTCCCCGACGCCTCCTATTCATAAGCAGAAACACACCACAAAACTTT
GTGGTCCTTAGTTGCATTTTCTTCTTTCTCCGTTTTAGCTAGCCTCTCGTTTATTTCACA
CATTTGCTACCTCTTCACAAGACCATCTCTCCTCTTGCTTGCTATAGGTGTTACCGCTGC
ACTATTGTATATGGTTTAGCAAAGACACCGACCTGGGGAGGTATAAAAAGGCAGGAAAAT
GGTGAATTTATGGATCTTGGGAGGGAGGGGTAGGAGGTACGATTTTCATTCATGACGCGA
CGAGGTATCATATGTAATAGCACATGATCGTGAATGTTGTTAAGTCAGACCGGTTGCTTC
TAGTTTGGCTAATAATAATAGGGTATTGATATTGCCCATACATGTGGGCGTGCGTTAAGG
TAGTCTTGGCAATCGTCCCGTGTGATGTGTAAAAGAAACGGACCACACGTCTATACGTGG
ACAAAATAGATAACGTTCACATGTTCGGCCTCCTGCCTCTTGGCCTGCACGTCCGGCCTA
CCACCTCGCGGTTCTGTATTCACGCTTCTAAATTTATTTTGTTCTCAAGATTCAGAAAAT
GTTCGTGCTTTAAAAAATTATTCACGCTTCTAAATTTATTCATGATTTTCAAAATTGTTC
ATAAAATTCTAAAAATGTTTTTGCTTCAAAAAGAAAAATAAAATAAAAAATGAACGAAAA
CAAAGGAAATAAACAGAAAAGGAAAAAAGTAAGAGGAAAAAAAAGAAACAGAACTAGGCC
GGCTCAGTCGGGTCGCCCGCTCTGTTCGGCGCAGGAGTCCCGTGTCATACGGCATCGATC
TCAACTCCGATCGACTCCTCCCCCAAATCCCTCGCCGGAGTGCAGCCTCCTCCGCCGCAT
CCCTTCCTTCCTCCTCCCTTAAAGACTTGCCGCGCCATCCCGCGACTGTAGGATAGGATC
ACTTCGAGTCGAGGCCAGTGAACAGGGGAGGGAGCGAACGCCGGCGGCCACCGTGGAAGA
AGGAGGAGGAGCAGCCCGCGGGTCGCGCGTCTGCACGTCGCGGTCGTTCCCCACGCCGGA
TTCAAGTGCCGCGACGGAGGGCGGAAACCCGAATCGCCGTGGAGCGAGAGCACACGCCGG
CCGGCATAAATATTGCTGAGGGTTTACAAAGGATTCACATTCTTCTGTCATATGTCTGTA
AGAATCCATCTTTGTTGTCATATATATGGGGGAAATTACTTCTTTGGGTCAACGGATGAG
AGCATCAATTTAGCTTGGAACAAATCATTTCTTGTCAAATGAATTGACATACTTTCTTGC
TTTTTTGAGAAAATTGACATACTTTCTTTGCTGAAAGTAAAGGAGAAATAAACGCTGAAC
ATAGTGTTTTGCTCTGTTCCTGGATAGCGCAGTCGTGCTTAGTAGTAGAGGGGTATTTTC
ATCATTTCATGTATTTACCCCCTGGGTAAGATAAATGGTGTATGTCCTAAAGACCCCCTG
GGCATGTCTCTTGTAGTTCTTGTCACATTTCTTTTAGTGCGCTTCATAATTTGGTTGTAT
CGGTATGTCTAGTGTAACTAGCAAATGCTAATCCAACTCTAACCTTCCACTGTACTAGTG
TAAAGCTAACAGAGGTTTTACTCTATTGTTTATATTCTTAAATGTAGTAGCATGGTATTT
TAATTATAATGGCTATTATTTCAGTGTTATGCTATATGGTGACAGATTCTGATTAACCTT
TGTGTATAGGCAATTTCAGGATGGCTACTGAAGACTCTAAAGATATGCTGAAGAATGCAG
ACTGGAAGACAGTGAGTGGTGCAGTTACTGAGTCAAGTCAGCCGGTTGTTAGGAAGCGCC
TTCCGAAGAAAATCAGACAAGTCCCTGAGTGTTACTTTCTGCCTCGACGATCTTTGCCTT
CTGCACTGGCAATCTATGGTGCTGTTTGTGCCGCTGGAGTTGGTGCAGGGATGTTGCTTG
AGGTTTGGATAAACAAAAAAATCAAAGGTAAAATCCTGTCTTTCATGGCCGGAGCCTGGA
GAAACCACTTACCTTAAGAAAACTGCTCTATCTGGAAATCCAGGATCTTGGACTGTACCA
CGGAAGTCATCAAATGCATTGTGCATATCTATTTTGCTTCATCGATTGTGTTTTCTTGCG
TCATCTTACTTTTTTGTTGTTAAATTGCTGCATGCAGAGGATGGCGGCATTGTCTGGGAA
ATGGGCAAATGATGTGTGTGCCCGTTGTGTTTTGCTGGGCTCACTCTTCTGCTGCTGCTG
CTTAAGCTGCATCACAGAAATAAGCATGGTTTTGTTGTTTCGGAATATCTTTGAACTTTG
CTGACAAAAGCAAACAATGTTGCCCAGTGCCCCAGTGTACCCTGCGTTTCTGGTTTGGTT
GTACAACTGTGTGATAGTTCAAATTGTATTTTAGGCAAGCAAGGTGAAAAGAACAGGCAT
CAACATGTCTGTTCTTGTAATTTTGGTAGGCACCACCAGTACTGGTAAGAATTATCTGAA
TATGTGTAACTGTGAAAAGTTGGAAGGGCTTTCGATTTATCGCGGTTACACACGAACGTC
TTACAAACTTCTTCGGTTACTGACAGTACCATGTATAATATAACAGTAAGAATTCAACAC
TTGGTGTACAAAACTATGCTTGCTGAGGACTAGTACAATGGTCATTTTGAAACACAAAAC
AATTTGATCATACAATGAAAGGGCTCATGAGGACGAGGCATTTGTCAACAAGAACAGTGG
ATAAGGTAAGTTCTCGTTGTTAGGCATGGACTCTGATCATCAGAATTCAGACACTCGAGG
ACATTTGCTCCGGAATGCGCATCCTGCGGAGTTACACCAGGTTTGTGTGCTTGAAGAACA
TGTAGAACAGGATCGCTGATACCACGAAGAGGCTCAAGAATACCAGCCAGATTTGCCAAA
CTGCAATGTGGAAAGCATACACCGGAAATCTTGGTAAATACTTATGTGCATCATACAAGA
ACGCCATCTGCAGAAACATGCATGTATGTACCTCTCCAGTCGGCAGGGACGTCGAGCTTA
GTAATCTCTGCTCCCCATTGGTGCGAGGTGGAGATCGCTATCCTGTAACATGAGCAAACA
AGAGGTCATTCAATGCTTGCATTCAAGTTTGGAGTAATCTCCAAGTGAATGGCTTAAGGA
AGTAATATGAGTTTACTATAAACAAATACTGAACTAGTTACAATGATAACTTCGACACGC
GGTTGTCACTTATGTTCAACATGGTTATTGAGAGTCTTGATCTCAGGGAGATTGACCTCA
CTGGTAGACAATTCACATGGGCAAACTCACTGCCGGTGCCAACATATGAGAAGTTGGACC
GAGTACTGACCAGTGTCGAGTGGGAGCAGAAGTACCCTTTGGTCACAGTACATGCATTAC
AAAGAGCCATCTCAGATCACACACCTCTCATTGTTGACTTAGGGGAGGCCAACCATGAGG
GTAATAGAAATGTCTTCTCTTTTGAACTAAGTTGGTTTGAAAGAGAAGGTTTCATGGATC
TCATATCTGCTGAATGGGCTAGAGACTTAGGT