Map Locations of contig_139394 (7296 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_139394

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_7493 3 3187 bp MLOC_7493.2 Available Available LOC_Os02g12850.1, FRAME:+1, EVALUE:1e-107, 13102.m01415 protein RNA recognition motif containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_7493






Contig Sequence (7296 bp)

>contig_139394 7296 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GTGCGTGTGCGGTTGGTCTCAAAATGCTCAACGACGATAACGGAGAGAACCGATAACTAA
TAACGGATGCAGGTTTGAAAACTGACAACAACGGAGTGTCGATGCNATGCGGATGATGCG
ATGATGAATGCACACACAAACGAACCATACGACGAGAACGAAATAAAAGGAGAATCTTCT
GGANCGTCGGTCTCGGGCTGTCACATATTACTCCACTCATTGATCGCTATCCAACATGCA
TCTAGAGTATTAAGCATTAAACAGAGTAATGCTTGGAGCAAGATGACATGATGTAGATAA
AGCAAGACAAAAATATGTTCATACCCCGTCGTTTTATCCATAATGGCAGCAAGACAATAC
GTGTCATGTCCCTCTTTGTCACTCGGATTGAGCAATGCAAGATTGAATCCATCACAACAC
ACCACTCCCACTGAAGATNNNNCAATCTAGTTGGCCAAACAAAACCGATAAATCAGAGAA
AAATATGAAGCTATAACAATCATGCATAAAATAATTCAAAGAAGATTCAATATATATTCA
TGAATAATCTGATTATAAACCCACAATTCATCGGATCCCAACAGACATAGCGCAAAAGAG
GATTACATGGAATAGATCACCGCAAGAATCGCGGTGAACTTTGTATTGAANNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNTCTAGGTACTAGCTATGGACCCGTAAGTTTGTGGTGGACTACTCACA
CATCATCGTGGAGGCAACAATGTTGATTTAGACGGCCTTCGTGATCGATTCCCCTCCGCC
AGGGCACCGAAAAAGGTCTCCAGATGGCCTCCCATCGAAACAAAGACTTGCGGCGACAAA
AAAAATGTTTCGGGTAGCTCTCTATTGGTTTCACGATTTTAGAGAATTTATGGATGTAGA
ATTAGGTCAGAGGAAGCCACGTGGGCCCCACGAGGCATAAGGGTGCGCCTACCCCCTCCC
CCGTGTGGGCGCGCCCTGTTGCCTTGTCGTCTCCTCGTGTGTTGTTTGGTCTCCCTCGAA
GTTTCCTGGTCCTTTTTTGGTCCAAAAAAAATCATTGAAAAGTTTTATAGCGTTTGGACT
CCATTTGGTACTAGTTTCCTAAAAAGCCAAAAACACGTAAAAACAACAACTACAGTTGAC
GTTAGGTTAATAGGTTAGTTTTCAAAAATGATATAAAATAACATATAATTGCATATAAAA
CATTCAAGATTGATAATATAGTATGAAATAATAAAAAATATCACTACGTTTAGAAATGTA
TCACCAAGCCACTAGTGGCCTGCGCGCTCTACCGCGAGTCGCCACCACCAACCAGTTGTG
CCACCCTCTCCACCTCCACCTAGTGCGCATCATCGAGCCCCAGCGCGCTAACCACCAAGA
CACATCGCGAGCCTTGCGAGATCGAGGCCCGACCGTGACGCCACCAGCAGGAAGGTCACC
ACGAGCTTGCTGCCGCCGCCACAAGCCCCCATCGACACGCCCCACATTCGGATTGGGCAG
CCCTAGATTCACTCCCCGTCGCTGTCGAAGAGGCATGCCACACTGGATCTCACGGCGACG
TCGCATGGACCCCCGTCGCTAGCTCACGAGCGCTGATAGAAGGAGCCCCCTCCTCGCGCC
ACCATCCCAAGGCACGCGTAGCTTCACCGACGTCTGCTCCGACGACGACGAGACATAGAA
TGATGTGATGGATGGGTCGTCGGCGGTGCTAGTAGGTTTGCCCTCTAATTGTGAGAGAAG
GCGACACGGACCGTGCGTGTTTATTGATGGAGAGACTATACTAGTCATTTAAACACCTCC
TGATGAAAAACAGAGAAACAAAACAAAAGGGAATAAACCCTTTTCGTTTTGCTCATCCTT
CCGTGCACGACTTTATAAACGCCTCCGGAGCCAGTTCCGCGTTGGACTTGACCTCGCGCC
GCCTCCGTTTTTCCTCTCCCCACCTCCTCCCTGTAAACCCGTACCAGAAGCAGCGCTCCT
AGGGTTTGCTCCTGCCCCAAACCCTACCACCAGATTGCCCCGATTCCGGCAGAGGTAATC
CCATCTGCTCCTCGCGCCCTCTCCCCGGCCGCGGGCTAGTAGGTGTATTTCTTTTCCGCT
TCGTGTGGGTGCTCAGATTCCGCTGGTTGTTGCAGGCGGCGGCTGGGGGCTGGTGGCATG
GCGGGGTATCCGGAGGACAACCAGCACGCCATGAACGGGTACGAGGATGAGGTCGAGGAA
GTGGAGGAGGTCGACGAGGAGGGCCACCCCGGGAGGAGGGGACGGCGAGATGTGGGCGAT
GGTGGTGGCTATGGTGACGCCGGTGGGGATGACGGGAGGGCTGGGGGCGGTGATTCGTCG
GGGTAGGTGATTTGAACTATTTTTTCTGTTTGTCTTGGATTCGCGGAGTGTTGGTGTACT
GATGTTTGGAGTCTTTGCAGGAAGATTTTCGTCGGAGGCGTTGCATGGGAGACAACTGAA
GGTATAAGACGGCTCTTGTGTTTTCTTTCTACTTCACTCATAGTTGCTATTGTCTAGGGA
TGTTACATTCGTTCAAATGCCAATCTTCAATTGTCCAGCCTTTGTTAGATGCATCATCTT
GATAGAAAATCTGGAGAGGAAATTAGCTATAGTAGAAGTATTGTTCTTTGAATACACTGC
CACAGATTTTCTAATGGCAGATGTTAAGACATTCAGAAGTGGTCAATACCTGTAGTGCAG
TTTGAGGATTTGTGTAGCTATGATAGATTGATCTTATTCATATGTTTTGTGTTCTTTTTT
CGGGGTTGCAAGTTTTGGTAATATCGTAGGTAATGCGGATTACTTCTATAATGTGTGCGT
GTGCAATGTGTACCTAATCAATCTTTTATCAATCAGCTAGCGGGAAAAAGTGATGTCTTG
GGTACATGTGTTGTAAAACTTTCATGAGCATATTGGTCCAGTTGTTTGTACTTTGAAACA
GTTCTGCTTCTTAACATCTCCTGAAGGATAGCTGTTTATACTTTGTTATTCACTGCTGCT
TTCAGGTTCAGTATAGTTTGGTTATTGCATTAGTTTGTAGTCTCATCCAAACAGAAGGTT
CCATTATTTGTCTTCCATTGTCAAATATACCAGCTCGGTCACTATTGCTTGAGGGGTTAG
TCCTAGTTTTTGCAAACTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCGTTCTAGAGATTCCAC
TACGGACTACATACGGAGCAAAATGTGTGAATCTAGACTCTAAATTATGTCTATATACAT
CACTATGTAGTCCATAGTGAAATCTCTAAAAAGACTTATGTTTTGGAATGGAGGGAGTAA
TACTGTACCACTTACAAATCATGTCTATCTTATTTTTAATTTCGGTAAATATAGGAATGA
AGTTATGTTATACAGAAGATAATTTTTTTTGCGGTCAGTGCATTTAACCGTATCTATGTG
TATCTTGCATTTAGTTTATCTTGTTATCGATAGCATACATTTATTTTGATAAAAGATACT
CGGGCAAGAACAACTCTGTTTCATCTTTGCATCTCCTTTATTTCTTCTTTATTAGTTATG
TTAGAATGTTTCACTCTTGTATGTTGCACATCGGTCTCCTTTGAATTCAGTAATATTCAT
TTGTTTCATGCATTAATATACTTGTAGTTCTTAAAGGAAAGTAGGCATGAGAATGAGTTG
ACTTTCTTTTAGTAATGTTTGTGTATCTGTTGGTGTTCTTGGTTTCTGAGTATGTTAGCT
GTTGTTGCTGCTTTTTATATGAAATGTTTCTATCGTGTAAAAAACACTCAGCTATTTCTT
CAATATTCCCTGGTTTCTTTTTAGCAATCCAGTTAATTTTCTTTCGCCAATTGACAATTG
TGTATGGTTTATTTGTTTGTATGTAGAATCATTCTCCAAGCATTTTGGGAAGTATGGGGC
TATAACTGATTCTGTAATTATGAAGGACAAGCATACTAAGATGCCTCGTGGATTTGGATT
TGTTACATTTTCTGATCCATCTGTAATAGACAAGGTTTTGGAGGATGAACACAATATAGA
TGGAAGAACGGTAGGATATCTTAATCTAGATTGGCCGTTATGTGGGACCTCATTGTAAAG
TTTATTCTTAGTTAATAGTTGCACAGTTGATTTGAAGCGTTCAGCTTCTCTGTATCTCTC
TCAACTTATGAACTATCCAGGTTGAAGTCAAAAGGACAGTCCCGAGGGAAGAAATGTCCT
CAAAAGATGGCCCCAAGACAAGAAAGATCTTTGTTGGTGGGCTACCATCAACACTAACTG
AAGGTATTAGTTGGTATTAGCTGCAAATGACCAACCTTGTACCTATTTTGGTTATGGTAA
AACTTACAAGCTTTTAATTTCAGATGATTTGAGGGATCACTTTTCCTCATATGGCAACGT
GGTTGAACATCAGATAATGGTGGATCACAGCACTGGCCGTTCGAGAGGTTTTGGTTTTGT
CACTTTTGAAAGTGAGGATTCTGTCGAAAGGGTCATATCCGAGGGAAGAATGCGTGATCT
TGGTGGGAAGCAGGTCTGTATCTTCTCCTGTTTCCAAACCTTTTTATTTAAGTAGTTCTT
CCTGAGTTCCATTATCTTATAGGAAATATATAAGGTAAGGATAGTAGAGATAAACGTTCA
TGAGGATTTCTGCACTTAACTGCTCAGTTATGAGATTTGCTCCAAAGTGGTGAATGGAAT
CCCTTCTAAAAGCTTCTTATTGTGGTTTTATCTTCTTGTGGTTATTGCTGCTACTATATT
GGACATGTCCTTCTAATGTTTAGAGTTCTTTATGCATTGCTGGTATTTTCTTGCTGAGCC
AGATGGATTGGAAACTTTTATCTCAGATGCACCACTTACATATAGAAGATTATTTGTTTT
ACATCAAATTGAGCTGCGAGCTTGATATTGCTTTTAGTTGACAAATCATAGTAAATTTCT
TCACAGGTTGAAATAAAGAAGGCTGAACCAAAGAAACATGGTGGTGATCACAGTAGCAAT
GGGAGATCTAGTCACTCTGGTGGTGGTGGTTACCGTAGTTCTTACCGTAGTGGTGGAGCT
GCTGCTGGTGGTGGCAGTAGCAGCGCTGGTGGCGGCGGCTATGGCTATGGTGCTGGTGGT
CATCGGTCTGCTGCTGCAGGAAGTTATTATGATAGCACGGGATATGGTTATGGTAGAGGA
GGCTATGGTGCCGCCGCTGCTGCCGCTGCCTATGGAGGCAATGCTGGATATGGGTCTGGT
TTTGGTGGTGGCTATGGAGGCTCTATGTACGGTGGTGCTTATGGTGCATACGGACCATAT
GGTGGTGGTGCCTATGGTGCGGGTGCTTATGGAGGCGGTGCCTATGGTGGGGGTGCTTAT
GGAGGTGGTGCCTATGGCGGCGGCGCTCCTGGTGGCTACGGTGCTGGTGGATATGGTAGT
TATGGGGGAGCAGGAGCAGGGGCAGGAGCAGGGGGTGCTGGTGGTGGTGGTGGTGGAAGT
GCAGGTGGTCGGGGCTCTAGCAGGTACCATCCCTATGGGAAATGAGTGCAAACCCGTGTG
GTTTTTTCTAGGATGCAATAAGCGCACTCATCTCCATGGGATCTCCTAGAAGTTGGGCAT
TCATCTTGGGTTACCTAAACAGAGGCATCAGAACATTTTTGGTTTTGTTGAATTAAAGTC
GTAACCAGAGACAAGTGTAATCTTTGTTGCTGAGCCTGCCCGTAGTTTGGTGTAGCGGCT
ACACATTAAACTGTGTTGTATTCCTTAGTTTCCATACGCAGAGCGTTAGAAAACCCTGAA
AACCAAGCCTTTCGTGGTAGGAACAATATTGGTGTGATAGAACTATATTTGTGCTGTAAG
AGATTGTCTTTGCAAGCTAGCTGTTGCCATCTGAGATTATATGTAGGGGAGCCTTTAAAC
TGTTTGGTTTATGCATCTGGCGGACTGTTTGATGCATTTTGACATCGTAGGTTATGTATA
GTCATTGCTAATGCTCATGGAACCCAGATGCGTTCTGGGTGTAAAAGAACATGATTTTAT
GACTTGTGGCACTGAAGTTTTTTGCTACCAGTGTTTGCAAATTTAATCATCATTGCTATA
TATCGTCTGGTAACATTTGTCCCTGTTCCGTCGACATGTTTTCACTCTGGAAACGTCTGA
CGAGTTAAAAGCCCTAAATGAAAGAGCATTCCCAATGGCCGACCCAAACGTCTGGGGACC
TGTCCTCGAACGGCGGCATAGGGGTAGGCCGTTCAACCTTTTTATAGTTTTTAAATAACT
AGCAAAAAGGCACGCGTTGCAATGGGAGAAAAAAAATCATAATCTTTAATTGTGGTAATC
ACATTATGTTCTTAAAATTTTAGGACATTTCTTGAGATGCATAAACATTATTTGAATTGT
GATGAAAATGACAAAGTATGTTTTGTTAATCAATGATAGCATATGGATAAGAACATTATT
TTTATCTTGCTGATATATGTGTTTGTATTTGTAATCCAAGTGAAGTCTTAATTTGGTTGC
AAACATATTAAACAACTTTATCGAAAACAATCAATTTGTAAGTACATGTCTACCAAATGT
TACATTTCATATATATGAAAGATCGAGCTAAGCCATTTGTTTACATAAAGCTTGTATAAA
TATCATTGTATATTTTTTATACACTAGTACAAATGACCGTGCGTTACATCGGGCAAAAAT
TATACACTGCTTACATGTTAAACAAAAAACTTGTATAAATATCATTGTATATTTTTTATA
CACTAGTACAAATGCCCGTGCGTTGCACCGGGCAAAAATTATACACTGCTTACATGTTCA
ACCATCTTAATCCTGATGAAATAGAGGATCTTAATCTTGATGAAACAAAAAACTGTAAAT
AAAAGTGTATGAAACCTTGAGCATGGAAATTATCAATTAGGATATTATCATGTCATACTT
CACATAGTTTTTAACGATCTCTGTCATAAAGGTCTCATCTTGTTATATTTCAAGATTCTA
AACATGTACTTGGTCCTTTAAACAACATATATATGCACTGATGACCACCTATAAACATCT
TAAAAATACATAGTACAAATGCCCGTGCGTTGCACCGGGCAAAAATTATACACTGCTTAC
ATGTTCAACCATCTTAATCCTGATGAAACAAAAAAACTATAAATAAAAGTGTATGCAACC
TTGAACATGGAAATTATCAATCNNGATATTATCATGTCATACTTCACATAGTTTTTAACA
ATCTCTGTCATAAAGGTCTCATCTTGTTATATTCCAAGATTACCATCCGGTTTTAACAGT
GCAACAACAGAAGGAATCTCAAAATATACTTTACTA