Map Locations of contig_138198 (11606 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_138198

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_6853 3 4811 bp MLOC_6853.3 Available Available LOC_Os03g19190.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13103.m02293 protein TOPBP1C - Similar to DNA replication protein TOPBP1 from, expressed





CDS Structure of MLOC_6853






Contig Sequence (11606 bp)

>contig_138198 11606 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGTTGGGAGCGTGTTTTGGCGTGACGCCCAGGCAGGCGTGCCCCCGCCCGCCCCGGCGGC
GCCGGGGCGCGCGGCGCCGGGCGGCGGCGGGCGCGGCCCGGCGGCCCGGGAGCCGGGCGG
CTCGGCGGCGGCTGCACACACGTCGTCGCGTGCGGCCGCGTCTACGTGAGTCTCGCCTGC
CACGGCTCTCCCGCTTCTTGTTTCTTTTCCGCGGTGGGTTTCTTGGGGGATCTGGGACCG
ATTTGGTGCTCTGCGTGTGCAGGACGACCCCGTGTGCGCGGCGGCGCGGGCGCAAGGGAA
CAGGGTCGTCAGCGAGCTCTGGGTGGACGATAGCCTCGACCGGGGTTTTCTCGCCGACGC
CGACAGGGTCCATCTCCTTGCTAGTGATATGTTAGCCGCACTCCTGTCACTGGTTTGGTT
TCCTGATGAAGCAGGACTTTTTTTCTTTTCTTTGCCAGGTTATTTACTGGCCAACGAAAG
ATTTGAACGGCATACCAGGCAGCGACTCGCTGCAGATTTGTCTGACGGGGTATCAAAGGA
ATGACCGTGAAGATATTATGGTAACACCTTGCCACTCGTATCCTCGTATCTCCCTAGTGA
AAAATCCTGAAACATGAGCTATGCCAACCTTTAGTTGATTCCCTTTAAGATTAACACATC
AAGGTGAAGTTTTTGTCACATTGTGTTGTGCTGTCAATTTTTTGACTTGTAATACCATTC
TAGAGCTTTCTTTTGCCTTCATAGCATCATGACCGATGATCCCTAAAATATTTTAATCAT
CACAGTAACGATTTAAGTGGAAGTGTATAGATCATGTAACATTGAGCGCATATGCTTCAG
AAGTGAATTTTGCTTTTGGCTGGGTCAGCTCAACCCGAAAGAACCGTGTCCCACTCACGA
GTAACTATAATAATACACTGACACTCAGATGGTGAACATGCTATCATTCTGATTACTTTG
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TATAGCAGATACTCTCTAGTTAGTATTTGTTTTCTACCTAGCACATGGGTGCCATATATG
TAGCCTTGAGGATAATTTTGTTCCCTTGTCCTTATGCTGTTTTCCTAGCACCTTATTTTT
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TCTCTTTGATGGGCGCACATTTCTCCAAGCCTTTGTTGGGACACGTAGTCACTCATCTTG
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AGATAGGTCATTTTAATTTTGCTGCTTTTCCCTCGGCACACCTTCATTGATGTTGTCGTG
TACTTTCTGCGTTGCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGATTCCACTACGGGCTACATACGGA
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GAATCTCTAAAAATACTTATATTTAGCAACAGAGGGAGTAGTAATGGCCATGCATTTGCA
AGAGCGGACATTAAGATTTTATTTCTTACTGTTATCTGTGGTTCTTTGTTTTATATGTAA
CGTTTATAGATTTGTTGCTAAGAACTAACTCTAATGTCACATTTGTTCCTCAAGTTTGTC
ATCAGATTAGGATTTTGGGTGAACTAGTTGAAGTATAAAACCTGATATAATACCTTGAGT
TCAAGACTTGGCTAGGCAATTTAATAAAAAAAATCTAGCCACTCTAGTTCACGTTGTAGG
CTAGAGGGAGCCTAGACAATAGTGGCGATGTTGAAGTAAGAATCTTTGATGTCATTTGGT
GTCTGAACACTACTTGAACGCACCGATGGCATCACACTGTCAGTATTTTCTTTTCTTTAA
CTCTGTGGTCGAGTAAGAATGTTATACCCAAATTCGTATCTTGATGTCACATTTGTTTCT
TAAGTTTGTCATCAGATTAGGATTTTGGGTGAACTAGTTGGAGTATAAAGCTCAATATGA
TACCTTGCGTTCAAGACTTAGCTAGCCAATTTAATAAAAAAAAATCAACCACTCTTGTTC
ATGTTTTAGGCTTGATCGAGCCTAGATGCAATTGGCAATGTTGAAGTAAGAATCTTCGAT
GTGATTGTGGTTGAACACTACTTGAATGCATACATGGCATCACATTGTCAGTCTTTGCTT
TTCTTGTCTTTATGTGAGTCATATGAAAAGTAATCTCATGATCATAGACAGCCCTTGATA
TGTGTGGTGTACAAAATATGATTCCTGCGTGCTCCTGATTTTCACTTTTTTTTTTCTGTT
TTTGGCCGCCCTTGTAGTTTGAACTACTGGTTTCTGGTAATAGAAATTGGAGAGGAAGAC
CTTTATATAGTGTCTAATGATGAACATAAGAGAAGTTGCGAGATTTGGTAAAAAACGTGC
CATGTATCTTGGGAAGAAAAGTCACTATTTGTATTGTTTAGAAAGCCTCTAATGAAACAT
AGGCTTCTCAGTAACATGAAATAAATCACACCATACCCATCGAATGTCTGTTTTGGATCA
TTTCTTTGTGCATGAGTATATCATGATGTGAGAAATTGTTATATGCTCCTTGAATGTAAC
ATCTCATTTTTTTAAAATGAACTAGGTGAGAAGTACGAGCTTGCCAAAAGGTTGGGGATC
AAGCTTGCTAATCACCAGTGGTTAGAAGATTGGTATTGCACATCAGCTTTTCTTTGTAAT
CTTAACTATAAAGCTCACATGTTAAATATCCTTATATTATTATTATTTCCCTTTGCAGTT
TAAAGTCATGGGAAATTCTTCCAGTAGATGATTATAACAAGAGGCAAGTAAAAGTACAGC
TGCATACTTCTTTTGAGTTCTCTTTTCAACTTTGATTGTATCCATGTTCTGATTTAATCT
TCTCACTATAATACTCGTTAGGGAAATTAATTCTGTCTATTTATTTATTCAGTAGTTGGG
AACTAGAGATAATGGAGGCGCAAGCCAAGGATTCAGAAGATGAAGTAGATGCTCGAACGC
CATTCAACAGCAGATCTGGAGTTAAGCACACTCCCAACCCAAAAAACAGCATAGGAACTT
CTCACAATTCTGTGGTCGATGTACCGACCAGGCCAGCACCAATTATTCCCAGTGATAATC
AAAATATGGCTGTGGATAGACATCTGAACACCCCAGATCATATCAGAAAGGAAGAAAATG
TAGTCAACAAGACACATCATATCACAGCTCAAGGCACTCCTATCATTAGTAGGTTGGCAA
GTTCTGCTAACACTGATAGTGGTGCTCCCGTTCAAACTCCTTCTGTTATCAGTGGCAATA
GAGAGGAAGTTGCAGTAAGAGATTTGGACAATCCAAATCAGGCCCAGCCAGCAGAATACA
AATATGTTGGTACAGACATTGCAACTGGCGCATTGGGCACCCCAAGCTCAAGCAGGATGA
AAGTTTCTGCTAACGATCATTCCCATTCCCCAGATGAGATCCTCACAGTACCAAAGAACA
TGGCAACTCCTATAGCAATGAATGCAGGTGCTAACAGTGCTAGCATGGAGGTTGATGGAT
CAGTTGTTAACAATGTCAATGCAGAGGTTTCTGAATCAGGGATTGAAAAAACGATTCCTT
ACCAGTATGCTGCTGTGATCTCTAAAAATGGTTCCAGTAGTGCAAGTACAACAAAAAAAC
AAACAACATCACCGCAGAAGGTTCCACTTAGCAGAGTGGCGAGTGCCCTTGCTAAGAAGC
AACATAGTGTTCCCACTAAGGTAAATGATGCACATGTAGGATCCAATTTGGAGTCGACTA
AGGTGACATCTGAGGAAACTATTGAGATCCATTCCTCAGACGAGACCCTGATGCTGCAAA
AGAACATAACAACGCCTAGCGCAAGGAATGCAGGTGCCAAGAGGCCCCGCAGTGCTAACG
CGGAGGTTGATGGATCAGTGGTTGGCAATGGTAAGGCAGTAGTTTCTGAACCAGAGACTG
ACAAAATGATTCCTCACCAACATGCTGGTGCAACCTCTGAAAAGGGTACCAGTAGTGCAA
GTGCAACAGAAAGAAAAGCAATGTCCCCAAAGAAGGTTCCAGTTGGTGGAGTGAGAAAAG
GTGTTCTTGCAAAGAGGCAACAGAGTGTTCACACTAAGGCAAATGATGCACATGTAGGAT
CTGATTTGGAGTTGAGTAAGCTGACTTCTCATGAAAATATCGAGATCCATTCCTCAAGTG
AGGCCCTCATGGTACCACAGAACATAGCAACTCCTAATTCAAGGAATGCAGGTGCCAAGA
GGCTCCGTGGTGCTAGCATGGGGGTTGATGTATCAGTGGTTGACAATGGTAAGGCAGTAG
TTTCTGAATCAGAGACTGGCAAAATGATTCCTCATCAGCATGCTGGTGCAACATCTGAAA
AGAACACCAGTAGTGCAAGTGCAACAGAAAGAAAAACAACACCTCCAAAGAAGGTTCCAG
TTGGTGGAGCGAGAAGTGTCCTTGCGAAGAGACGGCAAAGTGTTCAAACCAGATTAAATG
ATGCACATCTAGGATCTGATTTGGAGTCGAGTAAGGTGATTTCTCACGAAAATATTGAGA
CAGAACCTAAGAGGTTTTGCAGCAGTGCAAATGATGATGAACATGGAAGAAAGTCACCCA
ACAAGTTGCTTAGTACGAGAGTGAAAAATACAGTTGTTAAGAAGTCTCGAAATTCTGACA
CCAGCACGACCGTTGAACCACAAGTTGATAAAGCTGAAACAGTCCCTGCAGAGTCACTGT
TTGAACCACAAGTTGATAAAGCTGAAACAGTCCCTGCAGAGTCACTGTTTGATGACTTGT
TTCCTTCAGAAAATGTTAAAGATGACCCTAAAAAGCTTTCAAGCAGTGCAAGTGTGGATG
GTTGTGGCACAGTTTCCCCTGAGAAAATATTGAGAACTAGAGTTAGGAAAGTGGTTGCCA
AGAGGAAAATAAAAAATATGGAAGACAAGTCAGGCAGCAAGCATGGCAAAATTGGTAGTA
GCATTGCATCTGCAGCTAAAGCACTCTCATCAGAGAGAATAGACAGTGCATGCAATATCG
AGAAAGCAACTGCTGACCAAGACTCCCTGAAGGGCAATAATGATGGTGTGAGAGACGTAT
CTGTATTGTCTTTTAAAGATACTGCCGCTGTAGACAAGTCAGAAGGAATGCACAATTCCA
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AAGACCATGGTGATCTCAGTTCTAGAACCAGTTGCGGAAATGGTGGTTTGAATTCCAAAT
TTGCTTTGAAATCAAAGAAGAATAAAACAGATATGCTTGACAAGCATGGAGGGATAGACA
AGTCAGAAGGAATGCACACTTCTAAGTTGAGATGCAGTAAAAGAAATCAAGCTCCTGCTT
CTGACCATGACAACGATAACCGACAAGACCATGGCAGCAAAGATACTGTCACTGTAGACA
AGTCAGAAGGAACTCGCAATTCTAAGTTGAGATCTAGTGCAAGAAATAAAACTCCTGTTT
CAGAGCATGACAATGAGAACCAGCAAGACCATGGTGGCAAAGATACTGTCACCGTAGACA
AGTCAGAAGGAATGCACAATTCTAAGTTGAGGAGTAGGGGAAGAAATAAAGCTCCTGCTT
CAGACCATGACACTGAGAACCGACAAGACCATGGTAGCAAAGATACCGTCACCATAGACA
AGTCAGAAGGAACGCACAATTCTAAGCTGAGATCTAGGGCAACAAATAAAACTCCTTCGG
ACCATGACAATGAGAACCGACAAAACCATGATCTGAATTCCAAATTTGCCTTCGAATCCA
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ATGTTGTTGACAAGCATGGAGGGATAGAAGGAAATGGTGCTGGAACCTTGATCACATTGG
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TTAGACGCCTGAAGGGACGAGTTTGCAGGGATTCACATCATTGGTCATATCAAGCAACAC
ATTTTATTGCCCCGACCCCCCTCAGGAGAACTGAGAAGTTTTTTGCGGCAGCTGCTGCAG
GCAGGTAACACTGTGATCTAGATCCTTACGAACTTAAATTTTGCAGTACAGTCAATAGTT
TCTTATTGACTTATTTTATAGTCCTTCATCAATGAGACCAGAAAGAAAATAATATACTGC
TTAATAGGACAAATTGACATGTTTGCGACATGTGTATGTGACTTCCCTTTTGTCTTGCCT
ACCTACTATCTTGCTAAAGCCTGTCATGTCACAAATCTGAATGTTAGCTTTGTTTCTCCT
GAAATAGGTGGATCCTCAAGAGTGATTACTTGACCTCTTGCAATGAGGCTGGCAAGTTAT
TGGCTGAAGAGCCATTTGAATGGTCTGGTACGGGCCTCAATGAGGGTGAGACGATTAGCT
TTGAAGCTCCCAGGAAATGGCGTGTTCTAAGGCAGCAGATGGGTCATGGTGCCTTCTATG
GAATGCAGATAGTCATCTACGGACAGCTCATTGCTCCATCACTGGTGAGTCTTTCTTGTC
AATCGACTTACCTGACAAAATGATCAGTGCTAAAGTATTTCTGACGAAGCAATGCATGCA
TTGTGAGCTTATCTAGCCCCTGCATATTTGGAGGTTCCATAGTTATTGATCCTCCAGTTC
ATCTTAAGAACTTCTCTGTTCATCCCTACCAGGATACGGTGAAGCGTGCGGTGCGTGCAG
GCGACGGCAACATCCTAGCAACTTCCCCGCCATACACTCGGTTCCTGAACTCCGGCGTCG
ATTTCGCCGTGATCTCAGCAGGCATGCCCAGCGCGGACGCATGGGTCCAAGAGTTCATCC
GTCACGACATCCCGTGCGTCAGCGCCGACTATCTGGTCGAGTACGTCTGCAAGCCTGGCT
ACCCCCTGGACACGCATGTCCTCTTCAAGACGAGCCGTCTGGCCACCAAGTCCCTGGACA
AGCTGCTGAAGAGTCAGCAGGAGGTGGCCATGGATAACCTGGAAGCATCCGAGGACGATG
GTGACGATGACCTGAGCTGTGCAGCCTGCGGGAGCACAGACCGGGCGGAGGTGATGCTGA
TCTGTGGCAGCGAGGATGGCACGGTCGGCTGCGGGGTCGGCATGCACATCGACTGCTGCG
ACCCGCCCCTGGACCACGTCCCTGACGATGACTGGCTGTGCCCCAAGTGCGAGGCGCCCA
AGGCCAAGAAAAAACCCCCTAGGGGCGCGGCGAGCAAGTCGAGAGGATCATCCAAGCAGC
GGAGGTGATTCTGGTTCTCTCGTCTTCTGTACTAGACTCCCTGTTTTATCGAACACAGAC
AGAAGAAATAGTAGTGTATAACAGCGCCAGTGTAATATAAAGCTGTGATGTCGACAGAAA
TGCCGCCTCAGCATTTCTCTTGTAATAGTTGTTCCTTTTCCATCCACGGCTGTTTTCACT
TGGTTTCATCAGTGTGCATTGATAGTGATTATAATTTGCTGTAAAGCCATCCGAATCCAG
TAGTGTTTTTCTGCAACTTCCATTTCATTTTTTTTGAGTCACTGAATGACAGTTCAAGTT
TCGTTGTAAAAAAGAGGTCTATTTGTCAATTTTTCATCTTGGAAGACCAATAACCTCTTT
TCGGTGCTTTGATCATAAAGAGTGGGTAACATGCTAGCAGCGATTCGTGATTTGTTTTAT
CCTCTGGTTGTGAAGATGGTCGATCTGTGATTTGTTCGATCCGGTTTGGCTAGGGGAGTA
AGGCCTCTGGTTGCTAGGTGAGTAGGTGTTTGATAAAATGCATGAAACAAGTACTTCATA
TTTTTTGATAAGAAGCGTTTTATATTACTTAAAAGATTTTAGCATTACACCCGGTCTCTA
CATAACTAGAATGCACATAGTCAAACAAAGTCAATAACAACAACAAAGCCTTTAGTCCTA
AACAAGTTAGGGTAGAATAGAGGTGAAATTCATAAGATTTCGCCACCAACTCATGGTTGT
GGGACATGGATAGCAAGCTTCTACGCATCCTTGTCCATGGCTAGTTCTTTGATGATGCTT
CAATCATTCATATATCTTTTTATGGATTCTTTCCATGTCAAGTTCGGTCTACCGGTCTCT
TTTGACATTATCCGCATGCTTTAGCCGTCCGCTATGCACTGGGGCTTCTGGAGGCCTGCG
CTGAATATGCCCAAACCATCTCAGATGATGTTGGACAAGCTTCCCTTCAATTGGCGCTAC
CCCAACTCTATCTCGTATATCATCATTCCGAATTCGGTCCTTCCTTGTGTGGTCACACAT
CCATTTCAACATGCGCATCTTCGCCACATCTAACTGCTGCACATGTCGTCTTTTAGTCGG
CCAACACTGAGCGTGCCATACAACATTGTGGGTCGACCCCCGTCCTATAGAACTTGCCTT
TTAGCTTTTATGGCACCCTCCTGTCACAAAGAATGCCAGAAGATTGGTGCCACTTCAGCC
ATCCGGTTTTAATTCGATGGTTCACATCTTCATCGATATCCCTATCCTTCTGCAACATTG
ACCCCAAATATCCGAAGGTATCTTTCTGAGGCACCACCTGACCATCAAGGCTTACCTCCT
CCTCCTCGTGCATTGTAGTACTGAAAGCGCACCTCATGTACTCGGTTTAGTCGTCATAGT
CAAACAAATTCCTCTTACAAAAATTGAAAAATAATAAAAGAGGCGAAATACAAACAAACA
TTGAGAGTTTGAATAACGCCTAAATCGGAGGGGGGCCAATCCTAAGATCATGTTGTCATC
CATGTTGGGTAAAAGTATCCCTCGACGTATCCTTCAATCGTGTACATACCTTCGTAAACA
AGTCTTGATCCTTCATACTTTGTAAAAAGGATCATAAACGAAGATTCCCGGTACATCTGT
AGATAACCTGCACAAGAGAAGTATTTTTATTGTTGAAAACCTTGTCATTTTTACATAGCC
AAATCGGCCAAATAACGGCAAGCGCTCCCACACTGAGAAGAGTTCTAAGCGTGTGATCAA
TCCCATGTAACCAATTACCAAATATATTAGTAACACTACAAGGAGGATACATGCGAGAAA
CTATTTGGATGACTGACCTTATAGAACGAGTCAATCTGCATTGGAAGAACAAATTTAATA
TTGTCTCGTCATGCTGACAAAAGACACATTGTGTACATCCATGCCAATTCCTCTTAATAA
GGTTATCTTTAGTAAGAATGACTCCGCGACGAAGATACCATGCAAATATTTTATTCTTAA
GAAGTATCTTCATCTTCCAGATCTTGAGTGGCACATCAGACTGGAGTAAGGCTCTATACA
TAGACTCCAGTGGGAATTGTCCATTCCCATGTAGGTTCCGGCGAAATACATCGGACCCAT
GTGACAAATGTACCATGGAAAACCATTGAAGCAGGGTTTTCCATGATTGGAGTCTGGGAA
CAATTAAATTCCTCCTGAACGTCATATTTGGCGGAAATAAAACCATGACAATGGTATCAC
CTTTGTGATGCACAATCTTGTATAGAGCTGGAAATTGTTCCCGGAGTGTAGCATTGTCTA
GCCATTTATCCCCCTAGAATCTAATTTGTGAGCCGTCCTTAATCAAGAATGATACATAGT
AGAATAAATACTTCTTCATAGCCATTAGACCCGCCCAAAAGTAAGAATCACCAGGATTTC
AATATACTTGGGATAATGCCTTGGAATCCACATATTTTCTTCTTAGGAGGGCTTGCGATA
CCCTAGCTTTCGTTAGTAACCTAAACAACCATTTGCCAAGTAGGGTCCTATTCTTAACCT
CAAGGTCATGAATGTCCAACCAGCCTGGTCTTTGGGACGACAAACCACACTCCATTTAGC
CAATCAATATTTGTTTCTCTAGCTATCTCCTTACCAAAAGATTCTTGATCGGAAGTAATC
CAATCTATGTAACACTCCTTTCGGCAACTGGAAGAAGGAAATCATATATAGTACCATATT
ACTTAGTACTGAATTTATGAGGACCAATCTTCCATCCAGAGATAGTAGTTTACCTTTTCA
ACTGCTTAGTATTTTTTGTATTTTCTCATCGACGTGTTTCCATTTAACATTTGTGAGTCT
CCGATAATGTATCGGTATCCCCAACTATTTTATATAGAGAATTAAGTTTTAGGGGGTATG
CTAGATGAAGAAACTTTAATCACTACAGTTCACTCCTACATGAATAAAACAATGGCACCG
TGGTATTTTTTACACGGTAGACCAACCTAGTGTCTTTATTTTTATTTAATGTTCACACCT
GCTATGCAAAGTCAGCCAATCTGACTCCCACGAGTAGGGATTGCAATGGGGCGGGTTTGG
ATAGGTATAGCTGATCCAAATCATATCGAGGAGCCCGTCCGTCCGTTAGCACCCATAAAA
GTGTCCATGAATAAGTCTGATGCTCCACATATCCACACCCGTTGGATATTCATATACCCA
TGTGTATACATATCCATGTAGTGATAAAACATGACATCCATATTGATACGTACTTCCTCT
ATTCCTTAATATAAGTCTTTCTAGAGATTTCACTAGGGACTACATACAAATTGAAATGAG
TGAATTTACACTCTAAAGGTGGACGAGAAGACTGGCCTTGCATGGTCTTCTCGTCCACCA
GTTGGAAGTTAAGACGACTTTCCTGAACGGAGAGCTAGACAAGGAAATATACATGCAACA
ACCAGATGGCTTTGTAATAGATGGTCAGGAAGGAAAGGTGGGTAAGTTGTTGAAATATTT
ACATGGCCTGAGACAAGAACCTAAACAATATCATGAGAAGTTTAATGCAACCTTGACATC
TGTTGGGTTCGTTGTTAATGAAGCTGACAAATGTGCATACTATCGCCATGGTGAGGACGA
AGAAGTTATATTGTGCTTGTATGTTGATGACATGCTGATATTTGAAACCAACCTCAAAGT
GATTGAGGAAGTTAAGTCATTTTTATCTTAGAACTTTCAGATGAAGGACCTTGGGGGTGA
CTGATGTTATCTTGAACATCAAGCTATTGAGAGATGATGAGGGTGGAAATACACTTCTGC
AATCCTACTATGTTGAGAAAATTTTGAGTCATTTTGGCTATTTGGACTGCATTTTTTTCT
CAAACACCATATGATCCTAGTTTGCTCGTTCGAAGGTTGAAAGACACAACTAAAGATGAA
TTGAGATACTCTCAAATTATTGGTTCACTAATGTATCTAGTGAGCGTAACAAGGCATGAC
ATCGCGTTTGCCATGAGCAAACTGAGCCAGTTTGTGGCTAATCCGGGTGATGTACATTGG
CATGTTGTTGAAAGAGTTATGCGCTAAGGTACCATGAACTATGGACTTCACTATATCGGA
TACCCGACGATACTTGAAGCGTATAGTGATGCAAATTGGATCTCTGATGTTGATGAGATG
AAGGCCACTACTGGGTATATGTTTAC