Map Locations of contig_138196 (6543 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map locationNo map location




Predicted Genes from contig_138196

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_6852 2 1859 bp AK252801.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_6852






Contig Sequence (6543 bp)

>contig_138196 6543 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCAATCTCTGATTAAAGGTGGTGAAAGCAGAAGTACCTTTGTGCCTCCTACATCACTTGA
ACAAGCTGATGAACTAATAAATGAGGAGCTCCTTAGGCTCCTTGAGCATGATAATGCTAA
GTATCCACTTGATGAACCAACTCAAAAAGAGAAAAAGAAAGGGAGCAAGCGTCAGGCAAA
CGGAGCTTCTTTCGTCCCTGAAATCGAAGGTTTCGATGAGCATGAACTAAAAGAGGTATG
CTTCTTTTCCGCCCTTCTTTTATTATTCGTACTCCCTCCGTTCCTAGATATAAGGCTTTT
TAGAGATTTCAATAAGGGACTACATACACAGCAAACTGAGTGAATCTACACTCTAAAATA
TGTCTATATACATCTGTCTGGTATTGAAATCTCTAAAAAAGACTTATATTTAGAAACGGA
GGAAGTGTTTGACGTTGAGCTGTATCCATTTTACTGATAACGTATATTCCGTATCTCGTA
TAGTATCAGGTACATTAATATTTACTTGCTGTTGGTTCATAACCATATGTACCTTGTGAG
TATAACACAGTAATACGGTATATAGCACCCATATGAGAGCAGCAGGTCTAAACTATTCCT
GTACTAACCTTGTGATGTTACTTCTTATTGCCAATGTTTGCTATAGTTTATCCATTGGCA
TTGAATACCATCCTGGAGGGTGGAGATTGCAAGGGAGGGAAAAACATATTTTTATAGTGC
CCCTCTGAGGTGTAAAGGGTGTTATCGTCTACAAGTTATGTGTTAGTTAGAATTGTTATG
TTATGCCCATGGGCACATGGCCTCACACACTGCAGAGTGTGTAGTATTGTGCAGTATTTC
TAACCAATAGTATTGACAAAGTTTGAGATGTGTATTCTTTCTGCATATGAACTCAGATAC
ACATATATTGAATTACTGAAACACTTTCTCAATGTAGTAATCCCATATAGCCATCTGATC
CTTTTCGTTTAACTGTATACAGAGTTCATTTCTTGCCAAATCCTTATTTACACGTTTATG
TTTTTTATTACTGTTATTTGTGTCAATCCTATTTGCCTCATATAGTTTAATGTAATCATG
GAGAAGTTTTTTAAACCGCTTAATTTCTTTGTCGACAGGCAAGTTCTATGGTTGAGGAAG
AGATTCAATATCTTCGTGTGGCCATGGGCCATGAAAATGGAGCTTTTGAGGATTTTGTGA
AGTCACATGATGCATGCCAAGAGGACCTTATGTATTTCCCTACTAACAACAGCTATGGTC
TTGCTAGTGTTGCTGGAAATGCTGATAAAATTTCTGCCTTGCAACATGAGTTTGAAATGG
TGAAGAAGAGAATGGATGACGAAGCAAAGAAAGCTTCTCGGCTTGAGCAGAAGATCAAAC
TGCTGACACAAGGTTACCAGGTTAGTTGTGAATGATGCGTCATCTTCTTTCTGGCATGCC
TATATCAATTTTTAACTTCCCTTCAGGCAATCATTTTATACAGTCTGGCTATGCTAAATG
CTTCTCTTTAGTTAGTTTAAGGACGCCTCTCTAACATTTGCCTCATTGATGTTCGCTGTC
ATTTAAAAATGCATTATGTGCAAGCCAATCCACAGTTTGAAAGATTATCCTGTTGCCCGA
AACAGAACTTGCGTAATTTGCAAAGAGATACACCACTGTAGTGATCGCTTCTGTTTTTGC
TTTTCATTCGATATACTGAATTAGTTCTTCTGAAACAGTACCGTGTGATGATGATTTCAT
ATTGTTTCTTGCTTTTCCATGTTGATTTGCAATGCTGATGGTTTGCTTCCCTTGCTATTT
GATATGTTAGGCGCGGGCTGCAAAATTGGGCTCACAGATCCAGGACACCTTCAAGCAGAT
GAATACTGCAGCAACAGAACATGAATGCTTCCAAGAGTTGCAGAAACAAGAACAGATGGC
TAGTGCTTACCGTGTGAGAAATTTGGCTGAAGAAGTGAATAAACAGAAGGCATTAGAACG
GACTCTCCAAAGCCGCTATGGTGATCTGTTGTCTGGTTACCAGAGCATCCAAGAACAACT
TGAGGAGCACAAGAGGCTACTTAACCTACAGAAGGAGGCAATAGAGGCAGAAAACCGTGC
CAAGGAGGAGGAAGCTGCAGCTCAACGTGCTAAGGAGGAGGAAGCTGCAGCTCAACATGC
TAAGGAGGAGGAAGCTGCAGCTCAGGATCGTGCCAAGGAGGAATCTGCAGCTCAAGATCG
TGCCAAGGAGGAGGAAGCTGCAGCTCAAGATCGTGCCAGGGAGGAGGAATCTGCAGCTCA
AGATCGTGCCAGGGAGGAGGAAGCTGCAGCTCAAAATCGTGCCAAGGAGGTGGAAGCTGC
AGCTCAGAACAATGCTGCTGAGGAAGAAAATGAGAGGAAGAGTCATGGCATTGAAGATGA
ATCAGGACAGACGACTCGAGTTACTGATGAAGAAGCTGCAGGAAGCAAAGAAATCAATGG
GGATCAGATGGATGTGGACAACGCAGATGTAGATGGAGAACTTGTAGGTCCTATTCCTCC
GTTGCCGTATGCTCAAGTGGATAGCGATGGAGCTTCAGTTGAACAGAGTACCTCCAACGC
TCAGCACGGTGACAGCGTTACCAACGTGGAAGCTATTGACAAGGTTGATTCATCCAAATT
GGATGGTCAGGACAATACCGATGCTAGCATGGATGTTGATGCTCCTAGCCAGGAAGAGGG
AAAAAATGTTCTTCCTGCTCCTGATGTTATTACCAGTGTAGATGCAGGGAACACACCCCT
ATCTTCAGATCAGTCTGTCTCGAATGAAGAGAGTGCCGTGGTCCCTGAATGAAAACATCT
TCTGCCGACCTCATCTGCGTGGATGTGACAAGCACGATGATGAGAAAGGTGACTACAAAC
AGCGACGCAGTTGCAAAGTGTGAAGTGTGTACGTGTAGGTAAAATTGTTGATGGAAGACC
CAAGGTGGCCCCAAGAGAAGCAAATTGGATGTTCAAAGTTGTAGACTAACACTTTCACCT
GTGTGCCAATCTTCAGTTTATGTTGGCCTGAACGTTTTTGGATGGTAGAAACCTGACATT
TGCAATTTTTTTCCTAAGGAAAGTATGAACTTGAGGAAAAAAGAGAGGAGAATGCAGGTA
TTGTCTATTTGTGCTAGCTACATGCGGCTCGAAGTTTTTTTTTATTGGGTTCTGTTGAAA
TCTCCAAAACTCTTGCTTATTTAAAGCATTGTGCAAGCCGTAGCTGGAGTTGGAAAAGCT
GGAGTTGGAAAGTTCTCTAACCGTTATACAGGAAAGTTCTCTAACCGTTATACAGGAAAA
TCATTAGCGTTACTTCTTTTTAGCAGTATCAGTAAGTTATTAAGGGTGTGTTTGGTTTAA
GTCATCAACCAGAATATCACGGATCGGATCCGTTTTCTAGACCCCGTTTTCTTCGTTTGG
GCTGGAATGATAATCGACTGGTTCCTAGAGACCAAATATTCCTACGAGAAGATGCGGAAC
ACATTCATACCTTCAAATCAAGCGGACCACATGGAACCGGTCGTTCTCCTTGCACCCCCC
ACAACTCTCTTCCTCTCTCGACGCGAGCGACGATAGGTAGGTTGTGGCAACAGGCGGCCT
TGGGCGTAGTACGCGCAGCTGTACGGCCTTGTGCAGCGCTCGCCGGGAATTGGGGCTAAG
AAGGGCTCTGTTGAGATCAACCATTTGACTGAAATCAGTTGTATTTGGTTGACTGGACTC
AAATTCAGTGTGTGCACTGCTCTTGTTTAATTCATCGTAATCCCCGGTCATATGTGTGTG
CTAATGAATTCAGTGGTTTTGATTGACTGAAACCCAGTTTAAAATTCAATATATTTTACA
TAGTCACAAGCAGACAAGTCCATTATATCCCATCTTCCCCTTTCCTTTTCTCTCTTTTCT
GTGTTTTTTTTTGAGACAACTCTCTTTAACTTCAGGCGACCTAACGGTTCAGAGACAAGC
AAACTATCCAATAGACCTACTCAACTGATTGTGCAAAATAAGTTCCTTTCATCCTCTTTT
AGTTCGCGATTTTTTAAACGGTTTTGTTGGTTTTTTTCCTTTCATTTTCTTTTTGCTAAA
TATTTGAGCTTTTTCTTCAAACTTGTGATTTTTTTCAAAAATCGATGATTTTTTCAGGAT
CAACGAATTTTTTTTGAAAATCGATGAAGTTGTTTCAAATTCGGTGAACTTTTTCCAAAT
TTGGTGGGTATTTTTTTTCAAATTCGATGTTTTAAAAAAAAATAGATGATTTGTTTTCTT
CAAATCGATGAACTGTTTACTTTCCGATGAACTTTTTCGTAAGTTGACGATCTTTTTTGC
AAATTTGATGAAAAAAATCCAACAATTCTGAAGTTTTATTTTCAAAATTCGTGGTCTATA
TTTTTTGTGAATTTCTTTTGAGATAATTAATATGGATATGTAATTTTTTGCGTGTAGTAC
TAAAAGAACGGCTTAAATAGGATTTTTTTCACTTAGTGCACGAGTACCATAGCTCGGTTT
GGTGGTTTTGGCCACAAGTTGTTGATGGTGACATCTTGAGTTCGAATCCCACTATTTCTG
TATATGTAGAATGATTATCATTTTTTTCTCTTCTTTTGAAGAATGTTTCTCGGTCGCCGA
AATAGCCAACTGACGCTTACAACGCCGTATAGGAGCTCCTGATATTTCATTCCACTTCGT
TGCCGAACCAAACACAAACTGGCCTCAAAAACTCTTGGGGTCTGTTAAAATCTCGAGAAC
TCTTGCTTATAAATATTTAAAGCATTGTGCAAGCCGTAGCTGGAGTTGGAAAGTTCTCTA
ACCGTCATACAGGAAAATCATTAGCGTTACTTCTTTTTAACGGTATCAGTAATTTACTAA
GGGTGTGTTTGGTTTAAGTCATCAACCAGAATATCACGGGTCCGATCTGTTTCTAGACCC
GTTTTAGCGCTTGGTTTGGGCTGGAATGATAATCGATTGGTTCCCAGAGACCAAATATTC
CTCCCAAATGCGGAACACGTTCATACCTTCAAATCAAACGGACTACATGGAACCGCAACC
CCACAACTCCCTCTCTGGACGCGAGCGACGATAGGTAGGTAGCAACAGGCGGCGTTGGAC
GGTTGAGAGCGACAATGGGCATCGAGAGATGGCGGATGGACGGTTGAGAGCGACGATGTG
CATCGAGAGACGGCGGATGGATGCGAGCGACGGCGGGCGGCGACAGATGCATGGGAGCGA
TGGCGGGCAGTGACGGATGGATGCGATTGACGACATAGATCCATGTCAAAGTGTACGCGC
AGCTGCTGCACAACCTCGTGCATCACGAGACGGCCGCCATGGATGGCGATGGGTGGCGAC
GTCAATCTATAGTACGCGCAGCTGTGCGGCCTTGTGCAGCGCTCGCCGGGGATTGGGTCT
AAGGGCTCTGTTGAGATCAGCCATTTGACTGAAATCAGTTGTATTTGGTTGACTGAACTC
AAATTCAGTGTACATTGCTCTCGTTTAATTCATCATAATCCTCGACCATATATGTGTGCT
AATGAATTCAGTGGTTTTTGGTTGGCTGAAACCCAGTTCAAAATTCAATATATTCTACAT
AATCACAACAGACAAGTGGACAGACGAACAAATCCACTACACCCCATCTGTGAAACCAAA
CACTAAACATATACCAAACACAAGGACGAAACCGACCTATTCTTGTACATTTTAGGCATT
TCCTATTTAACCTTTAAGCGTCCGCTTGCAAACTGGCGCCCGAAGGGCAGGGCTAGTTGG
GCTCGGCCCATCTTCCCCTTTCTTTTTCTCTCTTTTGTGTTGAAAACTTCACTTCTAAAA
TTGATGACCTTTTTTCAAACTTGGTAAACTTTTTCAATATTCGGTGTTTTTTTCAAATTC
GATGATTTTTTTAATTAATGATTTGTTTTCTTCAAATCGATGAACTGTTTACTTTCCGAT
GAACTTTTTCGTAAGTTGACGATCTTTTTTTCAAATTTGAAGAATTTTTTAAACAATTCT
GAAGTTCTTTTCAAAATTTGTGGTCTATATTTTTTGTGAATTTCTTTTGAGATAATTAAT
ATTGGATATCTAATATTTTTTTCTGTAGTACTAAAAGAACAGCTTAAATAATTCTTTTTT
CACTTAGTGCACAAGTATTACAGCTGGGTGTGGTGACATCTTGAGTTCAAATCCCACTTT
TCGTGTATATGTAGAATGATTATCTATTTCCCCCTTCTTTTGAAGAACGTTTCTCAGTCG
ACCCGTGACGACCCCCCTGCAAGCGCCGGAAGAGCCAACTAATGCTTACAATGCCGTATA
GGAGCTCCCGACATTTCATTTCACTTCTTGCCGAACCAAACACACTCTAAGAGCATCTAC
AACTGGACCCATCAAACCCCCCTTAAACCTTCACACAGGCTGATCGGTCATAAAAAATTG
TCCCAACCACACCTTTCAAACGGGCGTCAAACGCCGGGGCTGACCGGCACCCCTCATATC
CAGCTCAAATATGGGGCGGATATGGGGGAGCCCGGGCGCGCCCGCCTAGCCCGCGCTGGC
CCG