Map Locations of contig_135860 (9414 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_135860

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_5085 4 7249 bp MLOC_5085.4 Available Available LOC_Os01g48680.2, FRAME:+1, EVALUE:2e-150, 13101.m05051 protein two pore calcium channel protein 1, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_5085






Contig Sequence (9414 bp)

>contig_135860 9414 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CACTAGCCAACGCAACCAAAAGTCCGAACTGATGGAAAGGGCTAGTGCAATCCACATATA
CTGTAACACGATCCTCCTAGAAGAGGGTGGATGTTTTGTCTCCAACTACCATATTGGTGG
AAGTGGCAAACACCTCCCTCTCGTCCCGGGAGAATTGGAGGCCCAAACCCCTCAAGGATA
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CACACCCAAGGTCCTAAGTGCCCAAGCCCCCCAAGCGGAGGGGCCTACATCGCGGAACAC
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GAACGATACAATGCTCCCCCATACCCAGGATGCAAAAGATGACGACTTCGTCTGCATAAA
ACGAGACAGTAGTTATCAGGTCGTGTGGCACGAAGTCAAGGAGCAACCCGAACTCTCTAG
CCCTAGCAAGCAACATGTTGAGAGCATCGGTCACCAACACAAACAACATAGCGGAGAGTG
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ACACATGGATGATATCCAGCTTTAGCATGGCTCATGGCTCCCCCAGCCAATGCAAATGAA
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TTCCATGATGAATGGGTATCCCAAGATAACTAAATGGAAGAGAACCAGTCGCGAATCAAA
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TTGAGACCCGAAAGTTGCTCGAAAAGACAACTAATTAACTGCATATTCAGAAATTTGACT
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ACCCAGGGGCGAATCCAGCCCAGCGGGCCGCCCCGGCCCCCTTTGTATACTGCAGCAATT
GCTACAGTATTGTGGACTTCAAAAAGTCTTGCATGAAGTTCGTGAATAGTTTAGTGTAGG
ACAACCGCTCCGTCCAGAATGAGATGTCTTGCATGAAGGCTGTTTGTGCTGGTCAAACAA
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TTACTAGCTCCTATGTCAGCTATGGCTATCATATAACTTATTCACTTTTGTAGGTCCTTA
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TTCAAGGTATGTATTCTTCTTATGTTCGTTTGGCATGTTTTGCTTTTGTGAACTCAGCAA
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AGAGTTTTTCTTAAGATTTACAAATGCCTGAATCTTGTCAATAGTTGCTAGGAACTGGGT
GTAGCTTTGTTGGTGGGAGGCGGGGGTGTACTCCCTCACCGCCCATGTCTGAGTCCTCTT
CAACTCAGATTTTGGTGCCTATTTGTTCTAATTTATTTATCTTGTCCAGGTTACCTCCGA
AGAATTTGCTGACCTATGCAATACCATTGCAATAAAATTTCAGAAAGAACCGCCGGTATA
TTGTTCTTACTTCAACATTCATGATCCCATACATTTTCTGCGTTACAAAAATGATACAGT
CACTGATGTATACCTTTGGCTGGTAATTTTAATCTAGAGTAGAAGTTCTAGAACTGCAAT
TTAAGAATACCAATTAGACTTTAAGGATAATCTAGCTGTTGTGTAAATATATCAACGTCG
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TTCATCCAGGATTCTATAGAATCAAGATTCTGGAAAATTCTCCTAGAATCTGCTTCTCCC
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GTTTCTAACAGTGCTAAATATTACATTTAAAGTGAATTTGAAGTTTTGTTCATTGGTGAA
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TGGCATTTCGGGTGTAATTAGTTGATAGGATAGGGGTACACTTCTAATTCGAAACATTTT
CTTTCGAGGGACTCTCCATAATCTCAAGATTTTTGGAGAAACCAGGTATTTGAACATTCT
GAGATTGCACTAGGATTCTAGAGAATCCGGTCGAGATTTTGGAAGCCTAGTCGAGTTCTT
TGGCTCAAGATTCTCGAGACTGAAATTCTCCATAATCTGGTGAAAAGAACTGGGCCTCAT
GGTTCTGGCACATGGATAGCTAGCTTCCATGCACCCCTGTCCATGGCTAGTTCTTTGGTG
ATAATCCAGTCCTTCAGATCCGTCTTTACAGACCTCTCTTGATTTGTTAACAACGGTATT
AATTAAAAATTGGCACGACATGAGCTTTGTTAATTATAGGACTTTGGGTATTTTGACCAA
TAAAAAATTAAAACTGTTGGGATTCCTATTTGTGAGGCAGAAAAATCAAAATAAAATTTG
AAGTAGCTATTTTTTCTTCATTTCTTATTGTTCACTCCCGTGTGCACTGTTTGCTAAGTA
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TGATATTTGCAGCTTGATATAGAAAACAGCTCCTCACAGGAAACGTGGCAGGAAGTAGAG
TTCTTTCTTGGTAAGGATTTTGTGGTGACCATTGTTTCAACGGTTCTATGTAAGCAGCAT
TATAATTTTATCTGATGAATTTATACCTAATATGACCTCCGCTGGGAAATATCATGTCCT
ACAAAGGACACTGTCAAACGTTTCTGACATTGACTATTAGTATATTGAAATTGGATAGTT
GAAAATAATACTATTAGATCTATCATGAAGAATATTACCGCAATATCATATTTTTATATT
TTTCTCTGACATATTTATATGAAAAGTAATGGTAGAAGTTGCACAATGGAGACCGTGCCT
ATGTCCAAAGTGTCATTTATTTCTGAATAAAAGGTGTACATTATCTGATTCCAACATACT
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CTAGCAGTTTCTTTTCCAGGTAGAATGCCATATTTAAGCATCTTTGTGTTGCTCCAAGTT
TAGGCTGTAATGGTGTTCTACATAATTCATATGGAAGCATGTTTAGTCACAAACTCACAA
TGGTGTAAGGTTCAAAAAGAGCAGAACTTGAGCAAGCCATTTTTTGCCCGATGGAATGTC
ATACTTAAGCATCTTTGTGTTGCTCCAAGTTTAGGCTGTAATGGTGTACTGCATGATTCA
TATCGAATCTTGGTTAGTCACACTAGTTGTAAGGTTCAAAAAGAGCAGAACTTGAGCAAG
TCACATATTGGAATATCAGAATTTGAACGTATCAATATCGTAATTGTATCATACATTGGA
GTGATGTGTTTTCGAAAGTAAATTAAGTTATGAAAGATGAACCCGTTATAGAGGCCACCT
CTTTTAGTAGAACTTTAGTGCATTAAAGCATAGAGCATATGCTAGCAGTGGCCTAAAAAG
TGTGCCAGTAAATATTAGCCTTAGTTTGTATTCTGCAGAATCACACTTCCCCGCCACATT
CGCTTGGTGCATATGTTGTACGGCAACACTTGGACTTCACATCACACTCCTTTCATCCTT
GTCCCCTTTCGTCTTTCCTGTTGGCACCTCACTAGCCAGTTAACATATTTTATTGATCGC
TTTTCATCTTCCTGGAAAATTTGTATTGAGATGTTAACTGAAGTAATATGTTGCAGGATG
GATTTATGTAGCTGAGATGGCACTAAAAATATTTTCATTAGGATTTGGTGCTTATTGGAT
GGAAGGCCAAAACAAATTTGATTTTGTGCTTACTTGGACTATATGTAAGTTTATCACACA
TTCTCTCATCAGATGAGCTTAAACCCACTTCTTCCGAGGAAATTTTATTCGGTTTCTTCT
GTCGATACCTTTTATCTTGTATTGTTAAGAAAAACATCTGCACTAAGAATATTTTGGTTC
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CCATGCAAGCACTGAAAATAAGTTAACAGCTACTCCCTCCGTAACATAATATAAACGTCT
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AATGGAAGCTAGTATATCTTACATTATATTCTTGTCAAAATGAAACTCTGTAGTAATCTA
ACATATGATTTCCTTGTAGTTATTGGAGAGACTCTAACGTTTGCCTTCCCGTCAAAGCTT
CCCTTTCTTTCAAATGGAGAATGGTATGTTTCACTGTTTTGGATGCATTACTTTCCAAAT
TTTAGTCAAGTCATCATGCGTATCGATAAACATTTCCAGTATCATGTATGCTCTTATTTA
ATTTCTGGAACCAAAATGAATGACCTCCATGTGCCTTATGAGGTCAAAACCCAGCCCTAA
ACCTCATGTTCTATGATAAAGGCCCTCAAGGCTAGAACCTGTTCAACTAAACTAAAGTAC
GCTTCTTGGTATGACGGCGATTTCGGAATATGTACTTTGATTCCACCGTAACAAGAAACT
GCAAGCAGAAATATAACCCCCTGAGATATATGTAAGTGATGTTGAGCTGTGCTTGTTGGA
ATTACCATTTCAACATTTAGTTACTTTGAAATGTTTCGAGCTATCCCATCTGAAAGAATA
TTACATTATCTTGTTTGCTCAATCCTTGCGATCTTGCGGTCAGATATGTAACTTTCATTT
GATGTTTGCCCACCAGGATTCGGTATCTTCTCCTTGGAAGGGTGTTGCGCTTAACAAGAA
TTTTGCTGCAAGTTCAACGTTTCAGAGCATTTGTCGCGACATTCTTTACCCTGATGTCTA
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ACAGCTTACCCATGTACTAATTACTACTGTTGTTTAAGTCAAACTTATCCTGATCTGAAC
TGAACACCTTCACTGTTGAAATATCACCAGCACTTTTGACATCTTATTATTTGTGAACTG
ATAGTTTAGTCTCTCTCATTTGCAGATTTTTGGGGGCATTGTGTATGCTGGAAACCCAAC
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GGATTCCACTAGGAATTTTACAGTTCCTTGTGGTCAATGATTCTAATACATCGTTGGTAA
CCTCTGTAAATGGCACTTACTGGCCGTCCTAGTTCGGATTGGTAATATAATGTCAGTCTG
GAAGAGATTTTTTCAAATTTTCATATAGATTGACATGAAACAACAATTTAATGCTCATAT
AAAACCAAAAAACCACAATAATATGAGGAAAGATATATGTTACAAATAAATATCAAGCCA
GAATAGAGAAGGCACTTGGCTGGTAACCGCCAAGTTACCGGCTAGCAGGCTACTTGCCTT
GCTATGGTAAATTTACGAGTTAGTTTTTTTAATCATTTTTCATGGCCCACGTACCTGCTA
TGCTAAACCTAAAGCATGCTTTTGAAATGTATCTGTTTCACATAATTCTTGCATTTTTGC
CCTTGACATATTCAGCTATCTTCTTTTTAACTTCAATGACTATCCAAGTGGTATGGTTAC
TCTGTTCAATTTGTTAGTGATGGGCAATTGGCAAGTATGGATGGAGGTAAGAATATTTCT
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TGGTAAAAATACTGAACATATTTTTGTATTTGCTAACCTGTGTTTCTTTATCTTTGTTTC
TAATACTTTCAGAGTTATTGGCAACTGACTGGAAGTTCTTGGAGCCTGATTTATTTTGTC
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CACTTTTTTGTTCATCCAGTAACATGCTTGGCATAAGTTTTTAACTTCGCACAATTTTTG
ATTTTGAATGACTGGCCTGTGCATGGCTAGAACTTTGTTGGGAAGTGGATATTTCCAAGA
ATTGTATTCCCTCCGGTCCAAAATAAGTGTCGCAGTTTTGAACTGGGTTTAGTTCAAAAC
TGCGACACTTTTTATGGATTGGAGGTAGTAGCTCATTATATGTTATTAGATGTTTAGTTA
CTGATTATAAATTTCGTATTTCTTTTATCTTCGTAGATTGTAGCATTTGTATTGGAGGCA
TTTTTTGCTGAGATGGAACTGGAGAAAGGTGAAGAGGTTGATATCCAGGTGAGAATGAGA
TGAATATTTAAGCTACTTTATATCCGGATTGAAACGGCTGATATTTTAGGACACTCTCCA
TCACCTGCAGAGTCCTACGTCTGGAGGAATAAAGAAACGTCGGTCTATGCGGTAATGTAG
ATCTTGTTATTTTCTATTATTATATATTAACATACGGTGGCAGGCTTTGCAGTCTTATCA
TTTATCTGTTGTAGTGTGAGGTCAAAGGGTACGATGGTTGATATTCTTCTGCACCATATG
CTGAGCAATGAACTTGATGGATCTCAAAACTCTTGATCAATGACTGGTATTATCCTGCTT
CTCACTCAGAACTTCCATATAATTGTGCTAAAATAATCGAATTCATGAACTTAGATGTTT
TTGGTGTATGATATTATAGATGTCAGACATTAGCTCATTTCTAGTGTTTGTTATCTGTTG
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GGAAGCAAGAAAATACACGAGCGCCTTCCTGATGAAAACGTACATGAATGATTACAACCA
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GGACTCGATTTGCTTCCTCTTTCATCATCAAGAAATACATCGAATATGCGTACTTGGAAT
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