Map Locations of contig_135344 (9071 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_135344

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_4638 1 797 bp MLOC_4638.1 Available Available LOC_Os01g66230.2, FRAME:-1, EVALUE:8e-34, 13101.m07171 protein csAtPR5, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_4638






Contig Sequence (9071 bp)

>contig_135344 9071 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGCTTCAAGTTCATACGATTTCATTCTCTCTCTTCTTTTATTATGCGCCATGTCATCAAA
ATCATCTATGTGGCAATATTACCAACGATGATCATACAACCATTGGAGATGCCCTGAGGA
GCCCGCGTCTATTCCAGGAGGAACCCGCACGGGTCGGCCACTGCGGGAGTGGACGTAGGA
ACGCCCCCCCGATTCTCGTGCAATGCCTGCATCGGATGCGCCTGGATCTTCTGCGCCGAG
CCCTGTGTCTTCACGTGCACCTTCGTCACCAGAACCTGCCACAACGGATCTGGCCAGCGC
GGCTGATGCGGCTGCACGAGAAAGATCTGCCTTGGGGTCCGTGGAAACGGTCTATGGATC
TTCTCTGGCGCACCAGCAACAAACTACACCACCTCGTACAAGACTTTGCGCATGGGTAAT
TCAGCCGATAAACTATAAAGTTAAGTTTGGTCTTGCTTGCACAACACGAGAGCCAAGCTC
ATTTCAAGAAGCATATGATGATCCCAAGTGGAAGAAAGCAATGGAATAAGAATTTCAAGC
TCTTCTAGAAAAATAATACTTGGCATCTAGTTCCATCACGTCAAGGTAAAAATTTAATTG
ATTACAAGTGGGTGTTCATAATCTAAAGAAAGTCACATGGAACCATAAATCGCTATAAAG
CTAGACTTGTGGCAAAGGGATTCAAGCAAAGGTATGGCATTGACTATGAGGATACTTTTA
GCCCTGTTGTCAAAGCTGCTACTATTCGTCTTGTTGTGTCCATTGTTGTATCTCGAGGAT
GAAGTCTGAAACAACTAGATGTGCAGAATGTGTTCCTTCATGGTGCTCTGGAAGAGGAAG
TATATATGAAACAACCTCCCGGTTTTCAAGATAAGCACAAATCCTATCATGTTTGCAGAC
TTGATAAATCTTTGTATGGATTAAACAAGCTCCAAGGGCATGGCATTCTCGTCTAAGCTC
AAAGCTACAAACACTTGGTTTTGCTCCCTCTAAGTTTGATACATCAATCTTTATCTACAA
TAAGTCAAACACCTCTATCTTTGTGCTTATTTATGTGGATGATATTATAGTCACAAGTTC
CTCGGATAATGTAATCACTGTTGTGCTCAAAGATCTCAAGTCAGAATTTGCCCTTATAGA
TTTAGGAGACTTGCATTATTTTCTTGGTATTGAGGTTAAGAAAAATAAGGAGGGAGGTAT
TCATATTTCCCAAGAAAAATATGCCACTGATCTTTTGCACAGAGTTGGATTGCAAGGGTG
TAAGCCATCACCAACTCCGTTGTCTAGTACAGAAAAAATGTCTCTTACAACAAAGACACC
CTTGAGTCACGAAGATGGCACCAAATATAGGAGTTTGGTAGGTGCGCTATAGTACTTGAC
ACTTACTAGACCTGATCTTTCTTTTGCGGTGAATAAGGTTTGTGAGTTTCTTCATGCACC
AACCTCGGATCACTGGACTGCTGCAAAACGCATATTGAGATATGTGAAAAATACCTTGAG
TGTTGCTCTTCAGTTGAACAAATCTGCATCCACACTTGTGAGTGCTTTTTTTGATTCTAA
CTGGGAGGTTGTTTGGATGATAGAAGGTCAACAGGTGGTTTTGCAGTATTTTATGGTCCT
GGTCTGATATCCTCGTGTGCAAAGAAACAATCCACAGTTTCAAGATCAAGTACTGAAGCG
GAATATAAAGCTTTGGCAAATGCAACAACGGAAATGATTTGGGTAAAATCCATGTTGAGA
GAACTTGGAATTCATCATACTCAAACCCCATGCCTTTGGTGTGATAATCTTGGTGCTACT
TACCTACCTGCAAATCATGTGTTTCATGCGAGAACTAAGCATATTGAGATTGATTATCAT
TTTTTTAGAGAAAGACTTGCTAGTAAAGAGTTAGAAATTTGTTTTGTTCATTCCAAGGAT
CAAGTGGCAGATGGGTTTACACAGGCATTATCCACAAGACCATTTGAAGAGTTTCAACGT
AATCTTAACTTAGGAAAGTTATGATTAAGGGAGGATGTTAAACACATGTATGGTTCGGTA
TATAGTTGGCTAATCGAACCACCTTTTGTAATACGATAGAGATAGATTCTTTTGATGTTC
AAATTACTTTTATCTCTATCCCTCCTCTTGTAAATATCTTGTTCGGTTTCAACCGAACTG
CCTTGTACTCCAAGCCCAATGATCAATATATACACCGCAGCTCCCATGTATGGTGGTAGA
GACACTTCAACTTATTCTCGCACCTCTCTCCCTCCCTCAACTTTTTTTCAAAAGAAAGGC
AGGACGCTTGCAATATTCAGACATTCTTTGTAGCTATAAGCATTTGAATTTCGGCTCTAC
TTTTCTCTTCTATTTCCATTTTGCAAGTTGAAGCTGTAAGGCAGTCAACCCAAATGGTTG
AAGCGGGAGTACTCTGTCATGTCCGCCAGTCGACATGGAGCTGCTGCTATTACTGCCGCT
GCTGAAAATGGCGGTGCTGACATCAGGATGCCGAGGCATTCTTCGATGGCTCAGCGTGCA
TTGGTTGTTGAGAAAATGTGCATCTTTGTAATCTGAGATTGTTGTTATACAGTTGCAAGT
TCCAATAGCCTCTGATATTTGATTCAAGTTTTGGGATAATAAAAGGTGTTTAGTTTTGTA
TCTCACTCTATAAGATTAGATTGAAATAGTTGCTTGGAATAATCTCATGTGCTAGGAAAC
AAGGAAATATATTTTTAATGGGAAATAGAGGCAACATTTTTCTCAATTATTTTTATTATA
TTGTAAGCAAGAATTGTTCTCCAATATGGTGCTCTTAGTGAAAAAGAAATATCAATGTAA
TTTGGTGTTTACATTGACTTATGTTTTCTGCCATTGAATTAATAGTTTTCTATGTTGTTC
CTTTGTTTTTTTAACTGAAGTGGAATCATTAATTCTGTTGTATGTATGACCGCATTATGA
CAATACTTTGGATAACTCTTACGTGCAACACCATGTCACTAGCACAAAGGTATCACATGT
ATGTATAGGTATCACTGGACTTGGTATTTGTACTAGATGCACATGCACATAGAATGATGG
TTGCATATGTTTTATGTAATAAAAAATATTGTATTAAGAACGCTCAGTTTGGGTTTTGTT
CCTTTTTCTATCTGACCTTCTCTATTTTTTGTTCTCATATGGGTACCTGACCATGATTAT
TTGTCCGGGTTGTGTGATTTTGTTCAATACTATGACAACTTAATAATAGATGGTTTGTTA
ACAATGTATCATCTCGTAAACCAACTGATATGTATAAACTGGCAGGATTATTTTTTTGAC
TTTGATGATCAGTCCAAAAATATTTGGTACTTAACATGATCAAAATTCACCTTTATGGTT
GCTACACTCTGCAATATGTTTTGGGGGCTGTTTGGATAGTAGCCCAGAGTTGTCCTGCCA
ATTTTTTGGTAGTTGACCGACGGGTTGGTAGGTGTTTGGGTCACCGCCAATTTTCCAGAC
CCCTGCCAATTATTTGATCACCCCTTAGATTCTGAAGCAATCTATGGCGAATCCATGGTC
GCAAAATCATGCGCCAAAATTTTGGCAAGTCCTCGTTTTGATAGTGCTGGCATGGGCACC
AACCAAACAACCCTTTGGTCGCATGTGTGCTCCTTCCTGCGATTACTCATTGATAATTCT
AATTTTACAATTGTTTTATTATGGGTCATGGGTTATCTGTTGAAGCAGTAATTGTGCAAC
CAAACTATAGTAAATCATTTGAGTTCTTCTTTCCATTGGTTACCTTGAAGAGTTGGGGCG
TCTTGACATTTTTCTTCAACATTTTCCCGATCTCTCAGTTTCAATGTATCTAATGGTTTT
CCTTTGTTTAAATCTCCCCTCCCTTCTTTCCATATCCTCTGCCATGAGAATTTCTTCAAA
TTGATTACCATCCAGAAACTCTTTTGTCCAAAGTTTTTTTGGTTACAGAACCGTCCATTA
ATGCTATATTAAGATTTGTACTACAGTACTAAATTCAAGGGAGCACAAGTGATAACTAAC
ATTACAGGTGGTGTCCCTGTTTATAATGCAAAAATCAGACATGATATTACCCCATTGTTT
TGTAATGTGCGGGTCATCTTTTGCTAGATAGTTCACAATCTTTGCTTTGTAACGTTCAAG
TTAAGCTTCTTACAAAACCTCTAAAGTATGAGTAAATTTGTACTCTAAAGTATGTCTATA
TGCGTTCGTATACAGTTCTCTAGTAAAACCTCTAAAAAGAGGTATATTTAGGAATGTGCA
CCACTAGGGATCAGACTACTGATCCCTAGCCTCGCATCAGACCAGCCCAACACCGTATGA
TGAGATTGCTTCAATCGTTAGATTAGGAGAAGTGTGGGTCCTTTTCTTGACAGTTTCCTT
GTAATCTGCTTCGTAGAATTAATTGCGCCCAAAAATCAAGGATGGTTAGAATTTGAACTT
GGGTCCACCTTTGTTTCCATGTATTTTTGTTCCTCAAGTTATTACACCCAAAAATCAAGC
AAAAGATGTTGAGTAACAGTGGAGATGGATAATAATAGCAAATTCATGCAAATTTTTATT
TCCATAATATTCACTTGCTACAATACGCTTCTTCCATATATGCTTCCGATATCCCCTCCA
TGTCCATATAATCGCATGAGTTTCCATATATGTACGATGCTTCCATGTATTTCATACTTG
TTTCCACCATATCCTAAATATATGCTTCCAACAGTACAATGCATGCTTCATATTTTATGG
TCGCATTTTTCTCCAACCATTATCATTATTTCTTTTATGCCATGACTATGAAGCACATAT
GGTTTTGTTTCAAGCATAGTTTTATCATGTTGAAGCATGAGAAATGTAGTACCAAGTTCC
ACATACTATCGTAATTAACCAAGCACGTGGTATTTTCCAGGAAATATATCATGTCAAATG
GATAGAGATGCATTTTATGTCGTACCGAGCCATCGCAAACATGGTTGACAAATGGTGAAG
CATGAACAAAGTAGTTCCCAAGCATTACCAATTTATCATGGTTGTGTAAACAACAAAGCA
ATCATGTAGATACTTGGACAATATGCTTCATAGTCCATGGTCCATTTTTCTCTCCAAGCA
TCATGTCGTGTTCTTCCTTTTTCAAGTATGATTCCATATGTTATGGTTGCAGATTTTTGG
CTTCCTAGAGACTTAATTTCTCTATACATAGCATGTACACTACCTGCCTACTACGTCGCA
CCGCTGCTATGGTACCATCCTATTCCATCCCTGCTAAGCGGGTATCGATATCGTGAGCCA
TAAGAGTCCAGCGAGAGCAGCGAGGAGGCCGGCACCATCGAGGGGATGATACCCTTGATC
TTCGATAACCCATGTGTGTTGCTATGTTGCTTGCAAAATGATGGCAAAACATTGGGCACT
GAGATACTTGATCTCACATTACACGCCTTGCCCACCATCGATGGTTGTGGCATGCTCACA
CTCGGTAAAGCATGATCTTCCTCTCAAGTTAGCCCTACATAGAAATTGTGAAATCATGAG
TAGTTTCATTCGAATACAAATGTGACACCTACGAAACAATATGAAACATGGAAATGAAGC
CAAATGAATATAATTAATGTGGAAGCATAAGCGTGAAGTAGATGAAGCAAACCGTACACA
ATGAAGTAGTATAACTATCGTGTGTATGAAGTTCATTTTACAATACGAATATACAAATGA
ATCACGTAAATTGGATGTGTCACCTTTATGCAATCTCAACGTAAATCTACATAGTGGAAG
GACATCTTATAATGGGATACAGAAGATCACTGCATAATCATTCAAATTAAGACAAAAGAA
GAGGGTGACACGCATCTTGTCCATAATACATGTGAAATTTAGGAATCGTGATTTAGTTGT
CGTTTAAGTAGAAATATAACACCTACAAGCACATGTTTGAAATAGAGCCGAGACAAAAAT
AACCAGAATGTGAAAGCAGAGTTTTATATGTATGAAGCAAACTCTACCAGAGTAAAAGCA
TTGCCATGGTACGTATGAAGCAACAGTAAAGACCGACAATGCAGTATTATATGTATAAAG
CATAGAAAGCTGGAAGCATGGTATGGATGCAATCTCAAAACACTTTCTATATCATAAGGC
TTGTCACGACCAAGGTTGGGTGAGGATTGTATGGACTATGTTTGGTTGTGCCCTCTACAT
CTCCGTACATAAAGAGCCCAATGGTGAAAAGGCCAATGGACATCCTGCCACTGATATTGA
TCCCAGAATTTGGAAGCACGTGTGCATGTATATACCAAATTCAGATGTATTACTTTGATT
CAGTCATACAGTACAATGGAGTGGAAAAAACATGATCCAATCATACAAATACACAATGGA
GCGGACAAATCAAACAACACTAAGAAAATACATATACATTAGAAATCAGAGAGGGCTATC
TCAAGGTTTCCCAGAATCGACACTAGGCGAGATGAGGAATTGAGGATGGCACCTTCAGAG
GGGGGAGGTGACGACTCCAGCAATATTTCTCCATCGAGACAAAACTCCACCGCGGTGGAG
AAATCAATTGTAGATGGCCGGGGCGGCAATGGGGTTGCAAGCTCGCTGGTCTTGTGCGTC
GTGGGTAGGTATGCGGGATGCAACGACCGGATGGGACGGCTCACTGGTGTAGTCAGTCGC
ACGCACACAAGGCTAGAGATTGGGACGAGGAAAGAGGTGAGTTTATGGCAGGTGACATTA
TTACGGGAGGGATTTATGGGTGAAGATGTGGAGAAAATATCAGGCTTTTTTTGAAATGAA
TTAAAGGATTTTGGAGGCAGCCTTGGCCGTGAGATGAAAAAGGCATCAACGGTGCCCCAT
CAGTCTGACGAACGTCTGTCATCATACGTCAGGTAAGGGGAACTAAAGCTGGTTTCATGA
ACAGATTCTTATTTCAGAACTAAAGCTGGTTTCATGAACATATTCTTATTTTAAAAGGTA
CGTGAGCTTGCCACTATCCTTGCTGATACTCCCTCCGTTTCTAAATATAAGTCTTATAGA
TATTACACGAGAGACTACGTACGGAGTAAAATAAATGAATCTATACTCTAAAGTATGTCA
ACATATATCCACATTTAGTTCATAATGAAATCTTTAAAAAGACTTATATTTAGGAACAGA
GGGAGTACAAGCTAATCAAGACGGCGCGCGCCTTTTGCCTGCTAGTAGTGCAGCAGAAGC
CGAACCAACTAATTAGCTGTAGCAATAATCATTATAATCAATTGGTTTACTCCCTCCATT
TCCTTATACAAGGCCACAAACTCATATTGCAAGTATCAAGGCAAAATTTAATGACCGGTT
GAAAAGTCAAGTTTTCTTTTCGTTAACCGGAATCATTAATATGCTACATGCATGCAACGA
ATGAGTGAGAAGAAAATAGCCAACTATCATTATGAATACATGCATGCAATTATTAAACAA
GTTGCTAGTATGAGAAAACATCATTAATGTTGCCTCGATTACTGTTGGTGGCCTTATATA
GAGGCAAAAACGTATTTTTCATAATGACCTTGTATAAGGGAATGGAGGGAGTATCACAAA
ATACTGAACTTTTTGTCCATACATGCAACCATATTAATTAAAACATATTGTCATTACATT
GAGAAAACATAACACTTCAAACATATTGAACTTGTACAGGAGGGTCAACTCGCCCAGACA
CAAGTGAAGTCAGATTGCTTCTAGAACGACATGATAAGGGACCAGGTTACAGTGACCTCA
ATCTCACATGTGAAGTCGGATTGCTTCTAGAAAGGCATGCTAAGGGACCAGGCTACAGTG
ACCTCAATCTCACATGTGAAGTCAGATTGCTTCTAGAACGACATGATAAGGGACCAGGTT
ACAGTGACCTCAATCTCACATGTACCAACATGAAGTGCACCATTGAGTCTACCGCGTTCC
TGAGGTGTAAAATATAGAGTGCCGTCAAATCGTTGCCCACCAACACCATATGCACCGACA
GAAACTTCCAGATACTCTCCGTTTGTAATTTCGGCACAAACAACATGGCGTTGTAGCTTG
ATCGTGCCATCGTCAGCAAGAGTCAACCCATTATCACCAATCACAAGCAACCCAATTGTC
AGGTCGTTTATACTAGCAGTTTTTGCAGCAAAACAACCACGGAAACCATCTGGCCATGAC
CCATGGACGACTTGCATACTGACTGCGGCCTCTACTGACTTACTAATTTGGCCAAATGTC
AACTCAACTGTGCTGATCTTGCCCTTGAAGGTACGCTTAAACAGGGCTGACTCATCCGGG
AAAGGATTAGTGAACGAACTAGCTATGAAGATTAGGTCTTGATCCTCAGATTGCCCGATT
CCTTTCACTTTGAGGTCAATCTCAAAGTACACAGGATCAAGAAGCACAACAGCACGTGCA
GGACCAGTCAGTGCTAGGTACGGAAACTGCATGGAAAATTAATCAAGTAAATACCACTGT
TTCTTATATATACACCTTAACAGGACTAGAAGTGGAATGTAACCAGTATATTATATTTTG
AAAAAAATAGGTCCAGAAAAAATGTAATCCATTTAATAATGGGAATTTAATTACAAGAAC
CTAAGTTGACACCGGTGGCTTGAAAAAATACGGAGGGTAACTTTGATTTAGCAAAATACG
TCAGGAGGAAATAAATTCCTTCCAAACAAGGTTTAATTTCACAAGAGAAAACGGTCAAAT
ACAAAAATCAGGGCACGTCTCAGAGAGGCCAAGGGATACAATAGACTCAAAAGTGACTTA
CCAAGAGAGGAGTCAAGAAGCAGATAACCAAGTTGACACTGTTAGAGTAAAACGAGATTG
AATGAAAGTAATGGACGATCAGTCCTGATTTCTATTGATTCTCAAGTTTATATACATCTG
GAAGAGGTGCAAAGAAGAGATGCATGTTCGGAGGCATCCCTCCAGAACAGGTGCCTGTTG
GCAATAGAGAGATAGAATAGACATGACTTTTCGGGGTTGGACACCCTTTCCTAATTAATT
TCTAACACTCCCCCTTGTACAACACCGTTCCTTGAATGCTTCATTGTTGAAAGCTTCTTG
TATATAGATCT