Map Locations of contig_135266 (11682 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_135266

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_4559 4 2432 bp AK251222.1 Available Available None
MLOC_4560 1 1178 bp AK251945.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_4559






CDS Structure of MLOC_4560






Contig Sequence (11682 bp)

>contig_135266 11682 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AATTTATTCTGCATCCAATGGCCATTTCGTTTCAGTTCTCTGACTGCAATCTTTGGTCCG
TTGATGGTTGCTGCAGCCCGCACTGCACGGGACACACGGACCATATTTTGTCTTCGGTGA
TTTTTAATTCATTTTGCCCATCCATGTTTCTCTCCTCTTCCAACACGTTCTTTTTCTCAG
TGTGTGTGTGTGCGTGTTTTCTTGGAACTGAGCAATTGTCTCTAGCTATTATCCACTTTC
TGGTGTATCTCTACACCAGACTCAAAATAAAAAAATGTTTCTCCAGTAACTTGACTGTTA
GCAGGATGCTAATGTTTCAGCATTGTACTTGTTTAGATAAGATGTACTACATGGGCAGTT
GGTGGCTATGCGCGTGTGTACGGTTTCTCTTTGAACCAACATCTTTCTCCATATCTGTCT
GGATCTTAAATACACTACTTTAGTGATCTAAATGCTCTTATATTTGTTTACGGAGGTACT
AGCATTCATAGGTAAATGGAAAAATGAGGTGTAAAACACAGTAGAGGATACATACAGAGT
GGCTAACAGTCAAGATTGTTGTTAAATTTGCTACTCGTATTTGCTATCAAGAACTGAGGC
TTGTAATGCATATGCAGATCTCATGTTCAGCAGTGAATGCGCCCGCAGACAGCAGTGATG
GAGAACAACAGGAAAAGCTGGAGGAGCCGACCAGCACTAGAATGGCTGACAAGGTACCAC
CAGCTCTATGCCCACTTACTACATCTTTCCTTTTCTTTTCTTTATTTTCTTGTTCCATTT
GGACCACCACCCCTCCTATTAATTTCAATAATGCAACTTTTCTTTTTTTCAAGATATTTA
GGAGCTGTCTGTTTTCCTACTAAAGCATAGGTAGTTGTTTTTAGATGCATCCACCAATTT
ACCTGTGAAGAGATCAGAGACATGCCTACCTAGTATCAGGTTGCAACAAAATGAGGTAGT
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TATTGCGGGTTTCACTTCACTTGGTCCACTCCAATATGTTCTCACTCCCCCCTGTAGAGA
ATCGTCATATTGAGGTGGGTAAGTGGTGGAATATCACCGAGATAAGCTATTTTCTACAGG
GGGAAGTGACACTGTTTCAATTAAATAAAAAGTCTGATTGCAATTCCTTTGGTGCACATG
GATGGGTTGCATGGTCATCCACTATATATAATATCTATGGATAGACTTTTTTTTCGGTGC
TACTGATAGACTATGTTAGTGTCCCTAACCTTTCTTTGGATGTGTTGGAGCCTTGGTACC
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GATCCAATTAACCTTGGTGCTATATGGAGCTACTGTTTATCCTTAACATCACCATGTTAA
CAACAATCAAGCTCTGCCAATATGCTTTTCTAATTTTGTAAATCTCAACATTAACCACCA
GTAAATGGAATTTTGCTTCTGAACTGTCAGGGTCAAATAATAGCCCAATGTTTCTTAGTT
GACTTGAAATCAGGGCCTGAATGGCGTTGCATGGCCCCCAGTGAGGCTTGAGCCTGAGCC
CTCGTCCCACCCTCTGGGATGCATCTAGTTGGTATTCTGTGAGTAGTACTCCCTCCGTCC
CATAATATAAGAGCGTTTTTGACACTATTATGGGATGGAGGGAGTTGTTGAGTTGGAATC
TAACAAGCACAGTCGATACTTAACAGTGTTCTTGAGTACAAGCCTCGCAATGAATAGATT
TTTGTCTCTTGAATTGTTTTGCCCAACTTTGTTGCAATCTCAAAAGGCTGCAGGAACTTG
GGAACCTTGGTAACATTTAGCAGCATAGCTTGGAGGAACTTGTGTTTGAGCTATTTGCAA
CCAATGTAGAGGCGGCAACAATTGATAAGCCAAATAAATATATTACATGCCTAATCACCT
TATCTCCTGAGGCAGTGTTCTAAAGCAGTTACACTCAGGTTGCTTCATGTATATCAAAAA
ATATAAGGGACTTTTGGTTGGTTGAAACATTCGCTGTGCACACAATACAGAACATATTCT
GGTTATCTAAACATATTCCAGCTTGCAACCTATGAACGGTTGCCATGTGTCAGATATACT
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AGATATGTGTATGTTAACTGAAGCATCAAATGGAGCAGATATTATTTTCTGATCTTGCAC
AATCCTTCCTTTAGCATATGCTTAATTTGTTCTAGAATGAATGAATAGTTTACAGTGTTT
TGTTTAAATCCAAGCTGTAGCCATTCTGTATTGCTACTTCTATGTACAGCAGTTTTACAT
TCTAATCTGATCCCACACGTTCTCAGATTTTGTATATTAACTATGCTGTTTTGTACTATA
TTGGTATGCAGAACTTCTGTGCGATATGTTTGGAGACCCTCAGCACCAGCAGCAGTGGCA
TTGACGTCGGTGACAGGCCAGCGATATTCACAGCCCAGTGCTCCCACTCTTTCCACTTCT
TGTGCATCGCCTCCAACATCCGACACGGCAATGTTACATGCCCGATCTGCCGTGCGCAGT
GGTCTCAGCTGCCACGTGATCTGAAGGTGCCGCCATTGCTGCACAACCAGTCCGATCCAA
TCCTTCGCATCCTTGATGACAACATTGCGACATCCCGTGTCAACCGAAGGTCCTCCATTC
GTGCTACCCGCTACAACGATGATGATCCTGTTGAGCCTTACACTCTGACTGAGCATGTTG
ATCCATGCCTGCGCTTCGCCCTTATCCCGTCTCCGGTGGCAGCTCACCATCATGTCCTTG
GACACTACCCTTGTGGACGCATGATGCCACCACAGCAGCACTGCCAGTACAGCTACAGCG
GCTCCTCCATGGTTTCATCGCCACAGATTGCTTCACCAAGTGTGCAAAGGCGTGCTTACC
TCTCAGTCAGCCTAGCACCGCAGCCAGCCATGGACTTGGTCTTGGTTGCCAGCCCTAATG
GGCCGCACCTGAGGCTCTTGAAGCAGGCAGTGGCACTGGTTGTCTTCTCCATGCGGGCAA
TTGACCGGTTGGCCATTGTCACAAATGCCACCACTGCAACTCGTGCCTTCCCCCTGCGCC
GGATGTCCTCCCATGGTAAACGAATGGCATTGCAGGTCATCGAACACCTCTGCTCTGTGG
GTGGAATTGATCCGGTAGGGGCTTTGCAGAAGGGTCTCAAGATACTAGAGGACCGGGCAC
ACCAGAACCCAAGCAACTGCATTCTCCACCTTTCTGATCATCCGATACGCAGCTATGCTG
GGGTAGACATGAACCGTGCGAGCATCCCGGTTCACCAGTTCCATGTTGGGCTCGGCTTCG
GGGTGCAGAACAGCTTTGTGATGCATGAATTCGAGGAGCTTCTTGCGCGGTTGCTCGGTG
GTGTCATAGGTGACACCCACCTGAGGATAGGGGAGCATGGTGGAGTGGTGAGGCTAGGGG
AGCTGAGGGGTGGTGAGGAGAGGAGGATCCCACTTGACCTTGTGGCAGACTGTGGCTTCA
TTCTGGTTGGTTACAGCTACCTGGAGGGCGGAAGAGAGGACCGGTCAAGGACAGGCGAGG
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CAAGTACCGGCGGTGAAAGGAGGAGCAGCTGCTGCGCCGAGAGCTGGGATCACCTTGATC
CGTTCATGGCGCGACGATGGGCGAAGCATTTCAATGTGTACAGATCCTGAGAGTGATTAA
AGAGGTGGAGGAGCTTGATGGTTGCCAGTTTGACAAAAATGTTATTCTTGTTGGTTCTTT
CTTTGCATTCTTGCAAGCATTTCAGGGAAGTGTTTGTTATTCTTTTTCTTGGCTTTTGCT
GAGGGTTCGGAGTCCATGTGTGCAGAGGCTTTTCTGTCCTCCAGTGTGTTTGTGTGTATG
AATCGAATCAGAAAGCTCCAGGTCGGAAGATTATGAATGTGAATGCCATCAAGTGGTGTG
CCAAGCAATGCAATGTACCTTTGTTGTTGTATGTATGCCAATCTCATAAATTCATAATTC
AAATTTGAGAACATGACATTCAATGCCTCACCGGCATGCGCCCTTGGGACCATGTTTGTG
TGTCATAGGGACAACATGAATAAAAACAATCATCCCTCTTTTTTTGAACTGAAAACAATC
ATCTTTTATGCTCGCAATTATTTGGTTTTTTTATATAAGTTTTGTTCCACTACTTTGCAT
TTTTGGGTTGAATTATCTTCTGATGCCTTCCAGCTACAATTCTTGCGTGACAAGTGTGAA
ACATGCACATTGTTATATCTATTTTGCAACTTCACTTCATCCCCTCTTTCATATACTGAT
GTATTACTATGTTATGCTCCCTCCGTAAACTAACTTTTACAACACTATTTTAGTAATTTA
AACGCTCTTATATTAGTTTACGGAGGAAGTTCCTTATTTAGTAGTACTCCCTTTGTTTCC
AAATTACTTAAGTTTTAGTTTTGTCCTCAGTCAAACTTCTTTCAAGTTTAGCCAAATGTA
GAAAACTGTGACCCTTATTATGAATCGAAGGTAGTAATATCCACAACATTATATCTATAC
GAAAATATTTTTGTTGATAAATCTAATTTAACATATTTGGTGTTGCAGATGTTATAATAC
ACACTTAGGACAAAGGTAGAAGTTAAAGTAATTTGGAACAGAGGGAGTACAAACCTTGTA
CAAAATTTGATCTATTTTACTTTAATATGTTTCAGTAATGTTCTGTCGGATAAGATACAA
TGCAAGTTGTTCTCTAGTAACCACATAAGGTACAATACAACAACACTGTTTGGTTTTGGG
ATGTTTGGTTTGCGAAAATCACCTTTGGCAGTCACAGCTCGGTCCATCACGGGATAATCT
CTTAAATTTGGTCAAATTACCTAATCCATCATTTAGAACTAGCTTAGTGCACATTCTACA
CCTCAAACCAAACAAGGGTGCATTCACTATCCAGTCCCTCAACCAAACACCTCATTCAAG
CCGACAAAAAAGTGGAATTACATTTGTAAGGCCAGATGTGTGAATCTACATAGACAACTT
GCTGGTGATAATCTGGTCCGCGTCAGATTATGTGCTTTCAAAACCAAATATTCGGAAAAC
ACCTGCAAAAATGAATGACAAGAAATGTTAGTTCCGCTACATTTCTACGTCGCCTTGTTA
TTTTTTAGATGAAGAATTGATCAATCACAAAGCTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGAG
CGTTTTTACACTACACTAGTGTAAAAAACGTTCTTACATTATGGGACAGAGGGAGTACAT
TGTTATGTGGTGAAATAGATGCATCTGAAGGTAAATACAGTTTCTTTCTAAATTCGGGAG
TTAATGAAATCGACGAGGAAATTTGCTCAATGGTGCCTGAAACATCGACATTCCCATGGA
CAACATTACAAACTTCCTCAACTGCATTACAACATCCAAAACACCGGTAACATAGCATGC
AGAAAATGGAATCTTAGTTTTTCCCTTCAATGTCCACTCATGTACTTGGATGCAGGATAG
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TTACCATGAATGGATGTTGTTAACAGAAAAGATAATGGCAAAGATTCCGTGCGTTTGGGA
TGTTATAACGTGCTTGTGGTTTTCCGGAAACTATTGAGCAAGAGGTTCAAGCAAAACTAT
GTGTTTTATTTCATTCGACAGCACCAAAACGAGTAACTGTGATAACCATACCGTCATCAG
TCTGGTACTTATTCTTGTCATCTCCTGCATAAGCCAGGAGGTTGTATTTAGGGTTCCACT
CAACACTATTCATAGCTGCTTTACATGGAATCTGATGAATTGATCGTCCAGTCTGAATAT
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GGCATATGCAATAAATTCTCCAGTGTGATTGAAGCTAACTGTTCTGACAGGCCACCTGAA
ATTGGTACACATTTTTGCCTTCCATTTAAAAATGATACACATTTCTAAGCTTCCCAAAAA
CTGAATGCAGGGTTACTCCGGTCGTACTCAGATTAACCTCTGAATGTTTTTTTCCCAATG
ATCACAATTCACCTAACCATGATTTAGTTCAATCACTTTCTAATTATGTTTGGAGGCAAA
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GAGCTGTTTGTAGTCGTATTATCCAATATGAAATTAATTAAAATCATAAATCGAAGTAAC
TGAAAAGATTACAAATGTCCTGAATTTCTACATTGCCGTCGTCAGGCGGGCTTTGGTGGG
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TTCGCGAGATGGAGCGGGGTGCTGCTTGCAGCCCTAGAAACAACACAGATATGCACAAAT
TGTTTACTAATTTCAATGTGAACATCGCCCATGGTGCATCAAATATGTGCTGTTACATTG
AGAGAAAACTTGTTGGCCCTAACTCTACAACGCATGGACGAAAGGAATAATAATGGTAAT
TGACAACTGAGTCTGATTCAAACAAAAAGCCTTTGAAGCTATTTCTATGATAGTAATCTA
AAGAAGTTAAATGTAGTAGATAAAGACATACTCAAGTTTTGTGAAGGTTTTAATGCATAG
CAGCTCTTTGACATTCCAAAGACTGACAAGTGAATCTGCACTTCCAACAGCGAAATACCT
GACATCAAAACATTCTGTAAGTGTGACCATCAAAACAATTGTGCTCTAGCTGGATGAAAC
TTCAAAACATAACACACTAATACAATTTGTACTTGTGGAGCACAACTTGCTACTTCTCCA
TGTGATTAGTTTGTTCAGGCTCTTAATTTACAATCAGTTCCTTCCAGCAAAAAAAGTTCA
CGGTCAGTTTCAAACAAACAAACAAAAAACACTTGGTGATCATTGTATAGTTGCAGAGAA
AGGAATTTGGACCATGTGGTGAATTTTCATTTTCTACAATTAATTCTGAATTCGGCATTG
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TTTTGCAGAGAAGCAACACATTCGGGGGAAGTTACCCGTGAGGAGAGTGTACAAGGAGTT
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GGAGAGGATCAACATACTAATCATGGTTTTCATTCTTCCACTAAACCAGTGGTTTCCATA
GGCCATAGGATATATTCCCAGTATATATAAAGTTTACGACCTGGTTTACAAATGGTTGTC
CAACATTCGGGGGATCCTTTTACTGAGCCCATACGTGTTTCCCTAAACCAGTTTCTCGGA
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AGGTAGTTCGGATACGATTTTTTTTAAAGATGAAGCTAGGATACAATTTCAGTAGCTCTT
ACGAAAATTCAGAATATAGCTTCAGTGTTAACTCAAATAACATATCTAGCAACCCAGTAC
CTAGTGTAAGGAACTAAAATACAGCAAATCAACTAGATCCAGAGTAAAACCAGATTGCAA
GCTCGAGCCTTTTGTGTATTTTCTACTCCCTCCGTTCCTAAANNNNAGTCTTTTTAGATG
TTTCACTAGAGGACTGCATACGGATGTATATAGACATACTTTAGAGTATATAGATTCACT
CATTTCGCTTCGTATGTAGTCCCTTAGTGAAATCTCTTAAAGACTTATATTTAGGAACGG
AGGGAGTAGTAAATATGGTTGGTCGTCCGTAAGTAAATACTACTCCCTCCGTCCCAAANN
NNNNNNCTTAGATTTGTTTAGATATGAATGTACCTAGTCAAGTTTTAGTATTTGGATACA
TCCATTTCTAAACAAAGCTAAGACAAGAATTTTGGGACGGAGGGAGTATATATTTCTAAT
TCAAATAATCCTTAGGGTTCTCCCCTATCGTTCCATGTTTAAAACATGTTCAGGCAAATA
ACTGAAAAAACAAAGAATTTTCTCACCTATCAAGGGGATCCATTGCTATGCAATAGCACC
CTGCTGTATGGGCATTTAATTTGCAGACAACATCAAGGGAAGGATAGTTGACCACCTCAA
CAAATCCTACGTAAAGAACAAAACAATGGAGCAGCATTAACATCAACTTATGTCATACTG
ACGCCTGAAGTCTGACAACATCAAGGCTCCTTGTTCCATTTTCACAATTGAGCAGCTTAA
ATATTCATGATTAAGAGCAAAGTACATCTTAGCATCTTACCAAGCCCAGTGGTGATGAAG
AACAAATCTCCAGTTTTATTCCATGCAATCTCATTAATCTGAGGAACAAATCAAGAATTT
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AACTGAAAATACAAAGTTTAGAAAGATGTGAACAGCAGTAGTACAGTAAATGCATTATCT
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CTGTTTTCCCCCCAAAAAAATCAGTGCATAACTTTTTGGTCTAAGACAAGACATATGCAC
ATATAGCTCACTATATTTCTTATCACATCGATATGCACGAGTATCCCAAAATATAGCTGG
ATTTACAACAGAAAAAAACTGCTAAAGGGTGTTTCCAGTGTCCAAACTTCATTTGGTAAA
GTACCTCGTAAGGGAACTTCTGTTTGTGGACAGGTTTGAGCTTCCGAACATCCACTATGG
TTAGCTCATCCTCCTACAGATCATTAGCAGCAGCTGTTATTATAGCTGAACGAAGTAGTA
ACTCGTAAAGTAAATGCATATCGTGTCAATCTTCAGGAAACATGCTAACTTACATGACAC
TCAAAAAGAGTTTGATTTCGATACTACATGAACTTTACACATCACTTGTTTTTGAACAAT
CACTTGTCATACTGAAGAAACTTAGCAAGAAAAATGCCAAGACTTCCATCTAATTGATAG
ATACTAACAAGATGCGTACATCTCCAGGTTCATTACTACCAACCTACGTTACATGAATAC
TGGTACACGATACGGTGATGCAGTATTTTCTCAAAAACGCATATAGACAATACGGCCACA
TATTTCTATGATATGATTTGATTTGTTGCATAGTAATTAGGTCAACAAAAGATCTAAACC
CTAGCAAATTTACACAAGGTATAAACTGAAGGAAAAGAGTGCAACAAAACAACAAAGCTA
AACAGATAGCAAGGGTTATGTTAGCTAGGTCATGCCATGATGATGCGTAACACAAACATG
TCAGGATTTTTTTTCTATTTTGAAATAATGGCAATAAAACAATATACTGTCAGTAATTCA
TATTCTATCAGAAGAAAACCACTGAAGATGAAGAAACACAAGCGTCATGAAGGCAATATT
GAACATGAATGAATGTCCCATTCCTTCAAATCAATATGCTAAACAAACAGCTAGGCACCA
AAAATATATTACAATCTAATGTACCCATGTTCTGTTATTGTAAACCTTATTTCCAACAGC
TATGTGAGTGCCATCATGTTTGTATGTGATGTTGATGTTTTCTCCACTGAGTTCAACAAC
TTGGCATTTCCCACCTGAAAAGAAAAACATAAATAAACTAATTAAAGACAAACTGGATTA
GTAAATATAACCTGACGAAAAGGTAAACTACCACCACCACAGAACATGGTAAGAAGAGAC
TGAAACAAAATGTATAATTCTATACTGAGTACAATGATACTAACTAACTTCCACGTCAAA
TTCCCACATAAGAATTCTCATGTGATAACACCAAATTCATAACAAAAAACGCGAAGATCA
CTAACGACATTTGCGTTTCTCCTCTTAAGACAAACCCCTGTAATCAGATATACCCCTAAT
TCTTGAGGCTACCCTTCCATGGCATTTCCAACAAGTCAAAGGGTTTGACCGTCTACAGGA
TGTTTCCTTACAGGTAGGGCCCTCTAGAAAAAGGAAAAAAAAAAGTTAAAACCCTCCCTC
CCTCTCTGGCCAAACCATCTGGTGTGTTGCTCTCTCTCCGGCCAGCAACACCGCCCATCA
CCTCCCGTGAGGCGCTGCACGGCGGCACCACATCTCGGACGACGGCATGACCGGAGCACA
GACCAGCAGTTGGGCGTGGCTGGTGCATGAATTGCCCGCACATTGTGAGGTGTCCATCAC
CGGATCACTCGCATGCTCGAGGACACCAGGCTCGAAGGGGATGACAGAAGCGGACTCGAA
AAGTCTTCGAGAAGCTGAAGAACCCCGAGGGAAATCGCCAGACTTCTGCCGAGGAGATCA
TCGATGGTGCGGTGGACGGTCACAGGAGGTGGAGAAGGAGACCATGTCATCCATTCACGT
CAACCCGATCAAATTGCTTTAGAGGGGAGGCTCTACAAGGTGTGGCAAAGGCAATGGACA
CGGCCAATGGGTTTGGGAACGACTCTTGCCACAACAACAACAAACTTCGCTGCGGCAGCA
AGCTCTGGACGTTGTTTGCTCATGTGTCGGCAATAGATGGCATGAGTGGGAGAGGGAAGA
GTTTGAGGAGGGCCAGAAGCTCCCCTCGATGAAGAATACTAGCTCGAGAACGGTGGGTAC
ACATCGGAGCGACGCTCTCTGGCCAGACCATCTGGTGGGTCGCTCTCTCTCCGGCCAGCA
ACACCGCCCATCACCTCCCATGCAGCACTGCGCGGCGGCACCACATCTCGGACAACAGCA
TGACCGGAGCACAGACCAACAGTTGGGCGTGCCTGGTGCACGAATTGCCCGCACCGCAAT
GTGTCCATCACCGGATCACTCGCATGCTCGAGGACACCAGGCTCGAAGAGGATGGCAGAA
GCGGACTCGGGAAGTCTTGGAGGAGCTGAAGAACCCGAGGGAAATCGCCAGACTTCAGCC
GAGGAGATCATCGATGGTGCGGTGGACGATCACAGGAGGTGGAGAAGGAGACCATGTCAT
CCATTCACGTCAACCTGATCAAATTGCTTTAGAGGGGAGGCT