morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_135085

Source Contig contig_135085

Contig Data

|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|

morexGenes

Links

Map Locations of contig_135085 (7204 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
No map location

Predicted Genes from contig_135085

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_4395	2	1185 bp	MLOC_4395.1	Available	Available	LOC_Os08g34060.4, FRAME:+1, EVALUE:2e-58, 13108.m03562 protein DUF1336 domain containing protein, expressed
MLOC_4396	1	1781 bp	MLOC_4396.1	Available	Available	LOC_Os11g45420.1, FRAME:+1, EVALUE:3e-60, 13111.m04537 protein retrotransposon protein, putative, unclassified

CDS Structure of MLOC_4395

CDS Structure of MLOC_4396

Contig Sequence (7204 bp)

>contig_135085 7204 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCTCTTTAAAGCCTCCTTGACCTTTGGCTCCTGGATTCGCCGCACAAAACGTCTGCTAGT
ATCATCAAAGGAGTCGTCCAGATCAATGGTAGAGCTCTCACTCTCCCCATTGAACAGTTT
GTCAAAGTACTCCCGCCATCTATGCTTAATCTCCTCATTCTTCACCAGGAGTTGCTCTGC
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TGATCGTCTGCCTCGGGCCTGTGTCACCATGGTGCATGCCGTTAGATTAATGGACCTTGT
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CTGTTTGTTATTGTCCCCGTGTACCACAGCTTCGCCTTTTGTTCCCTCCATTTGGGGCCT
CTTTCATTCAAAGGATTTTCATAGGATATTTTATGGATTAGAATCCTTAGGAGTTTTTCC
TACGTTGGTTGTTTGATTCGTAGGATTCAATCCTATAGGATTCTTTCCTAAGAATTCATT
TGTACTACATCTCATATGAATTCTAGCATCCACTACAACCTCTTGGAAGAAATCCTTCAT
TTTTCCCGTGATACAATCAAACAAACTCAAATCCTATAGGAATCCAATGGCATGTCATTC
TAATCTTACGTTTTTGCAATCATGCGAATCAAAGAGGCCCCGTTTCTTGGACGCAAAGGA
TATCAACACCTCTCCTCACCGCTGTATCAACCAACTCATGTAGCTTACCTGTCTGGGACC
CTATGTTCCAACTACCTAAGCGGATCCTCCTAGGCTTGGCTAGCTTCCTTACCCTTCGCA
CTTGTCGAGTCAAATGTGAAGACCCTTGCTCATTTTTCACCACTAAGGATACGGTGACCC
GATCCTTGCTCACTTGCCACCGTATCTAGATCAAGATACGACACGCAACCAAGAGGGCGA
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CAGACTTCTGGTTCTACTATTTGGTGCATGGGACTTAATAGCATGAAGGTCAAGATGAAA
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CAAGAATCACTTCCCTTAAAGACTGTGATGCCAACACAACGTTCTCCACCGGCAATGCTC
TTTTTGCCGGCAAAAGACATATTCAGCCTCACCGTGGATGGCAACGTGATCACAGACCAG
GAGGGGATGGCACATGCAGCCTTCTCACACTTCGACGAGCTGCTTGGCTCCCACGCCCCC
CGCGACCACTCGATGGACTTGTCGCAGCTCATTGTACCATGCGACCTGGTCTGTCAAACA
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CTCAGGATTTTCTGGACGCCTTGCAGCAGCTCTTTGAGCTGCGCGGCCGCGGTTTCAGCA
AACTAAACCAGGCCCTCCTGACCCTGCTTCCGAAGCACGCCGACGCCTGCCAGCTTCGCG
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TGCGTCTTGCCCCAAGACTTGGAGAATTGGTAAGCGGCAACCAGAATGCATTCATCTCAG
GGTGGAGTCTCCATGACAACTTCGTCCTCGTCAGACAATCGATGAAGCAGCTGCACCAGC
TCGCGGCCCCACGAGTCATGCTTAAACTGGACCTAACGCGGGCTTTCGACTCCCTATCCT
GGCCCTTCTTGTTTGAATTGCTCCGCCAATACGGTTTTGGGCCTCGATTTCGGGAGTGGA
TTGCGATCTTACTCACCAACTCGAGCACCAAGATCATGCTCAATGGAGAGCCAGGGCCTC
CTATATGGCACCGATGCGGGCTAGGCCAAAGGGACCCCGTGTCTCCGCAACTCTTCGTGC
TTGCCGTGGACATCCTTGGCCGCCTCATCCACCGCGCCCACGATTGTGGCATCCTACGAC
AGCTGCACCCACGACGGAACATCTCGGCTATCTCACTATACGCCGACGACGTCATGCTAT
TCTG