Map Locations of contig_134519 (10533 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_134519

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_3976 3 2331 bp MLOC_3976.1 Available Available LOC_Os04g32470.1, FRAME:+1, EVALUE:6e-20, 13104.m03109 protein expressed protein
MLOC_3977 2 4582 bp MLOC_3977.2 Available Available LOC_Os01g66500.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13101.m07198 protein phosphoribosylformylglycinamidine synthase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_3976






CDS Structure of MLOC_3977






Contig Sequence (10533 bp)

>contig_134519 10533 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GAGCGCCGAGACGTAGGGCTATTACCTCCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAACCTC
GTCGTAGCTAAGGCTCTGTCCATCCTTTTGTACCCTACACATCTACTATCAGGCTTATAC
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GTCCGGTATGATAGACATGCGAGTGGAGTCCGTGTCTTCCTATATCCGCCTTAGGTTTGG
GTTGGATTTGAGAGGTATCGCTCCGTCCAAATATTCGCTACCGGTTTAGGTAGTCCGGCT
GGGTCACGTTTTTGTGACATGGCACTGGCCGAGCTGTCTGTCTCAGTTTAGGGAGCCCGT
GTATAGATGCTCTGAGTTTCCATTTATAAAAACGTTTTCTGAAAAAAGAAATAGTCAGCG
CTCGGAAAAAGTTGTACCGGAGAAATGAAAACCTTGTCTAGGCCCAACAATACATTGTAA
GCCCATGTCAGGCCCATCTCCCTGCACCCTCTCTCTCTCTCTGGCGTCGCCCCTTTCCGT
CACGGCGGCATTGGGCCACGGCTTTACGCCACGCCCTCTCCTCTCCATTTCTCTCGCACC
CTCCCCGCGTCCTTAAACCCTAGCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCGCTCCCGCCTCCAC
GATGGCGACCGCCGACGGCCAGTCCCAGCCTGCGGCCACCGAACCCTTCCCATCCCCGGC
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CCGCCCCGGCACCGACGAGGAGGCCGCCGCCGAGGCCAAGGCCCGGGTCGCGGACAAGGG
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ACAGCCTGGGGCGTACCTGGTGCGACCAGAGGAGGCAGCGGAGGATGACGAGGACGATGA
GGACTCGGACGTCGACATGGCTCCCGGGGAGGAGAGCGGCGACGGGGAGGAGAGCGACTA
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AATGTTTCTATGAACTGTTCCCTTGTGGAAGTGCATTTCTGCGATTGCATCCAGTTTAGG
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CTTGGTCTTTCTCGCTGAGATAATTAGATCTATTCATGCTGTGTGCTTGGACTTGGATGT
GCATGTGGATTGCGCCTTCTATGTTGGAATGTTCTGTATCAGGTAGACATAGCTGTAGTC
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CCTTATGCTGTCCTTGATTGATGCATTGCAATTTTGTTCTAGAACTGTCGGCCTTAAACG
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GCTTTCTTATTTGTGTGATATGTTGTAGATTGTCCTCTGCCTTTTCTTTTAATGTTGATT
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TTTTTCTTGCTGTCTATTGAGCCCTGACACCACTGTTCAGCTAGCCGTGCCCTTAAAAAT
GGTTGAAGTATCTGTTCTCCTGTTACTCAAAGTGCTTTGTAACCCATCTCGAGCACTACA
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CTGATTTGTAATGTCATTCAACATGAGAATGGGTTTAAGATAGTATCATTGCCCATTTGC
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TACGGCACTTTTTTGCTGTCTTCCGATTACACTGGCTCACGAAGACGTTACATTGTGTTT
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TCTGTATCGATTGGTATTTGAATAGCAACGCTAGACTTGCCCCCCTTCCTTTTCTCAACT
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GGAAAGAGTAATTGTTATACATGTGACACATATCAGTGGAGTCCATACGGGCAAAGGGGC
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AGGAAAACGATTCCATCGAATCGAAGAGGGAAAAAAAGAAAGGTAAAACGAGCGGAGGAG
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TGGCGCGGCGACCTCGCGCGAGACCCGGCAAGGAAGCGAGGGCGCGCAGCCAAGGACACG
GGCGCGGCGAGTTCGGCGGCCGCCGACTGCGTGCTGGTCTGCAGGATACAGCCAGGTTGG
CCTCTCAATCTCGATGCCTCGTTCTCAGTTCAATCTAACACAAAGCTTCCTTCCCGGGAT
GGATACTCCAATCTGGCCAGCTTGTTGTGGGTTTTGCTCGCCGTGTGATGGACTATCAGC
TGTAGGCATGTAGCCTGTATGAGAAGAAAACTGGTAGTTCAACACTTCAACCGACGGGGG
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ATTATGCCGGCAGTGGACAGAATTTGCTGAGCCCTTGTTTGAACCGGTTAACAATATCCA
TATGCAAGGATTTTGGTCTTGGCGTGTGTACGCGTATACGCAAAGCCTTTAGCATACATG
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ATGTCTATACTTTCGTACTACCTACTAGAACAAATTTCAGTTATGTTCAGTAGCTGATTT
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TGGGTTCGTATTATCGTATTCCACCACATTTGCCAGCGACTGTGATTCTGTAATGTAACT
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CCTTACATAAATCAACAGAGGGCTTAGTATCTACTTTACTTGTGCTTCTCTTTTCTATAT
TTAAACTTTCCATGCACTTATTATATGTATCTCTGCTTAGGGAAAACAAAGACCTGGTTT
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TGAGACTGAGGAGTTACTCAGGAAAGTTCAGGCAAAAGTTTCTTGTAATATTATTGACAT
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TTTTGAGGAGGAAATTAGTAGCAGCCCTTATTCTGTCCTTGTTGAGGTTGGACCACGGAT
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GCGCAATCCAACTACCGTGGAACTTTTTGATATAGCGCAATCCAATAGTGAGCACAGCAG
GCATTGGTTTTTCAACGGAAAGCTTGTGATAGATGGAGAGACCATGGCTAGTACTCTGTT
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CGTTTCACCGTTATCCCTCATGATGCGCGAGCTTGACATTCTGTTCACAGCAGAAACCCA
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AAGAGACACACATGCCACAGGAAGAGGTTCTTTTGTCGTTGCTTCTACTGCTGGTTATTG
TGTTGGAAATCTTCGAATGGAAGAATTGTATGCACCTTGGGAGGATTCCTCCTTTTCATA
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GTTGCCAAATGGGGAGCGTCGAGAGTGGTTAAAACCAATAATGTTCAGTGGAGCGATAGG
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TGGACAGAACGACGCAGAGCTTGATTTCAATGCAGTGCAGCGTGGAGATGCTGAGATGTC
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GGAGATCTGGGGTGCTGAATACCAGGAACAAGATGCATTGTTGGTGAAGCCTGAGAGCAG
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TGATGGCAGTGGAAAGATTGTTTTGATCGACAGTGCTGCTGTGAAGTATGCCAGGTTGAA
TGACCTTCCTCCTCCCATCCCTGTTGTTGATCTTCAGCTTGAAAAGGTTTTAGGAGATAT
GCCTCAGAAGACATTTGATTTTAAGAGAATTTCTCGATTGGGTGAGCCCTTAGATATTGC
ACCTGAGGTCACGCTGATGGATATTCTTAAGCGAGTATTGAAGCTGCCTTCTGTATGCTC
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GACAGTTGGTCCTCTCCAACTTCCACTTGCTGACGTCGCTGTGATTGCACAAACATACAC
AGATCTGACAGGTGGTGCTTGTGCCATTGGAGAACAACCAATGAAGGGTTTACTTAATCC
TAAGGCCATGGCAAGGCTTGCTGTTGGGGAGGCCTTGACCAATCTGGTTTGGGCTAAAGT
TACATCACTTGCCGATGTGAAAGCAAGTGGTAACTGGATGTATGCTGCAAAGCTTGACGG
AGAAGGAGCAGATATGTATGATGCCGCTGTTGCGTTGGCTGACTGCATGATTGAACTTGG
TATTGCAATTGATGGTGGAAAAGACAGCCTTTCTATGGCAGCTCAATGTGATGGTGAGGT
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GACTGTCACTCCAGATTTAAAGCTTGGAAAGGATGGTGTCTTGTTGCACATTGACCTGGC
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TGACTGCCCAGACATAGAAGATGTTCCTTACTTGAAGAAAGTATTTGAGGCTGTTCAGGA
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AATAGGAGAAGTAAATACAATACCAGAGATAGAGCTGGTTGTTGATGGTGAGATGTGCCT
GAATGAAAGCGTTTCAGACCTCAGGGATTTGTGGGAAGAAACGAGCTTCCAGCTTGAGGA
GCTACAACGGCTGAAGTCTTGTGTCAAGCTTGAGAAAGAAGGCTTAAAAAGCCGAACATC
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TGCTGCATTCCATGCTGCTGGATTTGAACCATGGGACATTTCGATGTCAGACCTCTTGAA
CCAAAAGGCCTCTCTAATGGAATTCCGTGGGATTGCATTTGTTGGCGGTTTTAGCTATGC
TGACGTTCTAGATTCGGCAAAAGGCTGGGCAGCTTCTATTAGGTTCAACCTGCCCCTCAT
ACAGCAGTTCCAGGAGTTCTACAATAGGCCAGATACATTCAGCATTGGAGTGTGCAACGG
CTGTCAGCTCATGGCCCTTCTCGGTTGGGTGCCAGGACCAGATATCGGAGGTTCTCTTGG
TGCAGGTGGAGATATGGCCCAGCCGAGGTTCATTCACAACGAATCTGGCCGTTTTGAGTG
CCGGTTTACCAGTGTGGCCATAGGGGAGTCTCCTGCTATAATGTTCAGAGGAATGGAAGG
CTCTACCTTGGGCATTTGGGCTGCTCATGGTGAAGGGAGAGCCTTGTTCCCAGATGAAAA
TGTTTTATCTGGTGTTGTGAACTCTAATTTGGCTCCTCTGAGATATTGTGATGATGCTAA
CAATGCCACTGAAGTCTATCCTTTTAACCCTAATGGTTCTCCTCTTGGTATCGCGGCCCT
TTGTTCTCCTAATGGAAGGCACCTTGCTATGATGCCACACCCAGAGCGTTCCTTCATGAT
GTGGCAATATCCATGGTACCCCAAGGAATGGCAGGTTGAGAAGGGTGGTCCGAGTCCTTG
GCTGCGCATGTTCCAGAATGCACGAGAATGGTGTTCATAGAGCAGGTAAACCTGACTCCT
GAAACATTTTCTCCTTGTTTTGGTCTCTATGTAAGTAGTTCCTCTGTTAAAAAAAGGTTC
CTCTGTTGCTAGCTGTAAACTAGTACATCATGTTGCATAATTCATATTTGGAATCATAAA
CTAAGGTTGTCATGGTATTTACTCAATTCCGATTTACATCTTATTTTGCTTGTGTCAGAA
GTTTTAGTGCTGTATATTTTAATACTAGCATGTATATGCCAACAAAAATATAAGCATGGC
TTAGTTGTTTAGGGCATGTCTAGCAGATCCCTCATAGTATCCCTTATTCCTCTAAAAAGT
CACTCCCTCTGTAAAGTAATATAAGAGCGTTTATATCACTAAAAAGCTATTCATCTAAAC
GTTCTTATACAGTATACAGTATTACTTTACTGAGGGAGTATTTTTTAGGGGATTAAACTT
CATATAACAGATCCCCCGAAACTTACCCCCCCC