Map Locations of contig_117885 (4279 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location No map location




Predicted Genes from contig_117885

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_2011 1 344 bp MLOC_2011.1 Available Available LOC_Os03g08060.1, FRAME:+2, EVALUE:3e-44, 13103.m30165 protein elongation factor Tu, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_2011






Contig Sequence (4279 bp)

>contig_117885 4279 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCACGCTTACTATTCTTACAAGGTTAGTGAGAAAACAGTACGCACGATATTGAAAAATAC
TCCTTCTATTTGGAATGAACCAATCCTGATTATTTACTACAATTGTACTAAATCATCGTT
AATTACAAGATGAACGATGAATCGTGAAACAACTAAATGGACCAGTAGGTGAGAAATTAC
ATTGAATCAGTTTGAGAGACGGAGATGGATGGAGGGTGGACATGATTCTCTTCCGACTTG
TCTAGCTGTAGCTAAGGGCGGAGCTACCTTTGTTTATGTAGACCGAATGAGGTTGCATTT
TTCGACGAGACCCGACCATGCAAGCTAATGCGTAAAAAAATGAAGAACCTTTTTTATGGA
AGTCATATTGGTCATATGCTGCTAACTATGGATATATATAGTAAACAAACTGGTGATGAA
AGTTATTCTGAGGGTCGCCTCTTTTTCACTCTTCAAGTGTGCTCACTTCAGTTTTCTGAT
GTACTATTTTGGTCTACATGTTGGTCAATTGTTATCTCTGTAGTACTTCCATCTGTAGTA
CTCCATTTGTGTGCGTGATCGCTACAAGTTCCATTAAAAATCAAAAACCTCCTATATTAT
TGTCACTTTAATGCGAGGGATTCATAATATTTTCCTTTTACGTATTGTGCTACATATGTG
ACAAAATAGTGATATTCCTGCTATTTTACAGGACTCCTGAGCTCCTGGCACTGTGATGCA
TGAGTGTTGGCAACCATAATTCGGTTAGCGTTTACTATGAAAGAATGAACTACAAGATTT
TCCGTGTAGCCGTAGGAATTCTTGTGTTACGAGAGTAACTAGCAAGTATTAGTTTTGATT
TATGATGCTATGATATAGGAGCCATATGCAAGGGTCTTGAAGTCAACTCTCATATTTTTA
GGTTTATAGTGCTAACAACTATCAAGTAATTTACCACTTTGCTGTTAAATAAATGTATTT
CCTCTTGACTGTCATAGTGCCATGTAAAAATATATGTTGAAATTCGTAGTTATAATTACT
TATGATTTGACTCAACGGTATAAACAAATTAACTTGGTTTACACAATCGTTTTTAAGATT
ACATGCATATTTTCTACCTTGGTTTGAATGTAAAAAAAATGTGGTCGCCTATTATTAGGA
GAAACATAGGCATACATAAGAAGTTTCATTGCCATCTGAATCTTTTGATCATGGGCGCGT
GCTATTCTAGAATAAACCGTGATGTTATGCTGGCTTCTTTCCCTAAATATGGTAATGCCT
TTTTTGCTTTCGAGTAATTTGGTTGCTTGGTGTAAAAAAGAAAATTACCACATTGTTGGC
TACTATATATGGTTTATGTGTTTATAATTTATATAAAGGGGAGTTTGATTGTCAAGAGAA
GAGTGGTATGACATTATGTTGATCTACTACCTCATATAACTTGTTGATGATATACTTGTT
TTTAAGAGAAGTCGTAAATGGTTTGTATATATTTTTTGTGTTTCCACAAAAAACTGATAT
ACATAGTACTTTTTGGTTTCGCCACTCTTTTGTAGTGAATAACTCACATTAATTATCTAA
TACCCGGATATTGATTACAACCCTTTGATATCTTGAATTATTGTTTTCACTTGTGTTTGA
ACCAACTGGTCTTTCCTTGCATGCTTACACTATTTTTTGGTGGAAATGGTTGGCTCATTT
AATCAGTTATCTTGCATTCATTGTATGTGATTTGAATATACTGGCAGAATAGTTCACATG
TTTTTCAGCGATTGATACCCTTTCTTATGGTTGGTGTCAAGATGGTTGAATACGTACTTG
GATTTCTTGTACAAGACACATCTTGTTTCAGTTGGTATGCATGTTTCAGATTTTTAGCTA
GCAAAACTAAGTTGCAAATTATGGTACCATGTCATATTTTAGTATAATCTTGGCTATTTT
TGTTGTTATTTGTAACCTAAATTCCTTTTGAGTAACAAATCTGGATAAAGAGGTGCAGAG
AATATAATCTTAGTGAAGACATTTCAAAGAAGATGGGACAATGTTGTACATGTAAATTTA
TTAGACTAGAGCAATAGCTTTTTATTGCTACTTTTCTCTATTCCCTTCCCCATGTATTTT
TATGCGTTATCAACTTGGAATAGATGATATCTCACAATCAAATTTGAAGTTACTCCTTGC
ATTTTTTAAGCTACTCTACAAAATTCATAACATGGTTGGGCATTGTTGTCTAATACATCA
TGATTCATTTTCTCCACCATTATATGCAATTTATTTGTGGTTGTATTCCTTTTACCAATT
GTTTATTTAATTACATTATGTTTATTTCTGCTTGTACTATCTTCTGTTAGCTGTATTGGA
CCGCATGCCCACCATTGTTCTTCTTTTGAGAACCTTTCATTGTTGCTCAACTTACATGAT
GATAGCGAACCGAATATGGTGCCTAGCTTTATCTACAAGCGTTGTTAGTGTCTTTAGTTG
GATCTCTAAATTCATGTTTATCGTGATTTACTTATGAGATGCAATTTGTAGCAAGCGTGT
CTTTTCAAGAAGCATTGTGGAGACGTGCATTGCACGTGCAAGCTTACTAGTCATCCAAAA
GTTACGAAAGACAGGTGAAAAACCGTAAAACCCAAAAATTCAAAAAAACCCACTAAAAAG
ACGAAAACGCGTGCGAAAAATTAAAAAAATAAATAAAATCCGAACGAAACGCTCAGAGCA
AGACATATGACGATGGCTGAAAACGCGCCAAGTGACGGCGCGTAGGAACGATCGCTGGGA
TGCTTCCGAGAAAGCGTTTGTTAACTAGTTGCTCCCTGCGTCTTCCCTTCGAGGACGTTT
ACAAACTTGGTGGCATTGGAACTGTACCCATTGGCCGTGTTTAGACTGGTGTCATCAAGC
CTGGTATGGTTGTTACCTTTGGTCCCATTGGTCTGACAACTGAGGTCATGTCTGTTGAGA
ACTTGAGATTTTTTTCGAAATGGAGGCTGAGTCCCGGCCTCTGCATCGTTGAGAACTTGA
GATGCACCATGAGTCTCTCCTGGAGGCGCTTTGTGGTGACATTGTTGGCTTCAATGTGAA
GAACGTTGCCGTGAAGGATTTGAAGCGTGGGTTTGTTGCATCCAACTCCAAGGATGACCC
TGCCAAAGAGGCAGCCAACTTCACCTCCCAGGTCATCATAATGAACCACCCTGGTCAGTC
AGATTAGCAAAGGCTATGCCCCAATGCTGGACAGCCACACTTCTCACATTGCTGTCAAGT
TTGCTGAGCTGGTGACCAAGATCGACAGGCGATCTGGTAAGGAGCTGGAGGCGCTGCCCA
AGTTCCTGAAAGAACGGTGATGCCGGTATCGTGAAGATGATTCCCACCAAGCCCATGGTT
GTGGAGACCTTGGCCAGCTACCCTCCTCTTGGCAGTTTTTCTGTGCGTGTCATCAAGGGC
GTGAAGAAGAAGGATCCTGCGGGTGCCAAGGTTGCCAAGGCTGCCATCAAGAGGGCTCCA
GTGTCTGCCGCGGAGTTGTATAGCATAACCTGTAGTGTGAAGTTAAGAAGAAATTTTGGT
GTCTCTTATAAAAATGGGAGTGCCTAGAACTCAGCTAGCTGAGATTTTCTATGGTCTCAT
TCACATAATATTATTGTATTTTTGTATTTGTCTTTTTGTTTCCTTTAGTCCATCATTTTA
TTTTTTTGGGCTGACATGTCATATTTTTGGTTGTTGTTGCTATGCATTTCATCTAGCCGG
TCCAATAACTACTCGTTTGATTTTTATTGCTGCAAGTCGCATCTTTTGAAAAAAATCGTC
GGTAGAGAAAAAAAGAATGAGCAAAAAAAGCTACATAATGGCTTGTTAGCTTCAACTACT
TTGACCACTAAACATTTTTGTACAAAGAAGTAGTGTGTCCTTATTATATGAATTGTGATG
TAATAATTTGTATTTTTCTTAGTAAAAAACAACTTGATTCTACCTTTTTCATGTAGTTGT
TGCACAAATAAGATTTGAAGTTGCGACCCGTCTGTGAATACTTGTAGTTGCGACCCGACT
ATAAATACTTGCAATTGTGCCCCGACTATGAATACTTGCAATTACGACCTGACTTTGAAT
ATTTGCAGTTGCGATTAGACTTTGAATACTTGTAATTTGTAATTGCGACCCGACTTTGAA
TACTTACAGTTGCGATCGGACTTCGAATACATGCAGTTGCGACCCGACTTTGAATAATTG
CAGTTGCGACCCGACTTTGAATATTTGCAGTTGCGGCCACATTTCATATCTTGCAGTTGC
GACCCAACTTTGAATACTT