Map Locations of contig_115281 (6736 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_115281

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_1706 1 633 bp MLOC_1706.1 Available Available None
MLOC_1707 1 304 bp MLOC_1707.1 Available Available None
MLOC_1705 1 1592 bp AK357584 Available Available None





CDS Structure of MLOC_1706






CDS Structure of MLOC_1707






CDS Structure of MLOC_1705






Contig Sequence (6736 bp)

>contig_115281 6736 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGCCGCCCTCAAGAGGAACCGCGGCCGCGACTGGTCCCGCGCCCCCGGCGCCGTCCGGGC
CAAGTACCTCCGCGCAATCGCCGCCAAGGTACCTCAATAGTCTCTCTGCGTGTGTGTGTG
TGTGCATTGATGGTGCTAACTCAATCGGTCAATCAGTCAACTTCTCACTACTAGTACTAT
TTTACTTACTTCTTATGGGTGCCAGATGCACGCTAGATCCGTCAGCGGTCCTCCTCTGCA
GCTTCCCTTCCCTTTCATGTGTGTTTTCTGATTACTACGTAGTACTGTGAGCGAACCACC
AAGGCGCACATGAATGGTAGTACCAAGCTCAGTCTAATTTCAAATACTACAACAAATTGG
CAAAGTAGCAACATGAATGATAGTGCTGAATAGCAAAAACCGGATCTGTCTTCTCCATCA
ACAGCCGCTAGCTTTTGTTCAGGGCCTCTTCTTTTGGCACACGTGGCTGGCACTGTATCG
GTTTATGAATCACAAAGTTACTGTTATGGTGTGCCGCACTAGTACACTCTGTGTATGTAC
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TGTATTGTCAGTTTTTGATGCATCTGATTTCCTTCTCCTTCAGATGATTGAGAGGAAATC
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TTAAATGCCATCTTAAGAAGGAACCTATTGGTGTAGTTGCTCTAATCACACCATGGTATG
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CAAATCCTTCATATAGTAAAGGAGCTTTAAATTGGCGTCGACGACTATTAGGCTTAGCCA
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AAGTTTTGGCTAGTGTTACTAAACTTGTTATGGATCGATACAACCCTCAACCCTGTGTTT
TCTCCTCATCCAAATATTTCTTTTCCTTACTGGCACTGGTAATCTGTTGTCAGCCCTGCT
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TTCTTTTCTATATTGTTTTATGATATAAAATTAAATTATTTGGTCTTGACGTTCTTTGTT
TGACACATTTTGCTACAGGAACTATCCTCTCCTGATGGCTGTATGGAAGGTAGCCCCTGC
TCTGGCAGCTGGTTGTACAGCTGTACTGAAACCATCTGAATTAGCTTCCGTGTAAGTTTA
ACATTTGTCCACCTTTCCATTTTATAAGCAATGGGAATTGAAATATCTCTATGTTTTTTT
AATTACCAGGACTTGCTTAGAGCTTGGTGATGTGTGTAAAGAGGTCGGTCTTCCATCAGG
TGTCTTAAACATTGTGACTGGACTAGGTAATGAAGCTGGTGCTCCTTTGTCATCACACCC
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GAGTATATTCCTCACAATATATGGCTTATTTGAACTTTTAGGTTGCATTTACCGGGAGCT
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GTCTCTGTTTTTAAAAATCTTTGTATAGTAATTTATCACCAAGCATCTGTTGTTTTTCCT
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TCTCACCTTTTGTGTTGCATCTTTTCTTGACAGCCTGTTACATTGGAGCTTGGTGGCAAA
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CTTATCCAATTCGAAATGTCATGTGTGGAATCACTTAATAGAGCATGGTGTTACCCATCC
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ATTAACCTGTAAAACGATAATAATGATGTCTATATTTCACCAGACTTTCTGCTTGTTCAA
ACTGGCGTAATTTTTTATGGAGGGTACATGCAAGCTGAATAATGAAACGAAGGATACATT
TAGTTCTTAGCTAAGCTGGGCTATAGCCCAAGTAACTTATCCCGGCTTTGTTGTGCTAGC
CTTGGCTAGCTATTTGGTTTAATCTGACTAATCCTAGCTTTTGGAGGATAGTTATGTTTT
GTGGGGAAGCCCCCTCAGAGATCCATATGAGTTACCAAAGAGCTGTTCTTGTGTGCGATT
CTTGCCCAAAAGTGCAAGCGGATTTGGATCACACAGCTACTTTTGAAACTTTCCTAGGCT
ACATTGCCGCCACCCTCAGAGATCCATACGAATTACCAAAGAGCTGTTCTTGCGTGCGAT
TCTTGCCCAAAAGTGCAAGCGGATTTGGCTCACACAGCTACTTTTGAAACTTTCCTAGGC
TACATTGCCGCCAAAGAGTAATTATGGTTGTTCCTAAACGCCCAACCTTGCTGGGCTGGT
CTAGGGGTTTTCTTGCTTGACGCCCAAACATACCGGAAATTATTTCATCACTAATTTTTG
GTGACAAGCAAGGCACTTATTTTGAACTGATTATAAAAACATGAGTAGTGTGCTTTAGCG
CTGGAAACCTTTACGATCTAAATGTTTCTAGACAGTGATTCACTCAAGTTAGTTGAAGCA
TACATTTTGAGTGAATAATATGATTCTGTTAAGTACTCCCTCTGTCCCGAAATTATTGTC
TTGGATTTGTCTATATATGAATGTATCTAGTCACGTTTTAGTATTTAGATACATGCATAT
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AGATTCGATTGTTGATCCTTCTATTTAAACAGCTGTTGAGTGGACTCTATTTGGGTGCTT
TTGGACCAATGGTCAGATTTGCAGTGCGACATCTCGTCTTCTTATCCATGTAAGTATTGA
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ATAGCTCAGATCGGTCATCAACTTCTCATTTATGATTATTGTATGATACACCACTGTCAG
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ACCCGTTGTTTAAAGTACATGTTTTAGCTCATTTTTCTGGATCGCTGTACTGTATGGCTG
GCAATTGGGAGCAATTTTCAAAATGTTCCTCTGGAAGCTATATACCTTATTTATTAATTT
ATTGTTCTTAAACATATGGCAGTCGGCTTTGCACTCCTGACATCAAATTTTTTGCAGAAA
AATATCGCTAAAGAATTCGTTGACAGGATGGTTGCATGGTCCAAAAATATCAAGGTGTCA
GACCCGCTCGAGGAGGGTTGCAGGCTTGGGCCAGTTGTTAGTGAAGGACAGGTAATACAT
GTTAACTTTATATAAATTCAGGGAGAGAAAACAAGGGAGGTCCCGTTTGTCTTTTTGCTG
GATGTACGTTCTCTTTTAGTTTATTTATAGTAATATAGTTTGCTCCTTTGAGTTACCAGT
TGCAGCCTCTCTTGTTCTTGCTAGTTATTACAAATGTTCTTTGGATTTACTTTTTATCTT
TTTCATTGCAAGAATTCATGTTTCTGTCATAGCCCCATGACAGTGACTGAGAAAATTAAA
CATCATGATCAATCCATGACCATCCAGATTTACAAATATTCTTTGTGTCTGCATATTACC
CATTGCTTAGACTCATTTCTTTTAGTACTCTTACTTGTGGTGTTGCCCGGTTTCAGTATG
AGAAGATCAAGAAGTTTGTAGCGAATGCTAAAACTGAAGGTGCGACCATTCTCACTGGGG
GTGTCAGGCCCAAGGTAATTCCCAGTTCACAGATTTTTGTACATGTACAGGCACTCATGT
GCTACTAGAATAGAGCTAACGTTTTGTGTTTTTGCAGCATCTGGAGAAAGGTTTCTTCAT
TGAACCCACAATCATCACTGACATCAACACATCAATGGAGATTTGGAGGGAGGAAGTCTT
TGGTCCAGTCCTGTGTGTGAAGGAATTTTCTACCGAAGAGGAAGCCATCGAACTGGCCAA
CGATACTCAGTGAGCTACTTATTCGGTTTCAATAGAGCATTTATGTCCTTGCTGCTTTGG
CAGTACGCATCATATATGTCAGCCTATCGCTTGTGAGCTTACTCCGATAACTTGTCCCCT
TTTGACAGTTATGGTCTGGCTGGTGCCGTGATTTCCGGTGACCGTGAGCGATGCCAGAGA
TTAGCTGAGGTATGGAGGAGTCTAACATGCTTTGTTATAACGTTGATAGCTTTATCTGCT
ACTCCAAGTTGGTGTTACTTGAGTAGTGTTGCAAATCGCTCTTGGGACTGTTCTGCTAAC
AAGTGTCTAATGGCAATTCCAACTACAGGAGATCGAAGCGGGATGCATCTGGGTGAACTG
CTCGCAGCCTTGCTTCTGCCAAGCTCCGTGGGGCGGGAACAAGCGCAGCGGCTTTGGGCG
AGAGCTCGGAGAAGGGTGAGCCGAGATCGTGTTCCCTGACGTTTCTACAGGCATGTTGTA
ACGCCCGCGCCTTTTATTTTGCAGGGGCATTGATAACTACCTGAGCATCAAGCAGGTGAC
GGAGTACACATCTGATGCGCCGTGGGGGTGGTACAAGGCTCCGGCTAACTAGGATGCAAT
TGAGCTGTTTCGAGGACCTGTATCTGTTCCATCAGGATAAATCTGTGCGTTGGCCTTTGT
AGTGGTGAGAATAAATGTAATTTGCCATGGACTACTACTGGACCTTTCTTGCAAAATAAA
TGGCATGGGTTTTGTGGACATAGGGTGTGTGACGAGGATTTATTTTGCAAAATTAAGGTG
TTTGGAGTATCTCCAACAATTCCCCAGTCTATATCAATGCTATCTATATCGATGATGTGA
ATGTTATCATCGGCTACGCAAATTGAGGATGTAAAGGAAGCTAGGTCTTACCTTAAAGAC
GGAGTTTGAGATAAAAGAGTTGGTAAAAACCTGGCTCTGCTTAGGCTTACAACTTGAGCA
TGGGAATTTCAGAGACGAATTGCACTAGGCCTGATGTAATGCATCCCCCAACTTGAACCC
GTTGTTTTGCGTCAAAACTATCTTTACGAGAGAAACCAAAACTTGACTATGATGGGCTGA
TCGTTAATTGTTTTACGACTAGAACTTCAATTTCTTGGCGGTCATGTAAGCATGCCCTCA
TAGAGATAGTTGCTTTATACGAAGCCCCACGAGAATGTGCCTGGCTCAGACGAATTACTA
TCACATCAAGAAGTCATGTGGAACCAATAATATCAAGGTTTTTTTCACTGTTTTGACCCA
CAAGACGAAAAAAAATGCACAGAATAAACTCGATCTGAAAGTATTTCACGATCTAATCCT
TTTAGAAACGTCAGAACCCGTGGCGTTGTTGGTGTATATAAAAACGCCAGTCTACTCTCA
CGTTTCTGCTCTAAATACAGACGTCTGTCTACTGCGGCGTTGCAGACCGCACGAAAAACG
CCATGCACTTTGGCGCTTCTATGCAGGCTGCAACGCCATGGAGCTTGGCGTTGCAGACTA
GGGTCGCCCTGCCTGACCGCACGGGCTCCGTCTATGCCGACAGCGCCCGTCCCAACGCTT
TTCTCCGCACATGTGAAGAGTAATCCTGAAATTGTAAATAGCATCCTGAATCAGGCGAAC
CATGAAGTCAAACGACGGGAATCAATGAGACAACCATGAAGTTGTAAATAGCATCCTTAA
TCAGGCAAATGACGGCATACAATTGGAAGTCGACACGGACTGGATAACTGAACCGAGTCA
GTGCACTCGCCAGCACCCGACAACGCTCGGGCTCCCCAACGGCGTGGCATCCAACTCCGG
CCTCCATGGTGGTTCTTCTACACAGGAGGAAGACGGGATGCCCGACTCATCCACGCGTTG
CCGCTCCAGACCGTGGCTCGCCCCGCGCCGCCCGGCCGTCGCACGCGCCCGGCCGCCCTG
CCGCCGCACGCGCCCGACTGCGCCCTGGCCGCAGCCGCCCAGTCGCGCCCCCGCGCCGCG
GCGCACCGCCCGCCCCCGCGCGCACGAGGGGGGACCTGCCCCTCAACCCCCTCCTCGGCC
TCGCCTCAGCACTGCG