Map Locations of contig_115203 (9379 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_115203

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_1697 2 2604 bp MLOC_1697.2 Available Available LOC_Os02g54160.2, FRAME:+2, EVALUE:1e-92, 13102.m12340 protein AP2 domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_1697






Contig Sequence (9379 bp)

>contig_115203 9379 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATCAAGTTTCTCCATGAATTTCATAATAGCTATAAATTACTTGTCTTCATGATCCAACA
TAGTCTCTTGAGAGGCACAATGAATTCTTCACTTAAATTACTTTCTTGAAGATATATTCA
TCCATGACGCAACATATGAGATCATCATGATCCTATTTTCAAGACATATGTAGAGTTCTT
CTCTTTAATTATTATCTCAAGATCATGATCCAGCATGGTTCAACCCATAAGCCAAAGCAT
GAGAATGTCTAAGAGTATCAATGAACTCTACATAGATCACATCTTGTTCATCACATTGGA
TTCATCTTGATAGTATTGTATTTGATTCAATCATTGATCGTGGAACAAGCATCCATCAAT
TCATCCAGTATTCTTCATGCATTGCAAAATGAACTTTCCTTCAAATGTATAACTCAATGC
AAACATTAGTCCATTAGGATTTCCATAAATTACCAAAACCACACAAGGGGACTACATGCA
CTTTCAGCTTCACACACCCAACTGTGGCATTCTGCTAATATTTTTGTTGGTTTTTTTGAG
ATAATTCTACCTCCAGAACCCCACTATAAAATTTTGCTTGGCAATTCGATTCATACACAA
TAATTGGTTAGCTAGCATTTAATTATTATGTAATTTTTTTGCAGGATTACATTCTTTGAT
TAATTTTTTTCATGTAATAATATTGTTGAATGTGCATAAGGTCTAATTACATGCATGATA
CCTCCTTTTATTATATCTTTTGTTCATGATTTTTGAGAGTACATTCAAACGTAATCACTG
CCTTGTCCCCGACTATTGTCTTGGTCAGATCACGATCCGAAGAGAACTACCACGTTGACC
TGCAAACACCCCCCACAACCTAGCACATCGAGCAAAGCAGCCACACGAGATAGGAGTTAT
CAGGCCAGCCATTCCCGTGGGAATGGAATCCATCGACGTTGGAGATCCACGAGTTGCTTC
CGTCATCCGCTACTAGAAATCATTGTTGTACTCATTCGACCTTTATGGTCTGGTATCGAA
ATTTTTGTCACTACTTGGAATTATGTATCAAGGAAGTGTCCACTAGCAAACGGTAATTTT
GGGGATGTTTATGACACAAGGGTCATTTGCTGGGATTTTATGTCTCGAAAAACAGGCTCG
GACAAATTACTACCATAGTTTTGTTATCCGCTTATACTATAGTTTCCATGACTTATATTG
GTAGATATAAATTTTGGAAATGATAGTATACATTAGCTAATGTTTAAAAATTATTATGCA
ACTTCTCTTGGCAGTACATGAATTGTTGATTTATTCTTATGTGTACTAATGTATCTCACG
AGTTCTTGTGAAGTTTTCTGTGGATGACGTTTTGAGACTTAGGGGAAACCGTGATATTAG
AGAAATTAACGAGACATGAAAGCTCAAGATTTGGGATACCCAAGGCTCCCCAAGTCAATG
TTACAAGAAGTCTAACACATCTAAGCTTGGGGATGCCATGTTAGGCATTTAACCTCTCTT
CATCAAGAATTATCAGTTAGTCAATGTTGATCCTAAGTTTGTATTTATTCAAATGATATC
TGCTATTCTTGGAGTGTACTTTTGTTTTGTTTGTGGTTTCAAATCATTCTTTAATCGGAA
ATCCTTGATTGAGAGAGTCTTGAAGTAGCTACCTATTTACTTAACTACTCTTTGTTCTTC
ACTTTTATCTTNNNNGAGTAGTTTGATGTCTACTCTTGTGCTTCACTTATATCCTAAGAG
TAAAATATGAATGAATTTAATTTCATAAATATAAAAATATACATGTGCCTTATGCTGGGT
AGTGGTTTCATATTGGGTTTAGAAAGTAAAATCAATTGAAGTTTGACGATAACAATTATG
GTCATACAAGAAATTCATGAAAGACTAGTATAAGGAACAGAAATTTCACATACAAATATA
TTATCTTGGACATCTTTTATGATTGTAAATACCCATTAAGTATTTTAAAACTTGATCAAG
TAGTTGATGTTGGATATGTAAGAAAATGTAATGGTTTATGTTTTGGTACATTTTCATAGA
ATTTATATTGTTATGGATCTTCCAACATGTGGTGCTTCTTCATAACCTTTTGCTAGCCAA
AATTTCTGTACTAAGTAGGATTAATGCATGTGCATCCAAAAATCCTTGATCTAAGTTTCT
TCCATGAGTTTCCACCATATTTACCTATATACGGTATTACCCTGTCGTTCCAAGTAAATT
TGCATGTGTCATCTCTAAAACTTTCAAATAAACATCTATTTTGTGTGCCCATACTGCCCA
TGGAGCGATGGGGCATTCATATCTTCTATGCTAATCGAGTTATTTTTATGATGGGTGTTT
ATTCACTTGTAATTGCACGACAGAGGCTGGTAATAGGGATGCACAATCCCGCTAAACAAG
AAATAAATAAATAATAATAATAAAACATAGCCCCCTAGAAAGTTTATTGTTTGGAGGGCA
CCCGTGAATTCGACTAGGCATGACTTGTGTTTGTATGGTTGAGTGGTAGTAAACTTTTCA
TTTCCGCATGGCAACCACTAATAATGTATTTTACATGGAAGATATTGAAAATCCTTTATC
GTGACGTTGACAGGACAGGCACACCACCCAAAATATGCATTTATCTTAGTTTTAAACTTT
GAGCTTTGGCACCTTTATTAATCCCTGCTCCCCTCTGCGAAGGGACATTCTATTTACTTT
CAAGTTATTTAGTTTTCATGTTGAGTGAACTTCTTATTTCAACCTACATCTCTACTTGGC
AAGCATCATGTGGCGGGGAAAGATCCATGAACATACATCAAGTCAAATATATTTGATCAT
GAGTCATTATTATTGACAATTATCTATATGATAAGTAAGTTGGGAAGCGAAACATTAAGC
CCCTATCTTTCTATGTGTTTGATGGATGTTGTTTGTTATGAAAATATTCTTTGAGTACCA
TCAATCATAGAAGACTATATGATAAGTGAGTATGTTGATCTCTTACTTAGACTTTGTAGA
ACATATTATGAATTGTAATTATTTGGCGACTAAGAACATAGGTTGTTAAGTTTCAAGAGA
ATGCATGATTTGAGTCATGACACGTGAATTGATTTCTACTTTATCATGATGAGTTTTATG
AGAAAGAGTTTCTGCTTATGATGCTAGGAAAAGTGATAGAGATTATCATTGACCAAACTT
ATACACTATCATAGCATTCACACTTCATAAATTATTTCTTTTATCATTTAACTACTCAAA
GACGAGTAGGAATTATGCTCGTGGATGTTGATACATCTCCAACGTATCGATCATTTATGA
AGTAGTCATGCCATATTTACAATGACTTTATATGGTTTTGGTGCACTTCTATATGATTTT
TGGGAACTAACCTATTGACCTAGTGCCGAGTTACAGTTTCTGTGTTTGTCTATTTTTTGT
TTCATGGAAACTCCATACCAAAGAAAGTCCGAATGCCACGAAAATTTATGGTGATTTTTA
TGGACTAGAAGAGACCCAAGGAGACTTAGAGATGGACCAAAGGGTTGTCAGGGGAGCCAT
GAGACTCGAGGTGTGCCCCCTGAGCTCGTGGGTCCCTTGGATAACCCCTGGCATAGATAG
GGCAACCCCCAGAAACAAACCTAGAACTTCCTCTTCTCCACCACAAGCGTGTGCTCCAAA
ACGATCTCATCCAGAGCCTTTTTTAGGCACCTTGCTGTAGTGGAAAATTATCACCACAGA
CCATCTACATTATCTAGGCGGTATCCATCACAAGGAGGGAGTATTTGAGTCCGAGGCTGA
GGGTATGTACCAGTAGTTATGTGTTGGATCTCTCTCTATCTCATGTTCTTAATTTTGCAT
GATCTTGATGTACCACGAGCTTTGTTAATATAGTTGGATCATATAATACAAAATTAAGTC
CATCAAATTTGTCAAGATCTTGATGTAGCTAGTGGGCCTAATTTTTTGCACGATTTTGAT
GTAGCTACTAGGTCTAGTTTGCACTACCCTGCTTTACATCAAGATAGAGACGGAAAATGC
TAGTTAGTACTTCATACAAAAAAATCACAAGGGAGGTGAGTCATACAATCTTGAGTAAAT
AAATGGCGTGCTACTAAAGATAAAGATTCAGTTCTCCATCCATTCATTTCCTAGGGCCAT
TACTGAAATACCACTTCCGTCAAGGGGCCAATGCAAAAACATTCCCCCGAATGGAAATGC
CCGCTTCTGGAACCTACATCATGACTTTCACCCGCTCTACGACCTCTCACCGATGTGTGG
CCCCCACCATGCACCCCCTCACAAGGGTGACGTTGTCATGTGGCCACCGCATATATAGGA
ACAGTCCTCGACCCCATCTTCCAACCTACACACCCGCTCCCCCGCTTCATTAAAAACTTT
GCCAAGTTACCAATTCCGGCGAGGTTCCTTTTCCTCAATGACTATGATGAGGCACTAGCG
GTCATATGTAGAGGTGTGGTCGTGGAGAACATAAAGACGCTCATTGTAGCGGAGGTACTG
AAGTGGCTTGAGAAGAAGAGAAGCCGTGACAAACGACACTTCCTGGGGCATATCAAGTTT
GGGATCGGGCTTGAGATGGAGAAAGAATGGGAGGAGTTTCTGGTCGACTCCACGGACTCC
GACTTGGACCTCGGGCATGATGGGGTGGTTGAGGAGGATTACAACGACGACGTTGTCGAG
ATCAAGCCATTTGTCTCCATCAGTAGGTCCCTCTCCAAAGGTATTGGCCCCATGTCGCCA
GAACTGCTTTTATTCAGTGTATTAGGCCTTTTCATTCTTGTTTACTGTAGAACATACTAT
ACTACCCCAATTTCTAATTTTTAGGTAGGATAGAAGTTTAAAGCCGTGTATAAGCATAGC
TACAATATATATTTTCTATTTTTACTTGGTTTACACTTATGTTTCCTGGTTTGTCTGGTT
TACCCTCGTATGTTTTTTTAATTTTACGCGATTTACATTCCTTTTATCTCTATAAATTGA
GTGCCAACAAAAATTTACATATTGATCCCTAGGTAACAGCGTAATTTATGCATCAACAGG
CCTACAAAGGCCGCTCCCAAGTTAGATTTCCGGTTGCATTGTTAGGTAGGATAAAGGTTT
ATAAGCCATGTGTATTGTTAAATCTTGGATATTTATAAATTTTTCTATTTATGGTTTGCA
CAATTTTTATGATATTTGAGTATAAAAAACTCATGAGTAGATTTTCTATGCAAATTATAT
ATTTGGACCCAGAGTTGTTGCTTCATTCATGCATCGGCCAGTCTTATCCTCCACAAGAAA
CAAAACCACCCTCAAATTATTATTTTTCGGTGTTAAGTAAGACGCAAAGTCGTGAAGCAA
AGTTGTCATGTTAATCTACAAAAATAGTTAATAATGTCTATATACATGGTAAATCATGAG
TGCATTATAAACAAGTTGCAATGCACATTTATAATTCATAAACTAAATGTATAATAAAGC
TCATGATTGCACATACGTGACAGTATCTCAATGGATAAGTAGATATGTGTGATTTACTAG
GATCATAGAGTTACGAAGTTATTTATAAAGAAATCTTGGTTGATATTAAGCAAGACATAT
GGCCATAGAGCAACGATGTCATGTTAGTTTAGAAAATGTCAGATCTCCATATACATGGTT
AGATCAAGGATGCGATGAGAAATTTGCAATGCTAACTTACAATTTATTTAAGGCTAGTTA
TTACACTTGAAGTAAATGCAAGTAACTCAATGGAGTAACTTCTAATTTCTTTGATTACAT
TGGAGTGAGTAGCTATAGGTGATTTACAAAAATCCTAAAGTTACACATAGTCATTTATGA
GAAGATATTGGTTGGATGAACCTGTCCAATAAATCCAGACTGAAGGCGTATGCGAGTAGT
AGTAAATTCATAATATAGATGTGTACTACAATCTTGAGATAATAAATGAAATAACTAGCT
ATACGCTTATTTGCAAGGATCTTAAAATTACATACAACCATTTATGAAAAGATATTAGTT
AATTAAATGTTTGGTTGGATGAATCCGTCCAATAAACTCGGGCGGGCTGAGTAGGACCGT
AGTAGTACACTCATACTAGAGGTGTGTAGTATAATCTTGAGATAATAAATGGTGTAGCTA
GGAGTCATTTGCCAAGATCTTCGCATTACACACAATCATTTATGAGAATATTTATTAGCA
TTACGCACCATCATTTACGAGAATACTTTATGTTAAGTGTTCGGTTGGATGATCCGTATA
ATAAAAATGGATGAAGATTGCACGACAGTAGTAGTACAGTTGTACTATAGGTGTGTAGTA
CAATCTTGAGCTCATAAATGAAGAAAATAATTATGACTTATTTGCAAGGATCTTAAAATT
ACATACAATCATTTATGAGAAGATATTAGTTAAACGTCCACATGGGACGTACGACCACCA
TGAGAAGATATTGGTTAAACATCACAAACGCATAGTGCAATCCTCACGACCTTTAAGCCG
CCCATGGTGTTGCGGAGGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTGGTGGTGGTAGTCGATGCTTCAC
AGGGATCGGCGGGCTTCAGGTCGAGCTCCGCTTCGACGATGACGAGGGGCGCTTTAAGGC
CGACTTTGAGGACTTCAACACCGACTCTGGGTACTCCGACTTGGATCTCGGGTGTGGAAG
TGTGCCTAAGGAGGATGAAAATGATTAGCTTGTCAAGGTCAACCCGTTCTCTGCCAAGAC
ATTCCTCTCGAAAGATATCAGCACACAAGAACATGCAAAGGAGAACCTGGGTACCCGCGT
ACCCTATATGAATTTTTTTTAGTAATTCAAAAAAGGTTTAAAAAACTCGTAATCTTTTTT
GGTATCAAACATCAACATGTATTGTAGTCGTATAAAAAGATCCATCAGAGAATGACTCTC
GTTGCATCATGGGTCAAAGATTCGGCAAAAAAGCTATATACAAGTACTATTCACCCTATA
TTGTCGTCATCAACTTGTCTTTTTTGCCATGAAGTCAGTAGGAATCATTTCTTGTCCAAA
TTTTTATACGAGTACACTACTTGACCATGTTTGATCCCAAAAAAGATTTGGAATTTTTTT
AAAAAAAATTTGGATTACTAATTTTTTGGCACATATAGGATGTGCGGGTACCCGAGAGCA
CCGAGTTCTCGTCGATCGGCACATATTGCTTCACTAGATTTTAATCTGCTTGTTTTATAA
CCTTTTGCGATTGACCACTATAGAAGCTAATATATTGTGTGGTTGGCTCAAATTCCTTGG
ATAGGAAAAGAACTTTTGTGGGGTTGGTATTGGAATGCTTTATTTAGGGGTACTAGGGCA
TCTCAAATCTTGTGCCACAAATTTGACATACTAAACATCCGTGAATATGTATAGACACGT
CTGCGGAACCAGATACGGAAACCGACCATTCACCCTATACCTCAAATAATTGCCTCTATT
AACTTAAAAACTAGTAATGACCTTACATCAAATAGCCATGGTGTTCCATCATATACAATG
ATGTCTAGTTTGTGAGAGCCGCAACCTAATCCACTTCCAAACAACCATTGAGAGTTGCAA
CTCTTCTGCAAAATAGCTTGTCAGAGATGCAAACCTTCCACCAAATAACAATTAAGAGAA
ATCAAACTGATTTCTAAATTATTTTAATCACTCCTTCCTCCAAAGAAAACAAAGAGGAGA
GAGGTTGTGGCATGGGGTACATGGTGGTTTCTTATTGGCAAGGAAAATGCGTGAACTCCC
AAAGATCATCCCCAGCTTAGCATATGATTTGCACAAATTAGGAGGCTTGAATGCGTCCAC
GGATATATCATGTATGCGACACCGGATTGGATGAAAAAAAATTGGTTGGATGCCTTGGCA
CCTATTTGTTTAGAGATTTTGGGTTGGAGTGGATTGGATGTTATGAAGTGAATTGGGTTA
AGGGCTAGCCTTTTTTCGTTTCTCAGCCATGTTTTCCTAAAATGATTAGGCTGGAAGGCT
AGTTTAGGCATTGTTGCTTCAGGGAATTGATTTTGGTTGCTAGGTTGTCGACTTATGATT
TATGTTATTTGTGAGCTTTGATGGTGATTCATATGTTTAGTGTTTATAGTCAAGAGGGGT
TGAAAATCCACAGAAAAGGGCCGAATTTCTCAGTTATTTATGGAGGTCTCGGCCTTTTGG
ATTGTTGCCTTGTTTTAGATGGCTGTAGATTTGCATGGAGATTTTCTATACTTGGCTCAG
TGCTCCCTTGAAGGATGTTGTAGTGACTTTTGAGTCCTACTAGAAAACAATCATTGTTTC
TGCATAGTCGATAATGGAATATATTTTTTCGGGTCGTCAATAATGGGATTCATAGATTAA
TAATTATAGTATGATGGCAAAGGTCTATATCATGTGATTTGTTCATCAGAACCATAGATT
TCTATAAGTTGTGATGTACTTTATTTTATTTGTTTTGTGGGTGAAGGATTCTTTCACCCA
AACGTCCCGCGATAGTGCAATGTTATAATGATTGTGATAGCATACATATTAATTCATGTC
TATAATGAAATTGATTACTTTTTGTCAGACAAGCTTGTGTGTGTTCGTCTATCTTGGCAT
TAACACTGATCTTCCATTGATCTTCCATCGCAGATGACTTATGCACCATGCCTACTGGTG
GTTTTGATAGTCCTGCACAAAGGTCAGCAAAAAGGAAGAGAAAGACCCATTACAAGGGTA
TACGGCAACGCCCCTGGGGTAAGTGGGTTGCAGAAATTAGAGATCCTATCAAGGGTGTCC
GTGTTTGGCTTGGTACTTTCAATAGTGCTGAAGAAGCTGCAAGAGCTTATGATGTTGCAG
CACGCAGGATCCGTGGCAAGAAGGCCAAGCTTAACTTTCCAGAGGACAGAACATTTGCTC
AGAAGTCTCGTGCTCCCCCTACTGCTCCTGAAGTACCCAAGCCAAGAACATCACGGGAAC
ATATTTTCGTACCAGCAGTCAACAATCTTGGCAACCGAAGTTCTTTCGTCTACCCATCTG
CTAGCTTTGCATCAAAGCATCCAGTTGTTCAGCTTGACCACGTGTCAATGAGCTCTGTTG
CCCCTGTTGAAGCTCGTGTTACAAATATGTACTCTGACCGCGGAACTAACTCCTTTGGGT
GCTCTGACTTGGGCTGGAATTACCACACCAAGGCTCCACATATATCATCCACTACACGCA
TTTCTACCATTGTCGAAGGAGATGGATCTCTGCATGTCAAGAATAACACCAACAACTTAA
TGGTGCCTCATGTTATGGAGAATAATGCTGCCAATTTTGAACCTTGGATGAGATATCTTA
TGGATAATAGCGTGGATGAGATGATTGATAGCCTACTGAATTTTGATGTGCCTCAGGATG
CCGTTGGCAATATTTCTGA