Map Locations of contig_112058 (5671 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_112058

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_1378 1 666 bp None Available Available None
MLOC_1376 1 1019 bp None Available Available None
MLOC_1377 2 1002 bp MLOC_1377.2 Available Available LOC_Os04g11130.1, FRAME:-1, EVALUE:2e-13, 13104.m01008 protein DEF9 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed





CDS Structure of MLOC_1378






CDS Structure of MLOC_1376






CDS Structure of MLOC_1377






Contig Sequence (5671 bp)

>contig_112058 5671 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATATATTAGATGGCATTGAGTAACCTTAGAATTATCTTCTTTTTAGCGATACTGTAAAA
AAAGGGTCAGCCCAATGCATGTAGCTCCCGCTTGCGCAGGGTCCGGGAAAAGGTCCGATC
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TTTTTGTTGGGTCCATCATGTACATGTAAAAAAGAAATCTTCTCTTTTTTCTATCTTTCT
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TTAATTTGATAAACAACTTTTACAGCGATTCCAGTACTCTATCTTTTATTTGGCAGCTTG
TGAGTATTTCCACAATTAATTTGAATTTTTCTTTCATTCCTTTAGAACTACAAAGAAATG
GGACCATTTGCATTTAAAAACTGTAGTTTTTTTCAGACAAATCTAAAAGCCGTAGTGGCC
TTTTCACTTCCGTACTTGGGCCGGACCACTGTCCATGAAGTACCACGAAAACCTAACAGG
CAAATCCCCATGGGCCATAGCCAGCCAAAATTTGGGGGAGGTCATATTCGGCGCTATAGA
CGCTCGAACCTGGAAATAGCGCCTACAGCGTGCCCACTGTGGCCTGTTTTAAGCTCGGCC
GAGGAACAGATCCGTTCACGAAAAAAACACGTGAAAAAAGTTCATTTAATTTCAGGAAAG
TTCATCGTATTTGCAAAAAAGTTCATCTAATTTAGAAAAGTTATCATTTCTGAAAAAAGA
TCACTAATTAAAAAATCATGCTTTTAAAAATAAATAAAATAAAAATGATAAGAAGTGGAA
CAAAAGAAAAGAACAAAACTAAGTGACGAACAAATAAAAGAGAAAACAAAGAGACACTGC
ATGAGCTGGTTAGTGACCTGGTGGTTTGCGAAAGTGATCATCTGTCTCTTTGGTCCTCAG
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GGTTGGCCTCGCATGCTAGGTAGCATTGATTGTATGCATTAAATTGGAAAATTTACACCA
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TAGCATCCGAGGATTTAAGGATTTGGTATTGCTTTTTTATATGCCGGACACTCTCAATGA
CATCAATGTGTTGCAACGGTCTCATTTATTTGTTAGGCTTGCTAGTGGTGATGCTCCTGC
TTGCAACTATACTATCAATGAGATCGGAAGA