barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_36608_PI390587928

Source Contig U35_43638

barSeed

Links

Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_36608_PI390587928	Hv_44K_v2	CTCGTCGCGCAGTACCCGGTCTTCAACGCCCTGCTCAGCCCGCTCGGCCCCGCCGCGCGC	353	GeneList: None MasterList: None

Probe Values

This probe has no recorded values for this experiment

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_62335.1	2680	2e-24	156 - 215	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62334.1	1371	2e-24	156 - 215	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62334.5	2317	2e-24	127 - 186	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62334.3	2122	2e-24	127 - 186	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62334.4	2143	2e-24	127 - 186	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62334.2	1458	2e-24	127 - 186	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62335.6	1792	2e-24	112 - 171	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62334.6	1539	2e-24	112 - 171	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62335.7	2517	2e-24	76 - 135	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62335.4	2638	2e-24	132 - 191	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62335.5	2611	2e-24	132 - 191	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62335.2	2776	2e-24	152 - 211	100	60 / 60	plus	ABC23998
MLOC	MLOC_62335.3	2657	2e-24	152 - 211	100	60 / 60	plus	ABC23998
JLOC1	JLOC1_40790.4	2468	8e-25	2273 - 2332	100	60 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_40790.3	2729	8e-25	2534 - 2593	100	60 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_40790.2	2495	8e-25	2300 - 2359	100	60 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_40790.1	2702	8e-25	2507 - 2566	100	60 / 60	minus
Harvest21	ABC40545	417	3e-25	354 - 413	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_43638	417	3e-25	354 - 413	100	60 / 60	plus

Contig Sequence (417 bp)

>U35_43638 417 Hv_44K_v2
CGCCGCTCCGCCCGGAGGCAAGCCGCCGCCGCCAAGCCAACCACCGCTCCCGCCCGCCCG
CCCGCCCGCGCGGCATGGCCTCCGCCGTCTCGCTCCTCCTCTCGTCCCCTTGCCCGCTCC
GCCGCGCGGCCCCGTCCCTCCTCAGCCCGCCGGCGCCCCGCCTTCGCCTCCCCCTCCTCG
GCCCCGCCCCGGCCGCCGCGACCGCGCTGCTGACGCGCCGCCCCCACGGCCTCCTCGCCC
CGCCGCCGCGCGCCAACAACGACAACAGCGACGCGGTGGGGGCGCCGGACCGCCTGGTGG
CCGCCGTCGCATACCTCTACCCGTTCCTCGACGGCGCGCACCACGGCCGCTTCCTCGTCG
CGCAGTACCCGGTCTTCAACGCCCTGCTCAGCCCGCTCGGCCCCGCCGCGCGCCTCT

Homology of Contig U35_43638 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None