barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_25647_PI390587928

Source Contig U35_5615

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_25647_PI390587928	Hv_44K_v2	TGGCCAATAATATGCAGCGTCCTTTCCTGGCTGGCTATACAATTAAACTATTGTGTAAAA	536	GeneList: None MasterList: None

Probe Values

This probe has no recorded values for this experiment

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_2517.8	1611	2e-24	1518 - 1577	100	60 / 60	plus	None
MLOC	MLOC_2517.3	1387	2e-24	1294 - 1353	100	60 / 60	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2517.2	1100	2e-24	940 - 999	100	60 / 60	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2519.1	725	2e-24	641 - 700	100	60 / 60	plus	None
MLOC	MLOC_2517.1	2717	6e-24	2558 - 2616	100	59 / 59	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2519.2	700	6e-24	608 - 666	100	59 / 59	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2517.7	2313	6e-24	1848 - 1906	100	59 / 59	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2517.4	664	6e-24	593 - 651	100	59 / 59	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2517.9	1249	6e-24	1090 - 1148	100	59 / 59	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2517.10	1607	6e-24	1448 - 1506	100	59 / 59	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2517.5	1171	6e-24	742 - 800	100	59 / 59	plus	ABC24067
MLOC	MLOC_2517.6	1033	6e-24	604 - 662	100	59 / 59	plus	ABC24067
JLOC1	JLOC1_1506.16	645	8e-25	73 - 132	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_1506.15	740	8e-25	168 - 227	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_1506.11	1134	8e-25	562 - 621	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_1506.10	1202	8e-25	630 - 689	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_1506.4	1077	8e-25	505 - 564	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_1506.14	810	3e-24	239 - 297	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.13	833	3e-24	262 - 320	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.12	998	3e-24	427 - 485	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.9	1082	3e-24	511 - 569	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.8	1237	3e-24	666 - 724	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.7	1152	3e-24	581 - 639	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.6	1094	3e-24	523 - 581	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.5	1169	3e-24	598 - 656	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.3	1476	3e-24	905 - 963	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.2	1216	3e-24	645 - 703	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_1506.1	1209	3e-24	638 - 696	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC14739	989	3e-25	537 - 596	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC33534	613	1e-24	470 - 528	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC24067	659	1e-24	241 - 299	100	59 / 59	plus	ABC24067
Harvest35	U35_5615	989	3e-25	537 - 596	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_26046	924	1e-24	470 - 528	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_5616	659	1e-24	241 - 299	100	59 / 59	plus

Contig Sequence (989 bp)

>U35_5615 989 Hv_44K_v2
CAAACTCTCCTCTCACGAGTGAAAAATACCCCAGTGCTAGGGTTCCCCACCGCCGCCGCC
AGTCGCCGCGAGCCTCCCAGCCACCGCTGGTGACCTTCCCGGCTGCCGCCGTCGCCCTCA
CCGGTCGACACAGTCATTGGTGTGCGCGACATGTTGGGAGGGTAGGCCATCCGGCCGCTC
TACCGCCGGTCGGGCCTCACCGACGATCGCCGGTCGGGCCTCCCTACTGGTCGCCCCACC
GCCGGTCGGGCCTCACCGCCGGTCGCCAGTCGGGCCTCCCAGCTGTTCCCCCCACCGCCG
GTCGGGCCTCCCTGCTGGTCGCCGGTCGCCGCGCCGCCTTGCAAGATCGAGGCCGGGGCT
GCGGACTCCCCATTCTCAGGTCGCAGCCACTGTTCATCGTCGATTCGATTGGTGACCTCG
AGGAGCTACTAATTTCGCACACTGATGCATAGAGGAACTAGGAAAGGAAGCAGATTGCTT
GGGAGTCTTCTTCCAAATTCATCGATATGTTTATGGCACTGTCCAATAGCCTACAGTGGC
CAATAATATGCAGCGTCCTTTCCTGGCTGGCTATACAATTAAACTATTGTGTAAAAGCTA
CAGTGATGACACCTATGGACCAACAGCGTGGAGCACCAGCACATTTCCTATGCACTTTTA
GACGGCAGTCTCATCAACAAGTTTCCCTACATAGTGGCGGCAATGGTAGGAGTGGCAGAT
TGTGCAGAGGAAGAGGATGAGAAGAAACTTGTGCTTCTCATCCAATCTTTGTAGAACTCT
CTTGATGTGCGATTGTGCACTTGTTGGATCCTCTTTCTATGCACTTGCACTTGCAGAAGT
ATTCTTTTGTGCATTGTAAAATTATTTTGATGTGCACTTGTTAGGCCTTGAACCTTGATG
TGTAGAGGAGTCGTGGATGATGTATTGTATGTCATGTGATGTGCTATTGAAATGAAATAT
ACAGTTTATTTGCAAAAAAAAAAAAAAAA

Homology of Contig U35_5615 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None